t/MCS.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5
   6     test_begin(-tests => 24,
   7                -requires_modules => [qw(Config::Any)]);
   8
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::MCS');
  10     use_ok('Bio::SeqFeature::Annotated');
  11     use_ok('Bio::Location::Atomic');
  12 }
  13
  14 # setup input files etc
  15 my $alignfilename = test_input_file('gumby', 'hmrd.mfa');
  16 ok (-e $alignfilename, 'Found input alignment file');
  17
  18 my $factory = Bio::Tools::Run::MCS->new(-verbose => -1,
  19                                         -quiet => 1);
  20 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::MCS');
  21 ok $factory->can('neutral'), 'has a created method not in args supplied to new';
  22 is $factory->quiet, 1, 'quiet was set';
  23
  24 # test default factory values
  25 is ($factory->program_dir, $ENV{'MCSDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  26 is ($factory->program_name(), 'align2binomial.pl', 'Correct exe default name');
  27
  28 # test the program itself
  29 SKIP: {
  30     test_skip(-requires_executable => $factory,
  31               -tests => 15);
  32
  33     my $alignio = Bio::AlignIO->new(-file => $alignfilename);
  34     my $align = $alignio->next_aln;
  35
  36     my @cds_feats;
  37     foreach my $data ([47367820, 47367830], [47367850, 47367860], [47367870, 47367880]) {
  38         my $cds_feat = Bio::SeqFeature::Annotated->new(
  39                 -seq_id       => 'Homo_sapiens',
  40                 -start        => $data->[0],
  41                 -end          => $data->[1],
  42                 -frame        => 0,
  43                 -strand       => 1,
  44                 -primary      => 'CDS',
  45                 -type         => 'CDS',
  46                 -source       => 'UCSC');
  47         push(@cds_feats, $cds_feat);
  48     }
  49     my $location = Bio::Location::Atomic->new(-start => 47367748, -end => 47427851, -strand => 1, -seq_id => 'chr1');
  50
  51     # run the program
  52     my @feats = $factory->run($align, $location, \@cds_feats);
  53
  54     # spot-test the results
  55     my @spot_results = ($feats[0], $feats[1], $feats[2]);
  56     foreach my $expected ([47373765, 47373846, 1000],
  57                           [47373848, 47373883, 1000],
  58                           [47377883, 47377908, 1000]) {
  59         my $feat = shift(@spot_results);
  60         isa_ok $feat, 'Bio::SeqFeature::Annotated';
  61         is $feat->source->value, 'MCS', 'correct source';
  62         is $feat->start, shift(@{$expected}), 'feature start correct';
  63         is $feat->end, shift(@{$expected}), 'feature end correct';
  64         is $feat->score, shift(@{$expected}), 'feature score correct';
  65     }
  66 }