t/Hmmer.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7    use Bio::Root::Test;
   8
   9    test_begin(-tests => 27);
  10
  11    use_ok('Bio::Tools::Run::Hmmer');
  12    use_ok('Bio::SeqIO');
  13    use_ok('Bio::AlignIO');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17 my $quiet = $verbose > 0 ? 0 : 1;
  18
  19 my $db = test_input_file('pfam_sample_R11');
  20 my @params = ('DB'=>$db,'E'=>5,'program'=>'hmmpfam','A'=>2,'-verbose' => $verbose, -quiet => $quiet);
  21
  22 #test HMMPFAM
  23 my $factory = Bio::Tools::Run::Hmmer->new(@params);
  24 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Hmmer');
  25 is $factory->E, 5;
  26 is $factory->DB, $db;
  27 is $factory->hmm, $db;
  28 my $prot_file = test_input_file('hmmpfam_protein_input');
  29
  30 my $seqstream = Bio::SeqIO->new(-file => $prot_file,
  31                                 -format => 'fasta');
  32 my $seq1 = $seqstream->next_seq();
  33
  34 SKIP: {
  35    # here we assume if hmmpfam isn't present, nothing is present
  36    test_skip(-requires_executable => $factory,
  37              -tests =>  20);
  38
  39    my $searchio = $factory->run($seq1);
  40
  41    my @feat;
  42    while (my $result = $searchio->next_result){
  43      while(my $hit = $result->next_hit){
  44        while (my $hsp = $hit->next_hsp){
  45          push @feat, $hsp;
  46        }
  47      }
  48    }
  49
  50    isa_ok $feat[0], 'Bio::SeqFeatureI';
  51    is ($feat[0]->feature1->start,25);
  52    is ($feat[0]->feature1->end,92);
  53    is ($feat[0]->feature2->start,1);
  54    is ($feat[0]->feature2->end,124);
  55
  56    #test HMMSEARCH
  57    @params = ('HMM'=>$db,'E'=>5,'program'=>'hmmsearch','-verbose' => $verbose, -quiet => $quiet);
  58    $factory = Bio::Tools::Run::Hmmer->new(@params);
  59    isa_ok $factory, 'Bio::Tools::Run::Hmmer';
  60    is $factory->E, 5;
  61
  62    SKIP: {
  63       test_skip(-requires_executable => $factory,
  64                 -tests => 5);
  65
  66       my $searchio = $factory->run($seq1);
  67       my @feat;
  68       while (my $result = $searchio->next_result){
  69         while(my $hit = $result->next_hit){
  70           while (my $hsp = $hit->next_hsp){
  71             push @feat, $hsp;
  72           }
  73         }
  74       }
  75
  76       isa_ok $feat[0], 'Bio::SeqFeatureI';#Bio::Search::HSP::HMMERHSP
  77       is ($feat[0]->feature1->start,1);
  78       is ($feat[0]->feature1->end,124);
  79       is ($feat[0]->feature2->start,25);
  80       is ($feat[0]->feature2->end,92);
  81    }
  82
  83    #test HMMBUILD
  84    my $hmmout = test_output_file();
  85    unlink($hmmout);
  86    @params = ('HMM'=>$hmmout,'program'=>'hmmbuild', -verbose => $verbose, -quiet => $quiet);
  87    $factory = Bio::Tools::Run::Hmmer->new(@params);
  88    isa_ok $factory, 'Bio::Tools::Run::Hmmer';
  89    is $factory->quiet, $quiet;
  90    my $aln_file = test_input_file('cysprot.msf');
  91    my $aio = Bio::AlignIO->new(-file=>$aln_file,-format=>'msf');
  92    my $aln = $aio->next_aln;
  93
  94    SKIP: {
  95       test_skip(-requires_executable => $factory,
  96                 -tests => 2);
  97       ok $factory->run($aln);
  98       ok -s $hmmout;
  99    }
 100
 101    #test HMMCALIBRATE, and from now on, alternate (preferred) run method calling,
 102    #though we need to check the executables are present in the normal way first
 103    $factory->program_name('hmmcalibrate');
 104
 105    SKIP: {
 106       test_skip(-requires_executable => $factory,
 107                 -tests => 1);
 108       ok $factory->hmmcalibrate();
 109    }
 110
 111    $factory->program_name('hmmalign');
 112
 113    #test HMMALIGN
 114    my $seqfile = test_input_file('cysprot1a.fa');
 115    my $seqio = Bio::SeqIO->new(-file  => $seqfile,
 116                    -format=> 'fasta');
 117    my @seqs;
 118    while( my $seq = $seqio->next_seq ) {
 119       push @seqs, $seq;
 120    }
 121
 122    SKIP: {
 123       test_skip(-requires_executable => $factory,
 124                 -tests => 2);
 125       $aio = $factory->hmmalign(@seqs);
 126       ok $aln = $aio->next_aln;
 127       is($aln->each_seq, 3);
 128    }
 129
 130    $factory->program_name('hmmemit');
 131
 132    #test HMMEMIT
 133    SKIP: {
 134       test_skip(-requires_executable => $factory,
 135                 -tests => 1);
 136       my $seqio = $factory->hmmemit();
 137       my @seqs;
 138       while (my $seq = $seqio->next_seq) {
 139          push(@seqs, $seq);
 140       }
 141       is @seqs, 10; # emits 10 seqs by default
 142    }
 143
 144    # Delete temporary file
 145    unlink($hmmout);
 146 }