t/Glimmer2.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 # ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # #
   4 use strict;
   5 use vars qw($NTESTS);
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9     $NTESTS = 217;
  10     test_begin(-tests => $NTESTS,
  11                -requires_modules => [qw(IPC::Run)]);
  12     use_ok('Bio::Tools::Run::Glimmer');
  13     use_ok('Bio::Root::IO');
  14     use_ok('Bio::Seq');
  15 }
  16
  17 my $fasta_file = test_input_file('H_pylori_J99.fasta');
  18 my $icm_file   = test_input_file('H_pylori_J99.glimmer2.icm');
  19
  20 my $factory    = Bio::Tools::Run::Glimmer->new(-program => 'glimmer2',
  21                                                -model => $icm_file);
  22 isa_ok $factory, 'Bio::Tools::Run::Glimmer';
  23
  24 my $seqstream = Bio::SeqIO->new(-file => $fasta_file, -format => 'fasta');
  25 my $seq = $seqstream->next_seq();
  26
  27 SKIP: {
  28     test_skip(-requires_executable => $factory, -tests => 213);
  29
  30     my $glimmer2 = $factory->run($seq);
  31     isa_ok $glimmer2, 'Bio::Tools::Glimmer';
  32
  33     my $first_gene = $glimmer2->next_prediction();
  34     isa_ok $first_gene, 'Bio::SeqFeature::Generic';
  35     is $first_gene->seq_id(), 'gi|15611071|ref|NC_000921.1|';
  36
  37     while (my $gene = $glimmer2->next_prediction()) {
  38         isa_ok $gene, 'Bio::SeqFeature::Generic';
  39     }
  40 }
  41
  42 1;