t/Genemark.hmm.prokaryotic.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 # ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # #
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 99,
   9                -requires_modules => [qw(IPC::Run)]);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::Run::Genemark');
  12     use_ok('Bio::Root::IO');
  13     use_ok('Bio::Seq');
  14 }
  15
  16 my $verbose   = test_debug();
  17 my $model_dir = $ENV{'GENEMARK_MODELS'} if $ENV{'GENEMARK_MODELS'};
  18
  19 SKIP: {
  20     my $fasta_file = test_input_file('H_pylori_J99.fasta');
  21     test_skip(-tests => 96,
  22                           -requires_env => 'GENEMARK_MODELS');
  23     my $model_file = '';
  24
  25         for my $mod (qw(Helicobacter_pylori_26695.mod Helicobacter_pylori.mod)) {
  26                 my $modpath = Bio::Root::IO->catfile($model_dir, 'Helicobacter_pylori_26695.mod');
  27                 if (-e $modpath) {
  28                         $model_file = $modpath;
  29                         last;
  30                 }
  31         }
  32
  33         ok($model_file, "Found model file: $model_file");
  34
  35         skip('Test model file not found', 95) if !$model_file;
  36
  37     my $factory    = Bio::Tools::Run::Genemark->new( -m => $model_file,
  38                         -program => 'gmhmmp');
  39     test_skip(-tests => 95,
  40                           -requires_executable => $factory);
  41
  42     isa_ok $factory, 'Bio::Tools::Run::Genemark';
  43
  44     my $seqstream = Bio::SeqIO->new(-file => $fasta_file, -format => 'fasta');
  45     my $seq = $seqstream->next_seq();
  46
  47     my $gmhmmp = $factory->run($seq);
  48     isa_ok $gmhmmp,'Bio::Tools::Genemark';
  49
  50     my $first_gene = $gmhmmp->next_prediction();
  51     isa_ok $first_gene, 'Bio::Tools::Prediction::Gene';
  52     is $first_gene->seq_id(), 'gi|15611071|ref|NC_000921.1|';
  53
  54         my $ct = 0;
  55         # may fluctuate based on the model, stop after 91 checks
  56     while (my $gene = $gmhmmp->next_prediction()) {
  57         isa_ok $gene, 'Bio::Tools::Prediction::Gene';
  58                 last if $ct++ == 90;
  59     }
  60 }
  61
  62 1;