t/FastTree.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # Before `./Build install' is performed this script should be runnable with
   4 # `./Build test --test_files test.t'. After `./Build install' it should work as `perl test.t'
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(
  11         -tests => 9,
  12     );
  13     use_ok('Bio::Root::IO');
  14     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::FastTree');
  15     use_ok('Bio::AlignIO');
  16 }
  17
  18 ok (my $ft = Bio::Tools::Run::Phylo::FastTree->new( -quiet => 1 ),"Make the object");
  19
  20 SKIP: {
  21     test_skip(
  22         -requires_executable => $ft,
  23         -tests               => 5
  24     );
  25
  26     # The input could be a SimpleAlign object
  27     my $alignio = Bio::AlignIO->new(
  28         -format => 'fasta',
  29         -file   => test_input_file('219877.cdna.fasta')
  30     );
  31     my $alnobj = $alignio->next_aln;
  32
  33     my $tree = $ft->run($alnobj);
  34     ok( defined($tree), "Tree is defined" );
  35     my @nodes = $tree->get_nodes;
  36     is($#nodes,3,"Number of nodes is correct");
  37
  38     # The input could be an alignment file (fasta or phylip interleaved)
  39     my $alignfile = test_input_file("sample_dataset_1_aligned.fa");
  40     my $fastft = Bio::Tools::Run::Phylo::FastTree->new( -quiet => 1, -fastest => 1 );
  41     $tree = $fastft->run($alignfile);
  42     ok( defined($tree), "Tree is defined" );
  43
  44     my $slowft = Bio::Tools::Run::Phylo::FastTree->new(
  45         -quiet   => 1,
  46         -mlacc   => 2,
  47         -slownni => 1,
  48         -spr     => 4
  49     );
  50     $tree = $slowft->run($alignfile);
  51     ok( defined($tree), "Tree is defined" );
  52
  53     # Input is protein sequence alignment
  54     $alignio = Bio::AlignIO->new(
  55         -format => 'msf',
  56         -file   => test_input_file('cysprot.msf')
  57     );
  58     $alnobj = $alignio->next_aln;
  59
  60     my $ptree = $ft->run($alnobj);
  61     ok( defined($tree), "Tree is defined" );
  62 }