t/Eponine.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 7);
   9         use_ok('Bio::Tools::Run::Eponine');
  10         use_ok('Bio::SeqIO');
  11 }
  12
  13 SKIP: {
  14         #Java and java version check
  15         my $v;
  16         if (-d "java") {
  17                 diag("You must have java to run eponine");
  18                 skip("Skipping because no java present to run eponine",5);
  19         }
  20         open(my $PIPE,"java -version 2>&1 |") || exit;
  21
  22         while (<$PIPE>) {
  23                 if (/Java\sversion\:?\s+\"?(\d+\.\d+)\"?/i) {
  24                 $v = $1;
  25                         last;
  26                 }
  27         }
  28         if ($v < 1.2) {
  29                 diag("You need at least version 1.2 of JDK to run eponine");
  30                 skip("Skipping due to old java version",5);
  31         }
  32
  33         test_skip( -requires_env => 'EPONINEDIR', -tests => 5);
  34         my $inputfilename= test_input_file("eponine.fa");
  35         my $fact = Bio::Tools::Run::Eponine->new("threshold" => 0.999);
  36
  37         is ($fact->threshold, 0.999);
  38         my @feats = $fact->run($inputfilename);
  39         is ($feats[0]->start, 69);
  40         is ($feats[0]->end, 69);
  41         is ($feats[0]->strand, 1);
  42         is ($feats[1]->start,178 );
  43 }