t/Amap.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7   use Bio::Root::Test;
   8   test_begin(-tests => 18);
   9
  10   use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::Amap');
  11   use_ok('Bio::SeqIO');
  12   use_ok('File::Spec');
  13 }
  14
  15 END {
  16   # Things to do right at the very end, just
  17   # when the  interpreter finishes/exits
  18   # E.g. deleting intermediate files produced during the test
  19   foreach my $file ( qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd mlc) ) {
  20     unlink $file;
  21   }
  22 }
  23
  24 # if we got to here, thats OK!
  25 # is this really needed?
  26 #ok( 1, 'All the required modules are present');
  27
  28 # setup input files etc
  29 my $inputfilename = test_input_file("cysprot.fa");
  30 ok( -e $inputfilename, 'Found input file' );
  31
  32 # setup output files etc
  33 # none in this test
  34
  35 # setup global objects that are to be used in more than one test
  36 # Also test they were initialised correctly
  37 my @params = ();
  38 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Amap->new(@params);
  39 isa_ok( $factory, 'Bio::Tools::Run::Alignment::Amap');
  40
  41 # test factory default values
  42 is( $factory->program_dir, undef,                        'program_dir returned correct default' );
  43 is( $factory->error_string, '',                          'error_string returned correct default' );
  44 is( $factory->aformat, 'fasta',                          'aformat returned correct default' );
  45 is( $factory->outfile_name, 'mlc',                       'outfile_name returned correct default' );
  46
  47 # Now onto the nitty gritty tests of the modules methods
  48 is( $factory->program_name(), 'amap',                    'Correct exe default name' );
  49
  50 # block of tests to skip if you know the tests will fail
  51 # under some condition. E.g.:
  52 #   Need network access,
  53 #   Wont work on particular OS,
  54 #   Cant find the exectuable
  55 # DO NOT just skip tests that seem to fail for an unknown reason
  56
  57 SKIP: {
  58   # condition used to skip this block of tests
  59   #skip($why, $how_many_in_block);
  60   test_skip(-requires_executable => $factory,
  61                         -tests => 8);
  62
  63   # test all factory methods that depend on the executable
  64   # TODO: isnt( $factory->program_dir, undef,              'program found in ENV variable' );
  65   ok( $factory->version >= 2.0,                            'Correct minimum program version' );
  66
  67   # test execution using filename
  68   my $aln = $factory->align($inputfilename);
  69
  70   # now test the factory error methods etc
  71   is( $factory->error_string, '',                          'No error occured' );
  72   isnt( $factory->outfile_name, undef,                     'outfile_name returned something' );
  73
  74   # now test its output
  75   isa_ok( $aln, 'Bio::SimpleAlign');
  76   is( $aln->num_sequences, 7,                               'Correct number of seqs returned' );
  77
  78   # test execution using an array of Seq objects
  79   my $str = Bio::SeqIO->new(
  80                         '-file' => $inputfilename,
  81                         '-format' => 'Fasta',
  82   );
  83   my @seq_array =();
  84   while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  85     push (@seq_array, $seq) ;
  86   }
  87   $aln = $factory->align(\@seq_array);
  88   # now test its output
  89   isa_ok( $aln, 'Bio::SimpleAlign');
  90   is( $aln->num_sequences, 7,                            'Correct number of seqs returned' );
  91
  92   # Use this alignment to fully test the methods
  93   is( int($aln->average_percentage_identity), 45,       'Got the correct ave % identity' );
  94
  95 }
  96
  97 # TODO: test factory methods that change parameters
  98 #TODO: {
  99 #  local $TODO = 'program_name setting is unfinished';
 100 #  $factory->program_name('something_silly');
 101 #  is( $factory->program_name, 'something_silly',        'Set and got program_name correctly') ;
 102 #}
 103