MYMETA.json

   1 {
   2    "abstract" : "BioPerl-Run - wrapper toolkit",
   3    "author" : [
   4       "BioPerl Team <bioperl-l@bioperl.org>"
   5    ],
   6    "dynamic_config" : 0,
   7    "generated_by" : "Module::Build version 0.4206",
   8    "license" : [
   9       "perl_5"
  10    ],
  11    "meta-spec" : {
  12       "url" : "http://search.cpan.org/perldoc?CPAN::Meta::Spec",
  13       "version" : "2"
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  15    "name" : "BioPerl-Run",
  16    "prereqs" : {
  17       "build" : {
  18          "requires" : {
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  20             "Bio::Root::Version" : "1.006900"
  21          }
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  23       "runtime" : {
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  30             "SOAP::Lite" : "0.716",
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  40    "provides" : {
  41       "Bio::DB::ESoap" : {
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  43       },
  44       "Bio::DB::ESoap::WSDL" : {
  45          "file" : "lib/Bio/DB/ESoap/WSDL.pm"
  46       },
  47       "Bio::DB::SoapEUtilities" : {
  48          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities.pm"
  49       },
  50       "Bio::DB::SoapEUtilities::DocSumAdaptor" : {
  51          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/DocSumAdaptor.pm"
  52       },
  53       "Bio::DB::SoapEUtilities::DocSumAdaptor::docsum" : {
  54          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/DocSumAdaptor.pm"
  55       },
  56       "Bio::DB::SoapEUtilities::FetchAdaptor" : {
  57          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/FetchAdaptor.pm"
  58       },
  59       "Bio::DB::SoapEUtilities::FetchAdaptor::seq" : {
  60          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/FetchAdaptor/seq.pm"
  61       },
  62       "Bio::DB::SoapEUtilities::FetchAdaptor::species" : {
  63          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/FetchAdaptor/species.pm"
  64       },
  65       "Bio::DB::SoapEUtilities::GQueryAdaptor" : {
  66          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/GQueryAdaptor.pm"
  67       },
  68       "Bio::DB::SoapEUtilities::GQueryAdaptor::gquery" : {
  69          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/GQueryAdaptor.pm"
  70       },
  71       "Bio::DB::SoapEUtilities::LinkAdaptor" : {
  72          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/LinkAdaptor.pm"
  73       },
  74       "Bio::DB::SoapEUtilities::LinkAdaptor::linkset" : {
  75          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/LinkAdaptor.pm"
  76       },
  77       "Bio::DB::SoapEUtilities::Result" : {
  78          "file" : "lib/Bio/DB/SoapEUtilities/Result.pm"
  79       },
  80       "Bio::Factory::EMBOSS" : {
  81          "file" : "lib/Bio/Factory/EMBOSS.pm"
  82       },
  83       "Bio::Installer::Clustalw" : {
  84          "file" : "lib/Bio/Installer/Clustalw.pm"
  85       },
  86       "Bio::Installer::EMBOSS" : {
  87          "file" : "lib/Bio/Installer/EMBOSS.pm"
  88       },
  89       "Bio::Installer::Generic" : {
  90          "file" : "lib/Bio/Installer/Generic.pm"
  91       },
  92       "Bio::Installer::Hyphy" : {
  93          "file" : "lib/Bio/Installer/Hyphy.pm"
  94       },
  95       "Bio::Installer::Muscle" : {
  96          "file" : "lib/Bio/Installer/Muscle.pm"
  97       },
  98       "Bio::Installer::PAML" : {
  99          "file" : "lib/Bio/Installer/PAML.pm"
 100       },
 101       "Bio::Installer::Probcons" : {
 102          "file" : "lib/Bio/Installer/Probcons.pm"
 103       },
 104       "Bio::Installer::SLR" : {
 105          "file" : "lib/Bio/Installer/SLR.pm"
 106       },
 107       "Bio::Installer::TCoffee" : {
 108          "file" : "lib/Bio/Installer/TCoffee.pm"
 109       },
 110       "Bio::Tools::Run::Alignment::Amap" : {
 111          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Amap.pm"
 112       },
 113       "Bio::Tools::Run::Alignment::Blat" : {
 114          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Blat.pm"
 115       },
 116       "Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw" : {
 117          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm"
 118       },
 119       "Bio::Tools::Run::Alignment::DBA" : {
 120          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/DBA.pm"
 121       },
 122       "Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate" : {
 123          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Exonerate.pm"
 124       },
 125       "Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap" : {
 126          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Gmap.pm"
 127       },
 128       "Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign" : {
 129          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Kalign.pm"
 130       },
 131       "Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan" : {
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 133       },
 134       "Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT" : {
 135          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/MAFFT.pm"
 136       },
 137       "Bio::Tools::Run::Alignment::MSAProbs" : {
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 139       },
 140       "Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle" : {
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 142       },
 143       "Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal" : {
 144          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Pal2Nal.pm"
 145       },
 146       "Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign" : {
 147          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Probalign.pm"
 148       },
 149       "Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons" : {
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 151       },
 152       "Bio::Tools::Run::Alignment::Proda" : {
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 154       },
 155       "Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4" : {
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 157       },
 158       "Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta" : {
 159          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/StandAloneFasta.pm"
 160       },
 161       "Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee" : {
 162          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Alignment/TCoffee.pm"
 163       },
 164       "Bio::Tools::Run::Analysis" : {
 165          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Analysis.pm"
 166       },
 167       "Bio::Tools::Run::Analysis::Job" : {
 168          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Analysis.pm"
 169       },
 170       "Bio::Tools::Run::Analysis::Job::soap" : {
 171          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Analysis/soap.pm"
 172       },
 173       "Bio::Tools::Run::Analysis::Utils" : {
 174          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Analysis.pm"
 175       },
 176       "Bio::Tools::Run::Analysis::soap" : {
 177          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Analysis/soap.pm"
 178       },
 179       "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" : {
 180          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/AnalysisFactory.pm"
 181       },
 182       "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap" : {
 183          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/AnalysisFactory/soap.pm"
 184       },
 185       "Bio::Tools::Run::AssemblerBase" : {
 186          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/AssemblerBase.pm"
 187       },
 188       "Bio::Tools::Run::BEDTools" : {
 189          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/BEDTools.pm"
 190       },
 191       "Bio::Tools::Run::BEDTools::Config" : {
 192          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/BEDTools/Config.pm"
 193       },
 194       "Bio::Tools::Run::BWA" : {
 195          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/BWA.pm"
 196       },
 197       "Bio::Tools::Run::BWA::Config" : {
 198          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/BWA/Config.pm"
 199       },
 200       "Bio::Tools::Run::BlastPlus" : {
 201          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/BlastPlus.pm"
 202       },
 203       "Bio::Tools::Run::BlastPlus::Config" : {
 204          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/BlastPlus/Config.pm"
 205       },
 206       "Bio::Tools::Run::Bowtie" : {
 207          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Bowtie.pm"
 208       },
 209       "Bio::Tools::Run::Bowtie::Config" : {
 210          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Bowtie/Config.pm"
 211       },
 212       "Bio::Tools::Run::Cap3" : {
 213          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Cap3.pm"
 214       },
 215       "Bio::Tools::Run::Coil" : {
 216          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Coil.pm"
 217       },
 218       "Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication" : {
 219          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/EMBOSSApplication.pm"
 220       },
 221       "Bio::Tools::Run::EMBOSSacd" : {
 222          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/EMBOSSacd.pm"
 223       },
 224       "Bio::Tools::Run::ERPIN" : {
 225          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/ERPIN.pm"
 226       },
 227       "Bio::Tools::Run::Ensembl" : {
 228          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Ensembl.pm"
 229       },
 230       "Bio::Tools::Run::Eponine" : {
 231          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Eponine.pm"
 232       },
 233       "Bio::Tools::Run::FootPrinter" : {
 234          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/FootPrinter.pm"
 235       },
 236       "Bio::Tools::Run::Genemark" : {
 237          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Genemark.pm"
 238       },
 239       "Bio::Tools::Run::Genewise" : {
 240          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Genewise.pm"
 241       },
 242       "Bio::Tools::Run::Genscan" : {
 243          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Genscan.pm"
 244       },
 245       "Bio::Tools::Run::Glimmer" : {
 246          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Glimmer.pm"
 247       },
 248       "Bio::Tools::Run::Hmmer" : {
 249          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Hmmer.pm"
 250       },
 251       "Bio::Tools::Run::Infernal" : {
 252          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Infernal.pm"
 253       },
 254       "Bio::Tools::Run::MCS" : {
 255          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/MCS.pm"
 256       },
 257       "Bio::Tools::Run::Maq" : {
 258          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Maq.pm"
 259       },
 260       "Bio::Tools::Run::Maq::Config" : {
 261          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Maq/Config.pm"
 262       },
 263       "Bio::Tools::Run::Match" : {
 264          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Match.pm"
 265       },
 266       "Bio::Tools::Run::Mdust" : {
 267          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Mdust.pm"
 268       },
 269       "Bio::Tools::Run::Meme" : {
 270          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Meme.pm"
 271       },
 272       "Bio::Tools::Run::Minimo" : {
 273          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Minimo.pm"
 274       },
 275       "Bio::Tools::Run::Newbler" : {
 276          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Newbler.pm"
 277       },
 278       "Bio::Tools::Run::Phrap" : {
 279          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phrap.pm"
 280       },
 281       "Bio::Tools::Run::Phylo::FastTree" : {
 282          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/FastTree.pm"
 283       },
 284       "Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp" : {
 285          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Gerp.pm"
 286       },
 287       "Bio::Tools::Run::Phylo::Gumby" : {
 288          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Gumby.pm"
 289       },
 290       "Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base" : {
 291          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy/Base.pm"
 292       },
 293       "Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::BatchFile" : {
 294          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy/BatchFile.pm"
 295       },
 296       "Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL" : {
 297          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy/FEL.pm"
 298       },
 299       "Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest" : {
 300          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy/Modeltest.pm"
 301       },
 302       "Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL" : {
 303          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy/REL.pm"
 304       },
 305       "Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC" : {
 306          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy/SLAC.pm"
 307       },
 308       "Bio::Tools::Run::Phylo::LVB" : {
 309          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/LVB.pm"
 310       },
 311       "Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML" : {
 312          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Molphy/ProtML.pm"
 313       },
 314       "Bio::Tools::Run::Phylo::Njtree::Best" : {
 315          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Njtree/Best.pm"
 316       },
 317       "Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Baseml" : {
 318          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PAML/Baseml.pm"
 319       },
 320       "Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml" : {
 321          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PAML/Codeml.pm"
 322       },
 323       "Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Evolver" : {
 324          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PAML/Evolver.pm"
 325       },
 326       "Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00" : {
 327          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PAML/Yn00.pm"
 328       },
 329       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons" : {
 330          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phast/PhastCons.pm"
 331       },
 332       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit" : {
 333          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phast/PhyloFit.pm"
 334       },
 335       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base" : {
 336          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/Base.pm"
 337       },
 338       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense" : {
 339          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/Consense.pm"
 340       },
 341       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram" : {
 342          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/DrawGram.pm"
 343       },
 344       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree" : {
 345          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/DrawTree.pm"
 346       },
 347       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor" : {
 348          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/Neighbor.pm"
 349       },
 350       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf" : {
 351          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/PhylipConf.pm"
 352       },
 353       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist" : {
 354          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/ProtDist.pm"
 355       },
 356       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars" : {
 357          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/ProtPars.pm"
 358       },
 359       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot" : {
 360          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/SeqBoot.pm"
 361       },
 362       "Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase" : {
 363          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PhyloBase.pm"
 364       },
 365       "Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml" : {
 366          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phyml.pm"
 367       },
 368       "Bio::Tools::Run::Phylo::QuickTree" : {
 369          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/QuickTree.pm"
 370       },
 371       "Bio::Tools::Run::Phylo::Raxml" : {
 372          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Raxml.pm"
 373       },
 374       "Bio::Tools::Run::Phylo::SLR" : {
 375          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/SLR.pm"
 376       },
 377       "Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy" : {
 378          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Semphy.pm"
 379       },
 380       "Bio::Tools::Run::Primate" : {
 381          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Primate.pm"
 382       },
 383       "Bio::Tools::Run::Primer3" : {
 384          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Primer3.pm"
 385       },
 386       "Bio::Tools::Run::Prints" : {
 387          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Prints.pm"
 388       },
 389       "Bio::Tools::Run::Profile" : {
 390          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Profile.pm"
 391       },
 392       "Bio::Tools::Run::Promoterwise" : {
 393          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Promoterwise.pm"
 394       },
 395       "Bio::Tools::Run::Pseudowise" : {
 396          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Pseudowise.pm"
 397       },
 398       "Bio::Tools::Run::RNAMotif" : {
 399          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/RNAMotif.pm"
 400       },
 401       "Bio::Tools::Run::RepeatMasker" : {
 402          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/RepeatMasker.pm"
 403       },
 404       "Bio::Tools::Run::Samtools" : {
 405          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Samtools.pm"
 406       },
 407       "Bio::Tools::Run::Samtools::Config" : {
 408          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Samtools/Config.pm"
 409       },
 410       "Bio::Tools::Run::Seg" : {
 411          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Seg.pm"
 412       },
 413       "Bio::Tools::Run::Signalp" : {
 414          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Signalp.pm"
 415       },
 416       "Bio::Tools::Run::Simprot" : {
 417          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Simprot.pm"
 418       },
 419       "Bio::Tools::Run::StandAloneBlast" : {
 420          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/StandAloneBlast.pm"
 421       },
 422       "Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus" : {
 423          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/StandAloneBlastPlus.pm"
 424       },
 425       "Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast" : {
 426          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm"
 427       },
 428       "Bio::Tools::Run::StandAloneWUBlast" : {
 429          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/StandAloneWUBlast.pm"
 430       },
 431       "Bio::Tools::Run::TigrAssembler" : {
 432          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/TigrAssembler.pm"
 433       },
 434       "Bio::Tools::Run::Tmhmm" : {
 435          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/Tmhmm.pm"
 436       },
 437       "Bio::Tools::Run::TribeMCL" : {
 438          "file" : "lib/Bio/Tools/Run/TribeMCL.pm"
 439       },
 440       "Bio::Tools::Run::Vista" : {
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 442       },
 443       "Bio::Tools::Run::WrapperBase" : {
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