Updating Mauricio's email
[bioperl-run.git] / t / TribeMCL.t
blobd8e4cc79921fdb176b40d03e6800158da857ad43
1 # -*-Perl-*-
2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
5 use strict;
6 BEGIN {
7     use Bio::Root::Test;
8     test_begin(-tests => 24,
9                -requires_modules => ['Algorithm::Diff', 'Bio::Cluster::SequenceFamily']);
10     use_ok('Bio::Tools::Run::TribeMCL');
11     use_ok('Bio::SearchIO');
14 my $blast_out = test_input_file("TribeMCL.bls");
16 #do from raw blast output
17 my @params=('inputtype'=>'blastfile',I=>'3.0');
18 my $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
20 SKIP : {
21     unless ($fact){
22         skip("Couldn't create a TribeMCL wrapper",22);
23     }
24     my $desc = test_input_file("TribeMCL.desc");
25     $fact->description_file($desc);
27     isa_ok $fact,'Bio::Tools::Run::TribeMCL';
28     unless ($fact->matrix_executable){
29         skip("Tribe Matrix program not found. Skipping tests...", 21);
30     }
31     unless ($fact->mcl_executable){
32         skip("Markov Clustering program not found. Skipping tests...",21);
33     }
35     my $bequiet = 1 ;
36     $fact->quiet($bequiet);
38     my ($fam) = $fact->run($blast_out);
39     my @members = $fam->get_members;
40     isa_ok $fam,"Bio::Cluster::SequenceFamily";
41     isa_ok $members[0],"Bio::Seq";
42     is ($members[0]->id, 'ENSANGP00000008485');
43     is ($members[1]->id, 'ENSDRMP3263');
44     is ($members[2]->id, 'ENSMUSP00000026170');
45     is ($fam->description,'ubiquitin');
46     is ($fam->annotation_score,45.0549450549451);
47     is ($fam->size,91);
49     #do from searchio
51     my $sio = Bio::SearchIO->new(-format=>'blast',
52                                  -file=>$blast_out);
54     @params=('inputtype'=>'searchio',I=>'3.0');
55     $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
56     $fact->description_file($desc);
58     isa_ok $fact,'Bio::Tools::Run::TribeMCL';
59     $bequiet =1 ;
60     $fact->quiet($bequiet);
62     ($fam) = $fact->run($sio);
63     isa_ok $fam,"Bio::Cluster::SequenceFamily";
64     isa_ok $members[0],"Bio::Seq";
65     is ($members[0]->id, 'ENSANGP00000008485');
66     is ($members[1]->id, 'ENSDRMP3263');
67     is ($members[2]->id, 'ENSMUSP00000026170');
68     is ($fam->description,'ubiquitin');
69     is ($fam->annotation_score,45.0549450549451);
70     is ($fam->size,91);
72     @params=('inputtype'=>'pairs',I=>'3.0');
73     $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
74     isa_ok $fact,'Bio::Tools::Run::TribeMCL';
75     $bequiet =1 ;
76     $fact->quiet($bequiet);
78     ($fam) = $fact->run( [[qw(ENSP00000257547 ENSP00000261659 1 50)],
79                 [qw(O42187 ENSP00000257547 1 119)]]);
80     @members = $fam->get_members;
81     is ($members[0]->id, 'ENSP00000257547');
82     is ($members[1]->id, 'ENSP00000261659');
83     is ($members[2]->id, 'O42187');