Updating Mauricio's email
[bioperl-run.git] / t / Blat.t
blob719b94f05a904a106a648ecd6a1539b5d6f909f2
1 #-*-Perl-*-
2 # ## Bioperl Test Harness Script for Modules
4 use strict;
6 BEGIN {
7   use Bio::Root::Test;
8   test_begin(-tests => 39);
10   use_ok 'Bio::Tools::Run::Alignment::Blat';
11   use_ok 'Bio::SeqIO';
12   use_ok 'Bio::Seq';
15 my $db    = test_input_file('blat_dna.fa');
16 my $query = test_input_file('blat_dna.fa');
18 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Blat->new(-db => $db);
19 ok $factory->isa('Bio::Tools::Run::Alignment::Blat');
21 SKIP: {
22     test_skip(-requires_executable => $factory,
23               -tests => 24);
25     my $searchio = $factory->align($query);
26     isa_ok $searchio, 'Bio::SearchIO';
28     my $result = $searchio->next_result;
29     my $hit    = $result->next_hit;
30     my $hsp    = $hit->next_hsp;
31     isa_ok($hsp, "Bio::Search::HSP::HSPI");
32     is $hsp->query->start, 1;
33     is $hsp->query->end, 1775;
34     is $hsp->hit->start, 1;
35     is $hsp->hit->end, 1775;
36     is $hsp->hsp_length, 1775;
38     my $sio = Bio::SeqIO->new(-file => $query, -format => 'fasta');
39     my $seq = $sio->next_seq ;
41     $searchio = $factory->align($seq);
42     like $searchio, qr/psl/, 'PSL parser (default)';
43     $result = $searchio->next_result;
44     $hit    = $result->next_hit;
45     $hsp    = $hit->next_hsp;
46     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
47     is $hsp->query->start, 1;
48     is $hsp->query->end, 1775;
49     is $hsp->hit->start, 1;
50     is $hsp->hit->end, 1775;
52     # test alternate formats (not all of these work!)
53     $factory->reset_parameters(#-quiet  => 1,
54                                -db  => $db,
55                                -out => 'blast');
56     $searchio = $factory->align($query);
58     like $searchio, qr/blast/, 'BLAST parser';
60     $result = $searchio->next_result;
61     $hit    = $result->next_hit;
62     $hsp    = $hit->next_hsp;
63     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
64     is $hsp->query->start, 1;
65     is $hsp->query->end, 1775;
66     is $hsp->hit->start, 1;
67     is $hsp->hit->end, 1775;
69     $factory->reset_parameters(#-quiet => 1,
70                                -db  => $db,
71                                -out => 'blast9');
72     $searchio = $factory->align($query);
74     like $searchio, qr/blasttable/, 'Tabular BLAST parser';
76     $result = $searchio->next_result;
77     $hit    = $result->next_hit;
78     $hsp    = $hit->next_hsp;
79     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
80     is $hsp->query->start, 1;
81     is $hsp->query->end, 1775;
82     is $hsp->hit->start, 1;
83     is $hsp->hit->end, 1775;
86 # new wrapper; regions
88 $db = test_input_file('blat_dna.2bit');
90 $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Blat->new(
91     -db       => $db,
92     #-quiet   => 1,
93     -qsegment => 'sequence_10:0-100',
94     -tsegment => 'sequence_10:0-100',
95     # 0-based, Blat-compatible coordinates (start, end]
96     );
97 ok $factory->isa('Bio::Tools::Run::Alignment::Blat');
99 SKIP: {
100     skip("tests that require file named blat_dna.2bit and executable", 10) if ! -e $db;
102     test_skip(-requires_executable => $factory,
103               -tests => 10);
105     my $searchio = $factory->align($db);
106     my $result = $searchio->next_result;
107     my $hit    = $result->next_hit;
108     my $hsp    = $hit->next_hsp;
109     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
110     is $hsp->query->start, 1;
111     is $hsp->query->end, 100;
112     is $hsp->hit->start, 1;
113     is $hsp->hit->end, 100;
115     # No on-the-fly conversion of Bio::Seq yet
116     my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$query,-format=>'fasta');
117     my $seq = $sio->next_seq ;
119     $searchio = $factory->align($seq);
120     $result = $searchio->next_result;
121     $hit    = $result->next_hit;
122     $hsp    = $hit->next_hsp;
123     isa_ok $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI';
124     is $hsp->query->start, 1;
125     is $hsp->query->end, 1775;
126     is $hsp->hit->start, 1;
127     is $hsp->hit->end, 1775;