t/SLR.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10
  11 BEGIN {
  12     use Bio::Root::Test;
  13     test_begin(-tests => 7,
  14                            -requires_module => 'IO::String');
  15         use_ok('Bio::Root::IO');
  16         use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::SLR');
  17         use_ok('Bio::AlignIO');
  18         use_ok('Bio::TreeIO');
  19 }
  20
  21 ok my $slr = Bio::Tools::Run::Phylo::SLR->new();
  22
  23 SKIP: {
  24         test_skip(-requires_executable => $slr,
  25                   -tests => 2);
  26
  27         # first set
  28         my $alignio1 = Bio::AlignIO->new
  29             (-format => 'fasta',
  30              -file   => test_input_file('219877.cdna.fasta'));
  31
  32         my $treeio1 = Bio::TreeIO->new
  33             (-format => 'newick',
  34              -file   => test_input_file('219877.tree'));
  35
  36         my $aln1 = $alignio1->next_aln;
  37         my $tree1 = $treeio1->next_tree;
  38
  39         $slr->alignment($aln1);
  40         $slr->tree($tree1);
  41         my ($rc,$results1) = $slr->run();
  42         ok defined($results1);
  43
  44         # second set
  45     $slr = Bio::Tools::Run::Phylo::SLR->new();
  46         my $alignio2 = Bio::AlignIO->new
  47             (-format => 'fasta',
  48              -file   => test_input_file('277523.cdna.fasta'));
  49
  50         my $treeio2 = Bio::TreeIO->new
  51             (-format => 'newick',
  52              -file   => test_input_file('277523.tree'));
  53
  54         my $aln2 = $alignio2->next_aln;
  55         my $tree2 = $treeio2->next_tree;
  56
  57         $slr->alignment($aln2);
  58         $slr->tree($tree2);
  59         my($rc2,$results2) = $slr->run();
  60         ok defined($results2);
  61 #         my $positive_sites = $results2->{'constant'};
  62 #         print "Site,Omega\n";
  63 #         foreach my $site (@{$positive_sites}) {
  64 #             # print "# Site  Neutral  Optimal   Omega    lower    upper LRT_Stat    Pval     Adj.Pval  Result Note\n";
  65 #             print $site->[0], ",", $site->[3], "\n";
  66 #         }
  67
  68 #         # third set
  69 #         $slr = Bio::Tools::Run::Phylo::SLR->new();
  70 #       my $alignio3 = Bio::AlignIO->new
  71 #             (-format => 'fasta',
  72 #              -file   => 't/data/799906.cdna.fasta');
  73
  74 #       my $treeio3 = Bio::TreeIO->new
  75 #             (-format => 'newick',
  76 #              -file   => 't/data/799906.tree');
  77
  78 #       my $aln3 = $alignio3->next_aln;
  79 #       my $tree3 = $treeio3->next_tree;
  80
  81 #       $slr->alignment($aln3);
  82 #       $slr->tree($tree3);
  83 #       my ($rc,$results3) = $slr->run();
  84 #         my $sites = $results3->{'constant'};
  85 #       ok defined($results3);
  86 #         print "Site,Omega\n";
  87 #         foreach my $site (@{$sites}) {
  88 #             # print "# Site  Neutral  Optimal   Omega    lower    upper LRT_Stat    Pval     Adj.Pval  Result Note\n";
  89 #             print $site->[0], ",", $site->[3], "\n";
  90 #         }
  91
  92 }