INSTALL

   1 bioperl-run INSTALLATION
   2
   3 INSTALL THE RIGHT BIOPERL
   4
   5 You need at least the corresponding version of Bioperl. Since this
   6 is BioPerl-run 1.007001, you should use BioPerl 1.007001.
   7
   8
   9 INSTALLATION
  10
  11 Installation instructions at the following address apply here:
  12 http://bioperl.org/INSTALL.html
  13 The next 2 sections summarize the essential points from there.
  14
  15
  16 CPAN INSTALLATION
  17
  18 To install using CPAN you will need a recent version (v1.8802 has
  19 been tested) of it and your prefer_installer conf set to 'MB':
  20
  21   >cpan
  22   cpan>o conf prefer_installer MB
  23   cpan>o conf commit
  24   cpan>q
  25
  26 Find the name of the bioperl-run version you want:
  27
  28   >cpan
  29   cpan>d /bioperl-run/
  30   Database was generated on Mon, 20 Nov 2006 05:24:36 GMT
  31   Distribution CJFIELDS/BioPerl-Run-1.007001.tar.gz
  32
  33 Now install:
  34
  35  cpan>install CJFIELDS/BioPerl-Run-1.007001.tar.gz
  36
  37 If you've installed everything perfectly then you may pass all the tests
  38 run in the './Build test' phase.
  39
  40 It's also possible that you may fail some tests. Possible explanations:
  41 problems with local Perl installation, previously undetected bug in
  42 Bioperl, flawed test script and so on. A few failed tests may not affect
  43 your usage of bioperl-run.
  44
  45 If you decide that the failed tests will not affect how you intend to use
  46 bioperl-run and you'd like to install anyway do:
  47
  48  cpan>force install CJFIELDS/BioPerl-Run-1.007001.tar.gz
  49
  50 This is what most experienced Bioperl users would do. However, if you're
  51 concerned about a failed test and need assistance or advice then contact
  52 bioperl-l@bioperl.org.
  53
  54 MANUAL INSTALLATION
  55
  56 Download the bioperl-run archive, then extract its contents. Example:
  57
  58   >gunzip bioperl-run-<release-version>.tar.gz
  59   >tar xvf bioperl-run-<release-version>.tar
  60   >cd bioperl-run
  61
  62 where <release-version> is the current release.
  63
  64 Issue the following command from within bioperl-run/:
  65
  66   >perl Build.PL
  67
  68 You can run regression tests and install bioperl-run using the
  69 following commands:
  70
  71   >./Build test
  72   >./Build install
  73
  74 NOTE: many tests will be skipped without the necessary environment
  75 variables set to tell Bioperl where your programs are installed.
  76
  77 INSTALLING bioperl-run ON WINDOWS
  78
  79 The following page on the BioPerl website has up-to-date
  80 instructions on how to install bioperl-run on Windows:
  81
  82 http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows
  83
  84 (the instructions are aimed at bioperl-core, but apply
  85 equally to bioperl-run)