t/IO_dip_tab.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8         test_begin(-tests => 17,
   9                            -requires_module => 'Graph');
  10
  11         use_ok('Bio::Network::IO');
  12         use_ok('Bio::Seq');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 #
  18 # read new DIP format
  19 #
  20 my $io = Bio::Network::IO->new(
  21     -format => 'dip_tab',
  22     -file   => test_input_file("tab4part.tab"));
  23 my $g1 = $io->next_network();
  24 ok $g1->edges == 5;
  25 ok $g1->vertices == 7;
  26 #
  27 # read old DIP format
  28 #
  29 $io = Bio::Network::IO->new(
  30   -format => 'dip_tab',
  31   -file   => test_input_file("tab1part.tab"),
  32   -threshold => 0.6);
  33 ok(defined $io);
  34 ok $g1 = $io->next_network();
  35 ok my $node = $g1->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  36 my @proteins = $node->proteins;
  37 ok $proteins[0]->accession_number, 'PIR:A64696';
  38 my %ids = $g1->get_ids_by_node($node);
  39 my $x = 0;
  40 my @ids = qw(A64696 2314583 3053N);
  41 for my $k (keys %ids) {
  42         ok $ids{$k} eq $ids[$x++];
  43 }
  44 #
  45 # test write to filehandle...
  46 #
  47 my $out_file = test_output_file();
  48 my $out =  Bio::Network::IO->new(
  49   -format => 'dip_tab',
  50   -file   => ">".$out_file);
  51 ok(defined $out);
  52 ok $out->write_network($g1);
  53 #
  54 # can we round trip, is the output the same as original format?
  55 #
  56 my $io2 = Bio::Network::IO->new(
  57   -format   => 'dip_tab',
  58   -file     => $out_file);
  59 ok defined $io2;
  60 ok      my $g2 = $io2->next_network();
  61 ok $node = $g2->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  62 @proteins = $node->proteins;
  63 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  64
  65 __END__
  66