Makefile.PL

   1 # --Makefile.PL for bioperl-network distribution-------
   2 # ---------------------------------------------------------
   3 # $Id$
   4 # ---------------------------------------------------------
   5
   6 # This still works, but has been superceded by Build.PL
   7 # Please use Build.PL in preference
   8
   9 warn <<'WARN';
  10 !--
  11   Bioperl is transitioning from Makefile.PL-based installations to Build.PL
  12
  13   This Makefile.PL should still work fine, but please try Build.PL instead,
  14   especially if you run into any non-test-related problems:
  15
  16   perl Build.PL
  17   ./Build test
  18   ./Build install
  19
  20   If you're seeing this message whilst installing with CPAN, consider
  21   stopping this installation and changing your CPAN configuration before
  22   trying to install again:
  23
  24   cpan>install CPAN
  25   cpan>reload CPAN
  26   cpan>install Module::Build
  27   cpan>o conf prefer_installer MB
  28   cpan>o conf commit
  29   cpan>q
  30
  31   Otherwise, if you would like to install the optional dependencies,
  32   install Bundle::BioPerl v2.1.8 or greater
  33
  34 --!
  35
  36 WARN
  37
  38 for (1..5) {
  39   local $| = 1;
  40   print ". ";
  41   sleep(1);
  42 }
  43 print "\n";
  44
  45 #
  46 # Start with object preamble and setup of variables that might need changing
  47 # in the future
  48 #
  49
  50 require 5.006_001;
  51 use strict;
  52 use warnings;
  53 use File::Spec::Functions;
  54 use ExtUtils::MakeMaker;
  55 use Cwd;
  56
  57 my $VERSION = 1.005002_100;
  58 $VERSION = eval $VERSION;
  59
  60 # All Bioperl dependencies on external modules are defined here
  61 # (these are mostly considered optional)
  62 my %packages = (
  63  'Graph'                                                        => '0.80/Graph data structures and algorithms/graph construction and analysis/Bio::Network::ProteinNet',
  64  'XML::Twig'                                    => '3.22/Read and write XML/parsing PSI XML/Bio::Graph::IO::psi',
  65  'Bio::Root::Version'   => '1.005002/Bioperl/basic functionality/Everything',
  66 );
  67
  68 # We don't want CPAN, Bundle::BioPerl et al. to know about these for various
  69 # reasons (eg. because they would cause a circular dependency), so will exclude
  70 # them from PREREQ_PM later on
  71 my %exclude_from_prereqs = (
  72
  73 );
  74
  75 # These are really required and deserve a clearer warning
  76 my %required = (
  77         'Bio::Root::Version' => 1
  78 );
  79
  80
  81 #
  82 # Main code
  83 #
  84
  85 # generate string for makefile that allows show_tests and make test_<testname>
  86 # to work
  87 opendir(DIR,"t") || die "No test directory. Cannot continue.";
  88 my @files = readdir(DIR);
  89 shift @files;
  90 shift @files;
  91 my ($tline, $tset);
  92 foreach my $file (@files) {
  93   $file =~ /(\w+)\.t/ || next;
  94   $file = $1;
  95   my $path = catfile('t', $file);
  96   my $line = "test_$file :: pure_all\n\tPERL_DL_NONLAZY=1 \$(FULLPERL) -I\$(INST_ARCHLIB) -I\$(INST_LIB) -I\$(PERL_ARCHLIB) -I\$(PERL_LIB) -e \'use Test::Harness qw(&runtests \$\$verbose); \$\$verbose=\$(TEST_VERBOSE); runtests \@ARGV;\' $path.t\n";
  97   $tline .= $line;
  98   $tset  .= " $file \\\n";
  99 }
 100 $tline = "show_tests :\n\t\@echo \'type make test_<subtest> to run\'\n\t\@echo '$tset'\n$tline\n";
 101 print STDERR "Generated sub tests. go make show_tests to see available subtests\n";
 102
 103 # we may end up creating extra files we would want to clean later; note them here
 104 my @should_be_cleaned;
 105
 106 # ask questions about optional stuff to install/test
 107
 108
 109 # notify about optional modules that haven't been installed, and generate hash
 110 # for prereqs needed later in WriteMakefile
 111 my %prereq;
 112 my $error = 0;
 113 print "\n*** Optional dependencies section ***\n";
 114 while (my ($name, $value) = each %packages) {
 115   my ($ver, $desc, $expl, $module) = split( /\// , $value);
 116         no strict 'refs';
 117   if (! eval "require $name;" || (${$name.'::VERSION'} || 0) < $ver) {
 118     my @modules = split(',', $module);
 119     my $modules = join("\n * ", @modules);
 120     print "External Module '$name' >= $ver ($desc) is not installed on this computer.\n The following Bioperl-run modules need it for $expl:\n * $modules\n";
 121     $error = 1;
 122
 123     if (exists $exclude_from_prereqs{$name}) {
 124       print "Additionally, it will not be considered a pre-requisite\n(and therefore will not be automatically installed by CPAN) because:\n $exclude_from_prereqs{$name}.\n\n";
 125     }
 126                 elsif (exists $required{$name}) {
 127                         print "Additionally, it is absolutely required and therefore most if not all tests will fail!\n\n";
 128                 }
 129     else {
 130       print "\n";
 131     }
 132   }
 133
 134   unless (exists $exclude_from_prereqs{$name}) {
 135     $prereq{$name} = $ver;
 136   }
 137 }
 138 if ($error == 1) {
 139   print <<QQ_ERROR_QQ;
 140 Information:
 141
 142   Some perl modules are missing, listed above and below. The only
 143   functionality that will be affected is described above;
 144   the rest of bioperl will work fine without them.
 145
 146   The installation of these external packages is very simple. You
 147   can read more about bioperl external dependencies in the INSTALL
 148   file or at:
 149
 150   http://bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl
 151
 152   Enjoy the rest of bioperl, which you can use after going 'make install'
 153
 154 QQ_ERROR_QQ
 155 }
 156 else {
 157         print "All dependencies are installed\n\n";
 158 }
 159
 160 # write the makefile
 161 WriteMakefile(
 162   NAME         => 'Bio',
 163   DISTNAME     => 'bioperl-network',
 164   VERSION      => $VERSION,
 165   dist         => { COMPRESS     => 'gzip -9f',
 166                     SUFFIX       => '.gz',
 167                     DIST_DEFAULT => 'all tardist'
 168                   },
 169   'AUTHOR'     => 'Bioperl Team (bioperl-l@bioperl.org)',
 170   'ABSTRACT'   => 'bioperl-network - package for biological networks',
 171   # clean() is overridden and also gets rid of @should_be_cleaned
 172   realclean    => { FILES => join(' ', @should_be_cleaned) },
 173   PREREQ_PM    => \%prereq,
 174   # Once 'nmake ppd' has been issued, the PPD needs to be modified for use with PPM4
 175   # In addition, non-critical prereq's should be moved to a Bundle::BioPerl PPD
 176   # A bit of a pain, but better to have all the prereq's in the same place initially
 177   # TODO I'll (Nathan Haigh) added updated details to the wiki for doing this
 178 );
 179
 180 exit;
 181
 182
 183 #
 184 # subroutines
 185 #
 186
 187
 188 #
 189 # override MakeMaker methods
 190 #
 191
 192 sub MY::postamble {
 193   $tline;
 194 }
 195
 196 package MY;
 197
 198 sub MY::clean {
 199   return shift->SUPER::clean(@_) . <<END;
 200 \t-rm -rf @should_be_cleaned
 201 END
 202 }