A test to ensure Bio::PrimarySeqI->trunc() doesn't use clone() for a Bio::Seq::RichSe...
[bioperl-live.git] / t / data / tricky.wublast
blob59317a58854c0f264cb52cdf319d9b7da22643d3
1 Reference:  Gish, W. (1996-2004) http://blast.wustl.edu
3 Query=  AT1G70100.2 | Symbol: None | expressed protein | chr1:26406799-26409760
4     FORWARD | Aliases: None
5         (483 letters; record 9)
7 Database:  AraRicMaiMedVir
8            151,652 sequences; 63,865,049 total letters.
9 Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
11                                                                      Smallest
12                                                                        Sum
13                                                               High  Probability
14 Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  P(N)      N
16 AT5G55660.1 | Symbol: None | expressed protein, similar t...   104  0.019     1
21 >AT5G55660.1 | Symbol: None | expressed protein, similar to unknown protein
22             (pir::T08929) | chr5:22556601-22560700 FORWARD | Aliases: MDF20.10,
23             MDF20_10
24         Length = 779
26  Score = 104 (41.7 bits), Expect = 0.019, P = 0.019
27  Identities = 58/240 (24%), Positives = 106/240 (44%)
29 Query: 115 - 350
30 Sbjct: 159 - 380
32  Score = 93 (37.8 bits), Expect = 0.29, P = 0.26
33  Identities = 45/211 (21%), Positives = 82/211 (38%)
35 Query: 182 - 389
36 Sbjct: 527 - 730
38  Score = 88 (36.0 bits), Expect = 1.0, P = 0.64
39  Identities = 54/229 (23%), Positives = 91/229 (39%)
41 Query: 175 - 398
42 Sbjct: 444 - 642
44  Score = 83 (34.3 bits), Expect = 3.6, P = 0.97
45  Identities = 85/386 (22%), Positives = 150/386 (38%)
47 Query: 115 - 473
48 Sbjct: 159 - 534
50  Score = 78 (32.5 bits), Expect = 0.43, Sum P(2) = 0.35
51  Identities = 50/253 (19%), Positives = 112/253 (44%)
53 Query: 36 - 280
54 Sbjct: 24 - 261
56  Score = 59 (25.8 bits), Expect = 0.43, Sum P(2) = 0.35
57  Identities = 45/225 (20%), Positives = 83/225 (36%)
59 Query: 267 - 478
60 Sbjct: 445 - 662
62  Score = 57 (25.1 bits), Expect = 0.68, Sum P(2) = 0.50
63  Identities = 43/212 (20%), Positives = 89/212 (41%)
65 Query: 276 - 481
66 Sbjct: 479 - 678
70 Parameters:
71   gi
72   noseqs
73   stats
74   wordmask=seg+xnu
75   qrecmin=1
76   qrecmax=10110
77   E=10
78   V=10000
79   B=10000
80   postsw
82   ctxfactor=1.00
84   Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
85   Frame  MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
86    +0      0   BLOSUM62        0.306   0.122   0.320    same    same    same
87                Q=9,R=2         0.244   0.0300  0.180     n/a     n/a     n/a
89   Query
90   Frame  MatID  Length  Eff.Length     E    S W   T  X   E2     S2
91    +0      0      483       483       10.  78 3  10 23  0.19    35
92                                                     35  0.22    37
95 Statistics:
96   Query          Expected          Observed           HSPs
97   Frame  MatID  High Score        High Score       Reportable
98    +0      0    71 (31.4 bits)  2415 (1066.8 bits)   1089
100   Query         Neighborhd  Word      Excluded    Failed   Successful  Overlaps
101   Frame  MatID   Words      Hits        Hits    Extensions Extensions  Excluded
102    +0      0     14620    91959369    23132921    68703395   123053      3666