A test to ensure Bio::PrimarySeqI->trunc() doesn't use clone() for a Bio::Seq::RichSe...
[bioperl-live.git] / t / data / testfuzzy.genbank
blob3d5a6839e4db55df36be6fb8114d189067505e62
1 LOCUS       DDU63596      310 bp    DNA             INV       14-MAY-1999
2 DEFINITION  Dictyostelium discoideum Tdd-4 transposable element flanking
3             sequence, clone p427/428 right end.
4 ACCESSION   U63596
5 NID         g2393749
6 KEYWORDS    .
7 SOURCE      Dictyostelium discoideum.
8   ORGANISM  Dictyostelium discoideum
9             Eukaryota; Dictyosteliida; Dictyostelium.
10 REFERENCE   1  (bases 1 to 310)
11   AUTHORS   Wells,D.J.
12   TITLE     Tdd-4, a DNA transposon of Dictyostelium that encodes proteins
13             similar to LTR retroelement integrases
14   JOURNAL   Nucleic Acids Res. 27 (11), 2408-2415 (1999)
15 REFERENCE   2  (bases 1 to 310)
16   AUTHORS   Wells,D.J. and Welker,D.L.
17   TITLE     Dictyostelium discoideum Tdd-4 transposable element, right end
18             flanking sequence from clone p427/428
19   JOURNAL   Unpublished
20 REFERENCE   3  (bases 1 to 310)
21   AUTHORS   Wells,D.J. and Welker,D.L.
22   TITLE     Direct Submission
23   JOURNAL   Submitted (11-JUL-1996) Biology, Utah State Univ., Logan, UT
24             84322-5305, USA
25 FEATURES             Location/Qualifiers
26      source          1..310
27                      /organism="Dictyostelium discoideum"
28                      /strain="AX4"
29                      /db_xref="taxon:44689"
30                      /clone="p427/428"
31      misc_feature    5.12
32                      /note="Fuzzy location"
33      misc_feature    <5..12
34                      /note="Fuzzy location2"
35      misc_feature    5>..12
36                      /note="Fuzzy location3"
37      misc_feature    5..<12
38                      /note="Fuzzy location4"
39      misc_feature    5..12>
40                      /note="Fuzzy location5"
41      misc_feature    <5..12>
42                      /note="Fuzzy location6"
43      misc_feature    5.12>
44                      /note="Fuzzy location7"
45      misc_feature    <5.12>
46                      /note="Fuzzy location8"
47      misc_feature    5>.12>
48                      /note="Fuzzy location9"
49      misc_feature    5.<12
50                      /note="Fuzzy location10"
51      misc_feature    5.60..<120
52                      /note="Fuzzy location11"
53      misc_feature    5^9..>200
54                      /note="Fuzzy location12"
55      misc_feature    5.10..12.15
56                      /note="Fuzzy location13"
57      misc_feature    5.10
58                      /note="Fuzzy location14"
59      misc_feature    join(J00194:(100..202),1..245,300..422)
60                      /note="Location partly in another entry"
61      misc_feature    complement(join(1..30,30.40,4^8,40.30..90))
62                      /note="complement of join"
63      misc_feature    order(1..30, 31..40)
64                      /note="location uses order"
65      misc_feature    order(AF183172.1:1..30, 31..40)
66                      /note="location uses order in another sequence"
67      misc_feature    order(AF183172.1:<1..30, 31..>342)
68                      /note="uses order and fuzzy locs in another sequence"
69      mRNA            join(complement(83202..83329),84248..84996)
70 BASE COUNT      118 a     46 c     67 g     79 t
71 ORIGIN      
72         1 gtgacagttg gctgtcagac atacaatgat tgtttagaag aggagaagat tgatccggag
73        61 taccgtgata gtattttaaa aactatgaaa gcgggaatac ttaatggtaa actagttaga
74       121 ttatgtgacg tgccaagggg tgtagatgta gaaattgaaa caactggtct aaccgattca
75       181 gaaggagaaa gtgaatcaaa agaagaagag tgatgatgaa tagccaccat tactgcatac
76       241 tgtagccctt acccttgtcg caccattagc cattaataaa aataaaaaat tatataaaaa
77       301 ttacacccat