A test to ensure Bio::PrimarySeqI->trunc() doesn't use clone() for a Bio::Seq::RichSe...
[bioperl-live.git] / t / data / testaln.msf
blob80679fbfe5a904b1237f5284db85355d55494796
2 NoName   MSF: 16  Type: P  Fri May 25 11:28:34 2001  Check: 00 ..
4  Name: 1433_LYCES/9-246  Len:    242  Check:  2603  Weight:  1.00
5  Name: 1434_LYCES/6-243  Len:    242  Check:  2257  Weight:  1.00
6  Name: 143R_ARATH/7-245  Len:    242  Check:  3905  Weight:  1.00
7  Name: 143B_VICFA/7-242  Len:    242  Check:  2825  Weight:  1.00
8  Name: 143E_HUMAN/4-239  Len:    242  Check:  2034  Weight:  1.00
9  Name: BMH1_YEAST/4-240  Len:    242  Check:  7237  Weight:  1.00
10  Name: RA24_SCHPO/6-241  Len:    242  Check:  3762  Weight:  1.00
11  Name: RA25_SCHPO/5-240  Len:    242  Check:  2995  Weight:  1.00
12  Name: 1431_ENTHI/4-239  Len:    242  Check:  2213  Weight:  1.00
13  Name: 1432_ENTHI/4-238  Len:    242  Check:  8344  Weight:  1.00
14  Name: 1433_CAEEL/5-237  Len:    242  Check:  1241  Weight:  1.00
15  Name: 143Z_DROME/6-239  Len:    242  Check:  8864  Weight:  1.00
16  Name: 1433_XENLA/1-227  Len:    242  Check:  8793  Weight:  1.00
17  Name: 143T_HUMAN/3-236  Len:    242  Check:  6034  Weight:  1.00
18  Name: 143F_MOUSE/3-240  Len:    242  Check:  5185  Weight:  1.00
19  Name: 143S_HUMAN/3-238  Len:    242  Check:  1679  Weight:  1.00
24 1433_LYCES/9-246      REENVYMAKL ADRAESDEEM VEFMEKVSNS LGS.EELTVE ERNLLSVAYK 
25 1434_LYCES/6-243      REENVYLAKL AEQAERYEEM IEFMEKVAKT ADV.EELTVE ERNLLSVAYK 
26 143R_ARATH/7-245      RDQYVYMAKL AEQAERYEEM VQFMEQLVTG ATPAEELTVE ERNLLSVAYK 
27 143B_VICFA/7-242      RENFVYIAKL AEQAERYEEM VDSMKNVANL DV...ELTIE ERNLLSVGYK 
28 143E_HUMAN/4-239      REDLVYQAKL AEQAERYDEM VESMKKVAGM DV...ELTVE ERNLLSVAYK 
29 BMH1_YEAST/4-240      REDSVYLAKL AEQAERYEEM VENMKTVASS GQ...ELSVE ERNLLSVAYK 
30 RA24_SCHPO/6-241      REDAVYLAKL AEQAERYEGM VENMKSVAST DQ...ELTVE ERNLLSVAYK 
31 RA25_SCHPO/5-240      RENSVYLAKL AEQAERYEEM VENMKKVACS ND...KLSVE ERNLLSVAYK 
32 1431_ENTHI/4-239      REDCVYTAKL AEQSERYDEM VQCMKQVAEM EA...ELSIE ERNLLSVAYK 
33 1432_ENTHI/4-238      REDLVYLSKL AEQSERYEEM VQYMKQVAEM GT...ELSVE ERNLISVAYK 
34 1433_CAEEL/5-237      VEELVQRAKL AEQAERYDDM AAAMKKVTEQ GQ...ELSNE ERNLLSVAYK 
35 143Z_DROME/6-239      KEELVQKAKL AEQSERYDDM AQAMKSVTET GV...ELSNE ERNLLSVAYK 
36 1433_XENLA/1-227      .......AKL SEQAERYDDM AASMKAVTEL GA...ELSNE ERNLLSVAYK 
37 143T_HUMAN/3-236      KTELIQKAKL AEQAERYDDM ATCMKAVTEQ GA...ELSNE ERNLLSVAYK 
38 143F_MOUSE/3-240      REQLLQRARL AEQAERYDDM ASAMKAVTEL NE...PLSNE DRNLLSVAYK 
39 143S_HUMAN/3-238      RASLIQKAKL AEQAERYEDM AAFMKGAVEK GE...ELSCE ERNLLSVAYK 
42 1433_LYCES/9-246      NVIGARRASW RIISSIEQKE ESRG.NEEHV NSIREYRSKI ENELSKICDG 
43 1434_LYCES/6-243      NVIGARRASW RIISSIEQKE ESRG.NEDHV NTIKEYRSKI EADLSKICDG 
44 143R_ARATH/7-245      NVIGSLRAAW RIVSSIEQKE ESRK.NDEHV SLVKDYRSKV ESELSSVCSG 
45 143B_VICFA/7-242      NVIGARRASW RILSSIEQKE ESKG.NDVNA KRIKEYRHKV ETELSNICID 
46 143E_HUMAN/4-239      NVIGARRASW RIISSIEQKE ENKG.GEDKL KMIREYRQMV ETELKLICCD 
47 BMH1_YEAST/4-240      NVIGARRASW RIVSSIEQKE ESKEKSEHQV ELICSYRSKI ETELTKISDD 
48 RA24_SCHPO/6-241      NVIGARRASW RIVSSIEQKE ESKG.NTAQV ELIKEYRQKI EQELDTICQD 
49 RA25_SCHPO/5-240      NIIGARRASW RIISSIEQKE ESRG.NTRQA ALIKEYRKKI EDELSDICHD 
50 1431_ENTHI/4-239      NVIGAKRASW RIISSLEQKE QAKG.NDKHV EIIKGYRAKI EKELSTCCDD 
51 1432_ENTHI/4-238      NVVGSRRASW RIISSLEQKE QAKG.NTQRV ELIKTYRAKI EQELSQKCDD 
52 1433_CAEEL/5-237      NVVGARRSSW RVISSIEQKT EG...SEKKQ QLAKEYRVKV EQELNDICQD 
53 143Z_DROME/6-239      NVVGARRSSW RVISSIEQKT EA...SARKQ QLAREYRERV EKELREICYE 
54 1433_XENLA/1-227      NVVGARRSSW RVISSIEQKT EG...NDKRQ QMAREYREKV ETELQDICKD 
55 143T_HUMAN/3-236      NVVGGRRSAW RVISSIEQKT DT...SDKKL QLIKDYREKV ESELRSICTT 
56 143F_MOUSE/3-240      NVVGARRSSW RVISSIEQKT MADG.NEKKL EKVKAYREKI EKELETVCND 
57 143S_HUMAN/3-238      NVVGGQRAAW RVLSSIEQKS NEEG.SEEKG PEVREYREKV ETELQGVCDT 
60 1433_LYCES/9-246      ILKLLDSKLI PSA..TSGDS KVFYLKMKGD YHRYLAEFKT GAERKEAAES 
61 1434_LYCES/6-243      ILSLLESNLI PSA..STAES KVFHLKMKGD YHRYLAEFKT GTERKEAAEN 
62 143R_ARATH/7-245      ILKLLDSHLI PSA..GASES KVFYLKMKGD YHRYMAEFKS GDERKTAAED 
63 143B_VICFA/7-242      VMRVIDEHLI PSA..AAGES TVFYYKMKGD YYRYLAEFKT GNEKKEAGDQ 
64 143E_HUMAN/4-239      ILDVLDKHLI PAA..NTGES KVFYYKMKGD YHRYLAEFAT GNDRKEAAEN 
65 BMH1_YEAST/4-240      ILSVLDSHLI PSA..TTGES KVFYYKMKGD YHRYLAEFSS GDAREKATNA 
66 RA24_SCHPO/6-241      ILTVLEKHLI PNA..ASAES KVFYYKMKGD YYRYLAEFAV GEKRQHSADQ 
67 RA25_SCHPO/5-240      VLSVLEKHLI PAA..TTGES KVFYYKMKGD YYRYLAEFTV GEVCKEAADS 
68 1431_ENTHI/4-239      VLKVIQENLL PKA..STSES KVFFKKMEGD YYRYFAEFTV DEKRKEVADK 
69 1432_ENTHI/4-238      VLKIITEFLL KNS..TSIES KVFFKKMEGD YYRYYAEFTV DEKRKEVADK 
70 1433_CAEEL/5-237      VLKLLDEFLI VKA..GAAES KAFYLKMKGD YYRYLAEVAS .EDRAAVVEK 
71 143Z_DROME/6-239      VLGLLDKYLI PKA..SNPES KVFYLKMKGD YYRYLAEVAT GDARNTVVDD 
72 1433_XENLA/1-227      VLDLLDRFLV PNA..TPPES KVFYLKMKGD YYRYLSEVAS GDSKQETVAS 
73 143T_HUMAN/3-236      VLELLDKYLI ANA..TNPES KVFYLKMKGD YFRYLAEVAC GDDRKQTIDN 
74 143F_MOUSE/3-240      VLALLDKFLI KNCNDFQYES KVFYLKMKGD YYRYLAEVAS GEKKNSVVEA 
75 143S_HUMAN/3-238      VLGLLDSHLI KEA..GDAES RVFYLKMKGD YYRYLAEVAT GDDKKRIIDS 
78 1433_LYCES/9-246      TLTAYKAAQD IASAELAPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS PDRACNLAKQ 
79 1434_LYCES/6-243      TLLAYKSAQD IALAELAPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS PDRACNLAKQ 
80 143R_ARATH/7-245      TMLAYKAAQD IAAADMAPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS SDKACNMAKQ 
81 143B_VICFA/7-242      SMKAYESATT AAEAELPPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS PERACHLAKQ 
82 143E_HUMAN/4-239      SLVAYKAASD IAMTELPPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS PDRACRLAKA 
83 BMH1_YEAST/4-240      SLEAYKTASE IATTELPPTH PIRLGLALNF SVFYYEIQNS PDKACHLAKQ 
84 RA24_SCHPO/6-241      SLEGYKAASE IATAELAPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS PDRACYLAKQ 
85 RA25_SCHPO/5-240      SLEAYKAASD IAVAELPPTD PMRLGLALNF SVFYYEILDS PESACHLAKQ 
86 1431_ENTHI/4-239      SLAAYTEATE ISNAELAPTH PIRLGLALNF SVFYFEIMND ADKACQLAKQ 
87 1432_ENTHI/4-238      SLAAYQEATD TA.ASLVPTH PIRLGLALNF SVFYYQIMND ADKACQLAKE 
88 1433_CAEEL/5-237      SQKAYQEALD IAKDKMQPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNT PEHACQLAKQ 
89 143Z_DROME/6-239      SQTAYQDAFD ISKGKMQPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS PDKACQLAKQ 
90 1433_XENLA/1-227      SQQAYQEAFE ISKSEMQPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNS PEKACSLAKS 
91 143T_HUMAN/3-236      SQGAYQEAFD ISKKEMQPTH PIRLGLALNF SVFYYEILNN PELACTLAKT 
92 143F_MOUSE/3-240      SEAAYKEAFE ISKEHMQPTH PIRLGLALNF SVFYYEIQNA PEQACLLAKQ 
93 143S_HUMAN/3-238      ARSAYQEAMD ISKKEMPPTN PIRLGLALNF SVFHYEIANS PEEAISLAKT 
96 1433_LYCES/9-246      AFDEAIAELD TLGEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDMQD DG 
97 1434_LYCES/6-243      AFDEAISELD TLGEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDNAD DV 
98 143R_ARATH/7-245      AFEEAIAELD TLGEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDYAG AD 
99 143B_VICFA/7-242      AFDEAISELD TLNEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDIPE DG 
100 143E_HUMAN/4-239      AFDDAIAELD TLSEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDMQG DG 
101 BMH1_YEAST/4-240      AFDDAIAELD TLSEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDMSE SG 
102 RA24_SCHPO/6-241      AFDEAISELD SLSEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDAEY SA 
103 RA25_SCHPO/5-240      VFDEAISELD SLSEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDAEY NQ 
104 1431_ENTHI/4-239      AFDDAIAKLD EVPENMYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDACD EE 
105 1432_ENTHI/4-238      AFDEAIQKLD EVPEESYKES TLIMQLLRDN LTLWTSDMGD DE 
106 1433_CAEEL/5-237      AFDDAIAELD TLNEDSYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDVGA ED 
107 143Z_DROME/6-239      AFDDAIAELD TLNEDSYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDTQG DE 
108 1433_XENLA/1-227      AFDEAIRELD TLNEESYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSENQG EE 
109 143T_HUMAN/3-236      AFDEAIAELD TLNEDSYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDSAG EE 
110 143F_MOUSE/3-240      AFDDAIAELD TLNEDSYKDS TLIMQLLRDN LTLWTSDQQD EE 
111 143S_HUMAN/3-238      TFDEAMADLH TLSEDSYKDS TLIMQLLRDN LTLWTADNAG EE