A test to ensure Bio::PrimarySeqI->trunc() doesn't use clone() for a Bio::Seq::RichSe...
[bioperl-live.git] / t / data / singlet_w_CT.ace
blob9dc2ca29f3d3a8ff36bca5adfc368cc6a838d6e3
1 AS 1 1
3 CO Contig14 934 1 1 U
4 gaggcgggggcggacggtcttaccccgggtgaatatcatacagccctaaa
5 cccagacaatattgctgatgccaaaaatgcATGCTGGCAGGAGCCTGATA
6 TAGCTGTCTCCCGAGAGGCTCAGCCAGAGCCTGATAAATACAGAGGCAAA
7 TGCTAGCAGCCAATCATTGAATTGAGAATGGGGTCCCCATTGGAGGAATT
8 AGAGAAAGGATTGAAGGAGCTGAAGAGGCTTGCAACCCCATAAGAACAAC
9 AATACCAAGTAACCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCACCATCTAAAGAGTA
10 CACATGGAGTGACCCATGGCTCCAGTTGCATATGTTGCAGAGGATGGCCT
11 TGTTGGGCACCAATGGGATGAGAAGCTCTTGGTTCTGCCAAGGCTGGACC
12 ACCCAGTGCAGGGGAATGTCAGGGTGGGGAGGCAGGAAAGGTTGGGTGGT
13 TGGGGGGGCGACACCCTCATAGAAGATAGGGGAGGGGGAGTGGGATAGGG
14 GACTTATGGACAGGAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAAAATAT
15 CCGAAAGGGGGTGGTGGTGGCCAGGACTGTAGCGATCAACTTTGCCAAAT
16 TCCTTGTACTCCTGATATCTTGCTGCATGGTGAAGAGTTTCCCGTATTCA
17 TTACACTTCATAGgttTTTGTCTGGTATCAGCTTTCTCATGttGCTTTTA
18 AAACATCTTTCTTCATTGAACATAAATTGAGATCCACAGACCtAattCtc
19 aACCAACTAGCATTTACCAACTCCTGggtgcttttcttcacaaagagaaa
20 cctcaaccaatagggcctttggatggaaaatttctggatggactgggtgt
21 aactgcctttatgggcgacagcctgggggttctgaaccattgttccaaaa
22 aaaccgcctctagggacccatcgtgtgagaaaac
25  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
26  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 68 68 68 68 68 68 68 68 57 57 57 57 57 57 59 57 57 57 50
27  50 50 50 51 57 57 57 57 57 57 68 57 57 50 50 50 50 50 57 50 50 50 50 50 47 47 47 50 52 54 57 57 68 68 68 68 57 50 50 50 50 50 57 57 57 68 68 68 68 68
28  68 57 57 57 57 57 57 57 57 57 57 57 57 57 57 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62
29  62 62 62 62 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 62
30  62 68 68 62 62 62 62 62 62 62 68 44 44 43 39 39 43 43 52 62 62 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68
31  68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 68 62 62 62 62 62 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 62 62 68 68 62 68 62
32  62 62 62 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62
33  62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68
34  68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62
35  68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 68 62 62 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 68 68 68 68 68
36  68 68 68 68 68 68 68 68 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 52 52 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 62 57 59 57 57 57 57 68 57 57 59
37  68 68 68 59 59 57 57 57 59 59 59 57 57 57 57 57 57 59 59 59 57 57 57 57 57 57 68 57 57 57 57 57 57 44 57 37 43 37 59 59 68 59 59 57 57 57 50 50 50 50
38  50 50 68 57 57 57 57 57 59 59 57 36 36 15 15 15 32 26 43 27 27 27 43 36 28 28 28 38 44 57 57 46 46 46 57 57 57 57 42 32 24 17 17 30 34 43 44 57 57 48
39  48 32 48 26 23 28 44 44 57 57 59 59 59 41 41 20 20 27 44 44 41 35 35 41 41 57 57 57 57 57 57 43 32 32 32 32 43 48 48 39 40 35 19 21 13 13 12 23 12 12
40  12 27 26 33 33 33 37 37 37 41 37 30 27 24 29 22 30 34 37 32 37 30 28 28 28 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
41  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
42  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
43  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
45 AF rt21f229.x.scf U 1
46 BS 1 934 rt21f229.x.scf
48 RD rt21f229.x.scf 934 0 0
49 gaggcgggggcggacggtcttaccccgggtgaatatcatacagccctaaa
50 cccagacaatattgctgatgccaaaaatgcATGCTGGCAGGAGCCTGATA
51 TAGCTGTCTCCCGAGAGGCTCAGCCAGAGCCTGATAAATACAGAGGCAAA
52 TGCTAGCAGCCAATCATTGAATTGAGAATGGGGTCCCCATTGGAGGAATT
53 AGAGAAAGGATTGAAGGAGCTGAAGAGGCTTGCAACCCCATAAGAACAAC
54 AATACCAAGTAACCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCACCATCTAAAGAGTA
55 CACATGGAGTGACCCATGGCTCCAGTTGCATATGTTGCAGAGGATGGCCT
56 TGTTGGGCACCAATGGGATGAGAAGCTCTTGGTTCTGCCAAGGCTGGACC
57 ACCCAGTGCAGGGGAATGTCAGGGTGGGGAGGCAGGAAAGGTTGGGTGGT
58 TGGGGGGGCGACACCCTCATAGAAGATAGGGGAGGGGGAGTGGGATAGGG
59 GACTTATGGACAGGAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAAAATAT
60 CCGAAAGGGGGTGGTGGTGGCCAGGACTGTAGCGATCAACTTTGCCAAAT
61 TCCTTGTACTCCTGATATCTTGCTGCATGGTGAAGAGTTTCCCGTATTCA
62 TTACACTTCATAGgttTTTGTCTGGTATCAGCTTTCTCATGttGCTTTTA
63 AAACATCTTTCTTCATTGAACATAAATTGAGATCCACAGACCtAattCtc
64 aACCAACTAGCATTTACCAACTCCTGggtgcttttcttcacaaagagaaa
65 cctcaaccaatagggcctttggatggaaaatttctggatggactgggtgt
66 aactgcctttatgggcgacagcctgggggttctgaaccattgttccaaaa
67 aaaccgcctctagggacccatcgtgtgagaaaac
69 QA 81 776 1 934
70 DS CHROMAT_FILE: rt21f229.x.scf PHD_FILE: rt21f229.x.scf.phd.1 CHEM: term DYE: big TIME: Wed Feb 11 15:31:12 2009 TEMPLATE: rt21f229 DIRECTION: fwd
72 CT{
73 Contig14 repeat tagRepeats.perl 38 422 090211:153155 NoTrans
74 Lx#LINE/L1