t/data/signalp.positive.out

   1      SignalP 3.0 Server - prediction results
   2         Technical University of Denmark
   3
   4
   5
   6
   7
   8 Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria
   9
  10
  11
  12 >my_fasta_id
  13
  14
  15
  16 SignalP-NN result:
  17
  18
  19 >my_fasta_id  length = 70
  20
  21 # pos  aa    C       S       Y
  22     1   M   0.006   0.512   0.022
  23     2   R   0.006   0.473   0.022
  24     3   I   0.006   0.324   0.020
  25     4   T   0.006   0.454   0.013
  26     5   I   0.006   0.588   0.005
  27     6   L   0.006   0.223   0.000
  28     7   A   0.006   0.339   0.000
  29     8   S   0.012   0.504   0.000
  30     9   V   0.006   0.642   0.000
  31    10   V   0.008   0.384   0.008
  32    11   I   0.007   0.212   0.012
  33    12   P   0.007   0.160   0.009
  34    13   C   0.007   0.263   0.000
  35    14   L   0.009   0.648   0.000
  36    15   G   0.006   0.594   0.016
  37    16   F   0.011   0.538   0.031
  38    17   S   0.007   0.598   0.028
  39    18   A   0.016   0.678   0.050
  40    19   S   0.026   0.717   0.075
  41    20   C   0.008   0.748   0.047
  42    21   M   0.010   0.755   0.059
  43    22   A   0.064   0.902   0.161
  44    23   A   0.916   0.225   0.678
  45    24   E   0.467   0.046   0.487
  46    25   D   0.016   0.042   0.089
  47    26   V   0.011   0.043   0.071
  48    27   M   0.007   0.048   0.053
  49    28   I   0.009   0.042   0.061
  50    29   V   0.009   0.041   0.062
  51    30   S   0.007   0.033   0.052
  52    31   A   0.007   0.026   0.052
  53    32   S   0.028   0.022   0.097
  54    33   G   0.007   0.014   0.046
  55    34   Y   0.043   0.010   0.107
  56    35   E   0.008   0.018   0.042
  57    36   K   0.011   0.031   0.046
  58    37   K   0.009   0.008   0.036
  59    38   L   0.009   0.015   0.029
  60    39   T   0.006   0.017   0.015
  61    40   N   0.006   0.012   0.013
  62    41   A   0.006   0.013   0.013
  63    42   A   0.008   0.004   0.014
  64    43   A   0.007   0.001   0.013
  65    44   S   0.007   0.000   0.012
  66    45   V   0.006   0.001   0.010
  67    46   S   0.006   0.000   0.009
  68    47   V   0.006   0.000   0.008
  69    48   I   0.006   0.000   0.008
  70    49   N   0.008   0.000   0.008
  71    50   Q   0.009   0.000   0.009
  72    51   E   0.007   0.000   0.007
  73    52   E   0.006   0.000   0.006
  74    53   L   0.006   0.000   0.005
  75    54   Q   0.007   0.000   0.005
  76    55   S   0.006   0.000   0.004
  77    56   S   0.007   0.000   0.003
  78    57   Q   0.006   0.000   0.003
  79    58   Y   0.006   0.000   0.001
  80    59   H   0.007   0.000   0.001
  81    60   D   0.007   0.000   0.001
  82    61   L   0.007   0.000   0.001
  83    62   A   0.007   0.000   0.001
  84    63   E   0.008   0.000   0.001
  85    64   A   0.006   0.000   0.001
  86    65   L   0.008   0.000   0.001
  87    66   R   0.006   0.000   0.001
  88    67   S   0.006   0.000   0.001
  89    68   V   0.006   0.000   0.001
  90    69   E   0.006   0.000   0.001
  91    70   G   0.007   0.000   0.001
  92
  93
  94 >my_fasta_id  length = 70
  95 # Measure  Position  Value  Cutoff  signal peptide?
  96   max. C    23       0.916   0.52   YES
  97   max. Y    23       0.678   0.33   YES
  98   max. S    22       0.902   0.92   NO
  99   mean S     1-22    0.512   0.49   YES
 100        D     1-22    0.595   0.44   YES
 101 # Most likely cleavage site between pos. 22 and 23: CMA-AE
 102
 103
 104
 105 SignalP-HMM result:
 106
 107
 108 >my_fasta_id
 109 # pos  aa    C       S      n-reg   h-reg   c-reg
 110     1   M   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
 111     2   R   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
 112     3   I   0.000   1.000   1.000   0.000   0.000
 113     4   T   0.000   1.000   0.910   0.090   0.000
 114     5   I   0.000   1.000   0.572   0.428   0.000
 115     6   L   0.000   1.000   0.224   0.776   0.000
 116     7   A   0.000   1.000   0.011   0.989   0.000
 117     8   S   0.000   1.000   0.001   0.999   0.000
 118     9   V   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
 119    10   V   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
 120    11   I   0.000   1.000   0.000   1.000   0.000
 121    12   P   0.000   1.000   0.000   0.999   0.001
 122    13   C   0.000   1.000   0.000   0.997   0.003
 123    14   L   0.000   1.000   0.000   0.977   0.023
 124    15   G   0.000   1.000   0.000   0.849   0.151
 125    16   F   0.000   1.000   0.000   0.224   0.776
 126    17   S   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
 127    18   A   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
 128    19   S   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
 129    20   C   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
 130    21   M   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
 131    22   A   0.000   1.000   0.000   0.000   1.000
 132    23   A   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 133    24   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 134    25   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 135    26   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 136    27   M   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 137    28   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 138    29   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 139    30   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 140    31   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 141    32   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 142    33   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 143    34   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 144    35   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 145    36   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 146    37   K   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 147    38   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 148    39   T   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 149    40   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 150    41   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 151    42   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 152    43   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 153    44   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 154    45   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 155    46   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 156    47   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 157    48   I   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 158    49   N   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 159    50   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 160    51   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 161    52   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 162    53   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 163    54   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 164    55   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 165    56   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 166    57   Q   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 167    58   Y   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 168    59   H   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 169    60   D   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 170    61   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 171    62   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 172    63   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 173    64   A   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 174    65   L   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 175    66   R   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 176    67   S   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 177    68   V   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 178    69   E   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 179    70   G   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
 180
 181
 182 >my_fasta_id
 183 Prediction: Signal peptide
 184 Signal peptide probability: 1.000
 185 Max cleavage site probability: 1.000 between pos. 22 and 23
 186
 187