t/data/regulation_test.obo

   1 format-version: 1.2
   2 date: 29:01:2008 12:06
   3 subsetdef: goslim_candida "Candida GO slim"
   4 subsetdef: goslim_generic "Generic GO slim"
   5 subsetdef: goslim_goa "GOA and proteome slim"
   6 subsetdef: goslim_pir "PIR GO slim"
   7 subsetdef: goslim_plant "Plant GO slim"
   8 subsetdef: goslim_yeast "Yeast GO slim"
   9 subsetdef: gosubset_prok "Prokaryotic GO subset"
  10 default-namespace: gene_ontology
  11
  12 [Term]
  13 id: GO:0003674
  14 name: molecular_function
  15 namespace: molecular_function
  16 def: "Elemental activities, such as catalysis or binding, describing the actions of a gene product at the molecular level. A given gene product may exhibit one or more molecular functions." [GOC:go_curators]
  17 comment: Note that, in addition to forming the root of the molecular function ontology, this term is recommended for use for the annotation of gene products whose molecular function is unknown. Note that when this term is used for annotation, it indicates that no information was available about the molecular function of the gene product annotated as of the date the annotation was made; the evidence code ND, no data, is used to indicate this.
  18 subset: goslim_candida
  19 subset: goslim_generic
  20 subset: goslim_goa
  21 subset: goslim_pir
  22 subset: goslim_plant
  23 subset: goslim_yeast
  24 subset: gosubset_prok
  25 synonym: "molecular function unknown" NARROW []
  26
  27 [Term]
  28 id: GO:0003824
  29 name: catalytic activity
  30 namespace: molecular_function
  31 def: "Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic." [ISBN:0198506732]
  32 subset: goslim_generic
  33 subset: goslim_goa
  34 subset: goslim_pir
  35 subset: goslim_plant
  36 subset: gosubset_prok
  37 synonym: "enzyme activity" RELATED []
  38 is_a: GO:0003674 ! molecular_function
  39
  40 [Term]
  41 id: GO:0008150
  42 name: biological_process
  43 namespace: biological_process
  44 def: "Those processes specifically pertinent to the functioning of integrated living units: cells, tissues, organs, and organisms. A process is a collection of molecular events with a defined beginning and end." [GOC:go_curators, GOC:isa_complete]
  45 comment: Note that, in addition to forming the root of the biological process ontology, this term is recommended for use for the annotation of gene products whose biological process is unknown. Note that when this term is used for annotation, it indicates that no information was available about the biological process of the gene product annotated as of the date the annotation was made; the evidence code ND, no data, is used to indicate this.
  46 subset: goslim_candida
  47 subset: goslim_generic
  48 subset: goslim_goa
  49 subset: goslim_pir
  50 subset: goslim_plant
  51 subset: goslim_yeast
  52 subset: gosubset_prok
  53 synonym: "biological process unknown" NARROW []
  54 synonym: "physiological process" EXACT []
  55
  56 [Term]
  57 id: GO:0016740
  58 name: transferase activity
  59 namespace: molecular_function
  60 def: "Catalysis of the transfer of a group, e.g. a methyl group, glycosyl group, acyl group, phosphorus-containing, or other groups, from one compound (generally regarded as the donor) to another compound (generally regarded as the acceptor). Transferase is the systematic name for any enzyme of EC class 2." [ISBN:0198506732]
  61 subset: goslim_candida
  62 subset: goslim_generic
  63 subset: goslim_goa
  64 subset: goslim_pir
  65 subset: goslim_plant
  66 subset: goslim_yeast
  67 subset: gosubset_prok
  68 xref: EC:2
  69 is_a: GO:0003824 ! catalytic activity
  70
  71 [Term]
  72 id: GO:0043085
  73 name: positive regulation of catalytic activity
  74 namespace: biological_process
  75 def: "Any process that activates or increases the activity of an enzyme." [GOC:jl, GOC:tb]
  76 subset: gosubset_prok
  77 synonym: "activation of enzyme activity" NARROW []
  78 synonym: "positive regulation of enzyme activity" EXACT []
  79 synonym: "stimulation of enzyme activity" NARROW []
  80 synonym: "up regulation of enzyme activity" EXACT []
  81 synonym: "up-regulation of enzyme activity" EXACT []
  82 synonym: "upregulation of enzyme activity" EXACT []
  83 is_a: GO:0050790 ! regulation of catalytic activity
  84 intersection_of: GO:0065007 ! biological regulation
  85 intersection_of: positively_regulates GO:0003824 ! catalytic activity
  86 relationship: positively_regulates GO:0003824 ! catalytic activity
  87
  88 [Term]
  89 id: GO:0050790
  90 name: regulation of catalytic activity
  91 namespace: biological_process
  92 def: "Any process that modulates the activity of an enzyme." [GOC:ai]
  93 subset: gosubset_prok
  94 synonym: "regulation of enzyme activity" EXACT []
  95 is_a: GO:0065009 ! regulation of a molecular function
  96 intersection_of: GO:0065007 ! biological regulation
  97 intersection_of: regulates GO:0003824 ! catalytic activity
  98 relationship: regulates GO:0003824 ! catalytic activity
  99
 100 [Term]
 101 id: GO:0051338
 102 name: regulation of transferase activity
 103 namespace: biological_process
 104 def: "Any process that modulates the frequency, rate or extent of transferase activity, the catalysis of the transfer of a group, e.g. a methyl group, glycosyl group, acyl group, phosphorus-containing, or other groups, from one compound (generally regarded as the donor) to another compound (generally regarded as the acceptor). Transferase is the systematic name for any enzyme of EC class 2." [EC:2.-.-.-, GOC:ai]
 105 subset: gosubset_prok
 106 synonym: "transferase regulator" EXACT []
 107 is_a: GO:0050790 ! regulation of catalytic activity
 108 intersection_of: GO:0065007 ! biological regulation
 109 intersection_of: regulates GO:0016740 ! transferase activity
 110 relationship: regulates GO:0016740 ! transferase activity
 111
 112 [Term]
 113 id: GO:0051347
 114 name: positive regulation of transferase activity
 115 namespace: biological_process
 116 def: "Any process that activates or increases the frequency, rate or extent of transferase activity, the catalysis of the transfer of a group, e.g. a methyl group, glycosyl group, acyl group, phosphorus-containing, or other groups, from a donor compound to an acceptor." [GOC:ai]
 117 subset: gosubset_prok
 118 synonym: "activation of transferase activity" NARROW []
 119 synonym: "stimulation of transferase activity" NARROW []
 120 synonym: "transferase activator" EXACT []
 121 synonym: "up regulation of transferase activity" EXACT []
 122 synonym: "up-regulation of transferase activity" EXACT []
 123 synonym: "upregulation of transferase activity" EXACT []
 124 is_a: GO:0043085 ! positive regulation of catalytic activity
 125 is_a: GO:0051338 ! regulation of transferase activity
 126 intersection_of: GO:0065007 ! biological regulation
 127 intersection_of: positively_regulates GO:0016740 ! transferase activity
 128 relationship: positively_regulates GO:0016740 ! transferase activity
 129
 130 [Term]
 131 id: GO:0065007
 132 name: biological regulation
 133 namespace: biological_process
 134 def: "Any process that modulates the frequency, rate or extent of any biological process, quality or function." [GOC:isa_complete]
 135 subset: goslim_pir
 136 subset: gosubset_prok
 137 synonym: "regulation" BROAD []
 138 is_a: GO:0008150 ! biological_process
 139
 140 [Term]
 141 id: GO:0065009
 142 name: regulation of a molecular function
 143 namespace: biological_process
 144 def: "Any process that modulates the frequency, rate or extent of molecular functions. Molecular functions are elemental biological activities occurring at the molecular level, such as catalysis or binding." [GOC:isa_complete]
 145 subset: gosubset_prok
 146 is_a: GO:0065007 ! biological regulation
 147
 148 [Typedef]
 149 id: positively_regulates
 150 name: positively_regulates
 151 namespace: gene_ontology
 152 is_a: regulates ! regulates
 153
 154 [Typedef]
 155 id: regulates
 156 name: regulates
 157 namespace: gene_ontology
 158