t/data/codeml45.mlc

   1       9   1425
   2
   3 Pdel181_DNA2  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA ACA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAG TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT CCT GCT TAT GTT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG GCT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATC AAA AGG GCT GTA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT ACT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATG CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT GTT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTG CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCC GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC CAA GCA ATG GAT ACG TTG
   4 Pfre186_DNA2  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA ACA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAG TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT CCT GCT TAT GTT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG GCT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATC AAA AGG GCT GTA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT ACT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATG CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT ATT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTG CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCC GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC CAA GCA ATG GAT ACG TTG
   5 Pgra187_DNA2  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GCA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAC TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT CCT GCT TAT ACT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG ACT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATG AAA AGG GCT ATA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATT GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT AGT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATA CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT GTT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTG CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCT GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATA AAA TTT GAA TTC GAA GCA ATG GAT ACG TTG
   6 Phet26_DNA21  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GCA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAC TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT CCT GCT TAT GTT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG GCT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATC AAA AGG GCT GTA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT AGT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATA CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT GTT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTA CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCC GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC CAA GCA ATG GAT ACG TTG
   7 Pmex37_DNA21  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GCA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAC TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT ACT GCT TAT GTT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG GCT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATC AAA AGG GCT GTA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT AGT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATG CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT ATT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTG CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCC GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC CAA GCA ATG GAT ACG TTG
   8 Ptre197_DNA2  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GCA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAC TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT CCT GCT TAT ACT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG ACT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATG AAA AGG GCT ATA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT AGT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATA CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT GTT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTG CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCT GGT GCT GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC GAA GCA ATG GAT ACG TTG
   9 WHR1_DNA225  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GCG GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAG TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCC GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT ACT GCT TAT GTT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG GCT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATG AAA AGG GCT GTA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT AGT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATA CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT GTT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTG CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCC GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC CAA GCA ATG GAT ACG TTG
  10 YALD273_DNA5  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GCA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAC TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT CCT GCT TAT GTT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG GCT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATC AAA AGG GCT GTA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT AGT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATA CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT GTT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTA CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCC GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC CAA GCA ATG GAT ACG TTG
  11 Pop_trich_ch  ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA GCA GGT GTT GGA TTC AAG GCT GGT GTT AAA GAT TAT AAA TTG ACT TAT TAT ACT CCT GAC TAT GAA ACC AAA GAT ACT GAT ATC TTG GCA GCA TTC CGA GTA ACT CCT CAA CCT GGA GTT CCG CCC GAG GAA GCA GGG GCC GCA GTA GCT GCT GAA TCT TCT ACT GGT ACA TGG ACA ACT GTG TGG ACC GAC GGG CTT ACC AGT CTT GAT CGT TAT AAG GGA CGA TGC TAC GAC ATC GAG CCC GTT GCT GGA GAA GAA AAT CAA TTT ATT GCT TAT GTA GCT TAC CCC TTA GAC CTT TTT GAA GAA GGT TCT GTT ACT AAC ATG TTT ACT TCC ATT GTG GGT AAT GTA TTT GGG TTC AAA GCC CTA CGC GCT CTA CGT CTG GAG GAT TTG CGA ATT CCT CCT GCT TAT GTT AAA ACT TTT CAA GGC CCA CCT CAT GGT ATC CAA GTT GAA AGA GAT AAA TTG AAC AAG TAT GGT CGC CCC CTA TTG GGC TGT ACT ATT AAA CCT AAA TTG GGG TTA TCC GCT AAG AAT TAC GGT AGA GCA GTT TAT GAA TGT CTA CGC GGT GGA CTT GAT TTT ACC AAA GAT GAT GAG AAC GTG AAC TCC CAA CCA TTT ATG CGT TGG AGA GAT CGT TTC TTA TTT TGT GCC GAA GCA CTT TAT AAA GCA CAG GCT GAA ACC GGT GAA ATC AAA GGG CAT TAT TTA AAC GCT ACT GCA GGT ACA TGC GAA GAA ATG ATC AAA AGG GCT GTA TTT GCC AGA GAA TTG GGA GTT CCT ATC GTA ATG CAT GAC TAC TTA ACA GGG GGA TTC ACC GCA AAC ACT AGT TTG GCT CAT TAT TGC CGA GAT AAT GGT TTA CTT CTT CAC ATC CAT CGC GCA ATG CAT GCA GTT ATT GAT AGA CAG AAA AAT CAT GGT ATA CAC TTT CGT GTA CTA GCT AAG GCA TTA CGT ATG TCT GGT GGA GAT CAT ATT CAC TCT GGT ACC GTA GTA GGT AAA CTT GAA GGG GAA AGA GAC ATA ACT TTG GGT TTT GTT GAT TTA CTG CGT GAT GAT TTT GTT GAA AAA GAT CGA AGC CGC GGT ATT TAT TTC ACT CAA GAT TGG GTC TCT CTA CCG GGT GTT CTA CCC GTG GCT TCG GGG GGT ATT CAC GTT TGG CAT ATG CCT GCT CTG ACC GAG ATC TTT GGA GAT GAT TCC GTA CTA CAA TTC GGT GGA GGA ACT TTA GGG CAC CCT TGG GGA AAT GCA CCC GGT GCC GTT GCT AAT CGA GTA GCT CTA GAA GCA TGT GTA CAA GCT CGT AAT GAG GGA CGT GAT CTT GCT CGT GAG GGT AAT GAA ATT ATC CGT GAA GCT AGC AAA TGG AGC CCT GAA CTA GCT GCT GCT TGT GAA GTA TGG AAG GAG ATT AAA TTT GAA TTC CAA GCA ATG GAT ACG TTG
  12
  13
  14
  15 Printing out site pattern counts
  16
  17
  18          9        225  P
  19
  20 Pdel181_DNA2          AAA AAC AAG AAT ACA ACA ACC ACG ACT ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATC ATC ATG ATG ATT ATT CAA CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCC CCG CCT CCT CGA CGC CGT CTA CTG CTG CTT GAA GAC GAG GAG GAT GCA GCC GCC GCT GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTA GTC GTG GTT GTT GTT TAC TAT TCA TCC TCG TCT TCT TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
  21 Pfre186_DNA2          ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
  22 Pgra187_DNA2          ... ... ... ... ... G.. ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ..G ..T ..A ... ..A ... ... G.. ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... AC. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
  23 Phet26_DNA21          ... ... ... ... ... G.. ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
  24 Pmex37_DNA21          ... ... ... ... ... G.. ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
  25 Ptre197_DNA2          ... ... ... ... ... G.. ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ..G ... ..A ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ..T A.. ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... AC. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
  26 WHR1_DNA225           ... ... ... ... ... G.G ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ..G ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ...
  27 YALD273_DNA5          ... ... ... ... ... G.. ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
  28 Pop_trich_ch          ... ... ... ... ... G.. ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
  29
  30    18    6    6    9    5    1    8    1   16    1    6    3    1    1    1
  31     7    1    1    1    9    1    9    9    1    5    2    9    3    5    1
  32     2    1   10    6    5   11    9    1    3    9   24    5    1    9   22
  33    15    4    1    1   23   13    2    9   23    1   12    1    4    1    1
  34    13    4   13    1    4    1    1    5    3    8    5    9    8   10   14
  35
  36
  37 CODONML (in paml version 4.5, December 2011)  examples/small_taxon_set.nuc
  38 Model: One dN/dS ratio for branches
  39 Codon frequency model: F3x4
  40 ns =   9  ls = 475
  41
  42 Codon usage in sequences
  43 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  44 Phe TTT 14 14 14 14 14 14 | Ser TCT  6  6  6  6  6  6 | Tyr TAT 13 13 13 13 13 13 | Cys TGT  5  5  5  5  5  5
  45     TTC  8  8  8  8  8  8 |     TCC  4  4  4  4  4  4 |     TAC  4  4  4  4  4  4 |     TGC  3  3  3  3  3  3
  46 Leu TTA  9  9  9  9  9  9 |     TCA  1  1  1  1  1  1 | *** TAA  0  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0  0
  47     TTG 10 10 10 10 10 10 |     TCG  1  1  1  1  1  1 |     TAG  0  0  0  0  0  0 | Trp TGG  8  8  8  8  8  8
  48 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  49 Leu CTT  9  9  9  9  9  9 | Pro CCT 11 11 12 11 10 12 | His CAT  9  9  9  9  9  9 | Arg CGT 11 11 11 11 11 11
  50     CTC  0  0  0  0  0  0 |     CCC  6  6  5  6  6  5 |     CAC  5  5  5  5  5  5 |     CGC  5  5  5  5  5  5
  51     CTA  9  9  9 10  9  9 |     CCA  3  3  3  3  3  3 | Gln CAA 10 10  9 10 10  9 |     CGA  6  6  6  6  6  6
  52     CTG  4  4  4  3  4  4 |     CCG  2  2  2  2  2  2 |     CAG  2  2  2  2  2  2 |     CGG  0  0  0  0  0  0
  53 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  54 Ile ATT 10 11 10 10 11 10 | Thr ACT 17 17 18 16 17 18 | Asn AAT  9  9  9  9  9  9 | Ser AGT  1  1  2  2  2  2
  55     ATC  9  9  7  9  9  8 |     ACC  8  8  8  8  8  8 |     AAC  6  6  6  6  6  6 |     AGC  3  3  3  3  3  3
  56     ATA  1  1  4  2  1  3 |     ACA  6  6  5  5  5  5 | Lys AAA 18 18 18 18 18 18 | Arg AGA  6  6  6  6  6  6
  57 Met ATG 10 10 10  9 10 10 |     ACG  1  1  1  1  1  1 |     AAG  6  6  6  6  6  6 |     AGG  1  1  1  1  1  1
  58 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  59 Val GTT 15 14 14 15 14 14 | Ala GCT 24 24 23 24 24 24 | Asp GAT 22 22 22 22 22 22 | Gly GGT 23 23 23 23 23 23
  60     GTC  1  1  1  1  1  1 |     GCC  5  5  5  5  5  4 |     GAC  5  5  6  6  6  6 |     GGC  2  2  2  2  2  2
  61     GTA 13 13 12 13 13 12 |     GCA 15 15 16 16 16 16 | Glu GAA 24 24 25 24 24 25 |     GGA 13 13 13 13 13 13
  62     GTG  4  4  4  4  4  4 |     GCG  0  0  0  0  0  0 |     GAG 10 10  9  9  9  9 |     GGG  9  9  9  9  9  9
  63 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  64
  65 --------------------------------------------------------------------------
  66 Phe TTT 14 14 14 | Ser TCT  5  6  6 | Tyr TAT 13 13 13 | Cys TGT  5  5  5
  67     TTC  8  8  8 |     TCC  5  4  4 |     TAC  4  4  4 |     TGC  3  3  3
  68 Leu TTA  9  9  9 |     TCA  1  1  1 | *** TAA  0  0  0 | *** TGA  0  0  0
  69     TTG 10 10 10 |     TCG  1  1  1 |     TAG  0  0  0 | Trp TGG  8  8  8
  70 --------------------------------------------------------------------------
  71 Leu CTT  9  9  9 | Pro CCT 10 11 11 | His CAT  9  9  9 | Arg CGT 11 11 11
  72     CTC  0  0  0 |     CCC  6  6  6 |     CAC  5  5  5 |     CGC  5  5  5
  73     CTA  9 10 10 |     CCA  3  3  3 | Gln CAA 10 10 10 |     CGA  6  6  6
  74     CTG  4  3  3 |     CCG  2  2  2 |     CAG  2  2  2 |     CGG  0  0  0
  75 --------------------------------------------------------------------------
  76 Ile ATT 10 10 10 | Thr ACT 17 16 16 | Asn AAT  9  9  9 | Ser AGT  2  2  2
  77     ATC  8  9  9 |     ACC  8  8  8 |     AAC  6  6  6 |     AGC  3  3  3
  78     ATA  2  2  2 |     ACA  5  5  5 | Lys AAA 18 18 18 | Arg AGA  6  6  6
  79 Met ATG 10  9  9 |     ACG  1  1  1 |     AAG  6  6  6 |     AGG  1  1  1
  80 --------------------------------------------------------------------------
  81 Val GTT 15 15 15 | Ala GCT 24 24 24 | Asp GAT 22 22 22 | Gly GGT 23 23 23
  82     GTC  1  1  1 |     GCC  5  5  5 |     GAC  5  6  6 |     GGC  2  2  2
  83     GTA 13 13 13 |     GCA 15 16 16 | Glu GAA 24 24 24 |     GGA 13 13 13
  84     GTG  4  4  4 |     GCG  1  0  0 |     GAG 10  9  9 |     GGG  9  9  9
  85 --------------------------------------------------------------------------
  86
  87 Codon position x base (3x4) table for each sequence.
  88
  89 #1: Pdel181_DNA2
  90 position  1:    T:0.18105    C:0.19368    A:0.23579    G:0.38947
  91 position  2:    T:0.26526    C:0.23158    A:0.30105    G:0.20211
  92 position  3:    T:0.41895    C:0.15579    A:0.28211    G:0.14316
  93 Average         T:0.28842    C:0.19368    A:0.27298    G:0.24491
  94
  95 #2: Pfre186_DNA2
  96 position  1:    T:0.18105    C:0.19368    A:0.23789    G:0.38737
  97 position  2:    T:0.26526    C:0.23158    A:0.30105    G:0.20211
  98 position  3:    T:0.41895    C:0.15579    A:0.28211    G:0.14316
  99 Average         T:0.28842    C:0.19368    A:0.27368    G:0.24421
 100
 101 #3: Pgra187_DNA2
 102 position  1:    T:0.18105    C:0.19158    A:0.24000    G:0.38737
 103 position  2:    T:0.26316    C:0.23158    A:0.30105    G:0.20421
 104 position  3:    T:0.42105    C:0.15158    A:0.28632    G:0.14105
 105 Average         T:0.28842    C:0.19158    A:0.27579    G:0.24421
 106
 107 #4: Phet26_DNA21
 108 position  1:    T:0.18105    C:0.19368    A:0.23368    G:0.39158
 109 position  2:    T:0.26526    C:0.22947    A:0.30105    G:0.20421
 110 position  3:    T:0.41895    C:0.15789    A:0.28632    G:0.13684
 111 Average         T:0.28842    C:0.19368    A:0.27368    G:0.24421
 112
 113 #5: Pmex37_DNA21
 114 position  1:    T:0.18105    C:0.19158    A:0.23789    G:0.38947
 115 position  2:    T:0.26526    C:0.22947    A:0.30105    G:0.20421
 116 position  3:    T:0.41895    C:0.15789    A:0.28211    G:0.14105
 117 Average         T:0.28842    C:0.19298    A:0.27368    G:0.24491
 118
 119 #6: Ptre197_DNA2
 120 position  1:    T:0.18105    C:0.19158    A:0.24000    G:0.38737
 121 position  2:    T:0.26316    C:0.23158    A:0.30105    G:0.20421
 122 position  3:    T:0.42316    C:0.15158    A:0.28421    G:0.14105
 123 Average         T:0.28912    C:0.19158    A:0.27509    G:0.24421
 124
 125 #7: WHR1_DNA225
 126 position  1:    T:0.18105    C:0.19158    A:0.23579    G:0.39158
 127 position  2:    T:0.26526    C:0.22947    A:0.30105    G:0.20421
 128 position  3:    T:0.41684    C:0.15579    A:0.28211    G:0.14526
 129 Average         T:0.28772    C:0.19228    A:0.27298    G:0.24702
 130
 131 #8: YALD273_DNA5
 132 position  1:    T:0.18105    C:0.19368    A:0.23368    G:0.39158
 133 position  2:    T:0.26526    C:0.22947    A:0.30105    G:0.20421
 134 position  3:    T:0.41895    C:0.15789    A:0.28632    G:0.13684
 135 Average         T:0.28842    C:0.19368    A:0.27368    G:0.24421
 136
 137 #9: Pop_trich_ch
 138 position  1:    T:0.18105    C:0.19368    A:0.23368    G:0.39158
 139 position  2:    T:0.26526    C:0.22947    A:0.30105    G:0.20421
 140 position  3:    T:0.41895    C:0.15789    A:0.28632    G:0.13684
 141 Average         T:0.28842    C:0.19368    A:0.27368    G:0.24421
 142
 143 Sums of codon usage counts
 144 ------------------------------------------------------------------------------
 145 Phe F TTT     126 | Ser S TCT      53 | Tyr Y TAT     117 | Cys C TGT      45
 146       TTC      72 |       TCC      37 |       TAC      36 |       TGC      27
 147 Leu L TTA      81 |       TCA       9 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
 148       TTG      90 |       TCG       9 |       TAG       0 | Trp W TGG      72
 149 ------------------------------------------------------------------------------
 150 Leu L CTT      81 | Pro P CCT      99 | His H CAT      81 | Arg R CGT      99
 151       CTC       0 |       CCC      52 |       CAC      45 |       CGC      45
 152       CTA      84 |       CCA      27 | Gln Q CAA      88 |       CGA      54
 153       CTG      33 |       CCG      18 |       CAG      18 |       CGG       0
 154 ------------------------------------------------------------------------------
 155 Ile I ATT      92 | Thr T ACT     152 | Asn N AAT      81 | Ser S AGT      16
 156       ATC      77 |       ACC      72 |       AAC      54 |       AGC      27
 157       ATA      18 |       ACA      47 | Lys K AAA     162 | Arg R AGA      54
 158 Met M ATG      87 |       ACG       9 |       AAG      54 |       AGG       9
 159 ------------------------------------------------------------------------------
 160 Val V GTT     131 | Ala A GCT     215 | Asp D GAT     198 | Gly G GGT     207
 161       GTC       9 |       GCC      44 |       GAC      51 |       GGC      18
 162       GTA     115 |       GCA     141 | Glu E GAA     218 |       GGA     117
 163       GTG      36 |       GCG       1 |       GAG      84 |       GGG      81
 164 ------------------------------------------------------------------------------
 165
 166
 167 Codon position x base (3x4) table, overall
 168
 169 position  1:    T:0.18105    C:0.19275    A:0.23649    G:0.38971
 170 position  2:    T:0.26480    C:0.23041    A:0.30105    G:0.20374
 171 position  3:    T:0.41942    C:0.15579    A:0.28421    G:0.14058
 172 Average         T:0.28842    C:0.19298    A:0.27392    G:0.24468
 173
 174 Codon frequencies under model, for use in evolver (TTT TTC TTA TTG ... GGG):
 175   0.02080748  0.00772882  0.01409988  0.00697451
 176   0.01810545  0.00672517  0.01226889  0.00606881
 177   0.02365656  0.00878710  0.00000000  0.00000000
 178   0.01601000  0.00594683  0.00000000  0.00536643
 179   0.02215163  0.00822810  0.01501073  0.00742506
 180   0.01927505  0.00715961  0.01306145  0.00646085
 181   0.02518476  0.00935474  0.01706608  0.00844174
 182   0.01704423  0.00633099  0.01154977  0.00571310
 183   0.02717876  0.01009540  0.01841729  0.00911012
 184   0.02364937  0.00878443  0.01602564  0.00792709
 185   0.03090024  0.01147772  0.02093909  0.01035753
 186   0.02091228  0.00776775  0.01417090  0.00700964
 187   0.04478716  0.01663594  0.03034936  0.01501232
 188   0.03897116  0.01447562  0.02640823  0.01306284
 189   0.05091968  0.01891383  0.03450497  0.01706789
 190   0.03446079  0.01280027  0.02335185  0.01155100
 191
 192
 193
 194 Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
 195 (Note: This matrix is not used in later ML. analysis.
 196 Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)
 197
 198 Pdel181_DNA2
 199 Pfre186_DNA2        -1.0000 (0.0009 0.0000)
 200 Pgra187_DNA2         1.0623 (0.0093 0.0088) 1.1684 (0.0102 0.0088)
 201 Phet26_DNA21         1.2775 (0.0037 0.0029) 1.5968 (0.0046 0.0029) 0.4758 (0.0056 0.0117)
 202 Pmex37_DNA21        -1.0000 (0.0046 0.0000)-1.0000 (0.0037 0.0000) 0.9534 (0.0084 0.0088) 0.9555 (0.0028 0.0029)
 203 Ptre197_DNA2         1.5965 (0.0093 0.0058) 1.7561 (0.0102 0.0058) 0.0000 (0.0000 0.0088) 0.6357 (0.0056 0.0088) 1.4328 (0.0084 0.0058)
 204 WHR1_DNA225          0.7964 (0.0046 0.0058) 0.9557 (0.0056 0.0058) 0.4430 (0.0065 0.0147) 0.3175 (0.0028 0.0088) 0.6354 (0.0037 0.0058) 0.5548 (0.0065 0.0117)
 205 YALD273_DNA5         1.2775 (0.0037 0.0029) 1.5968 (0.0046 0.0029) 0.4758 (0.0056 0.0117)-1.0000 (0.0000 0.0000) 0.9555 (0.0028 0.0029) 0.6357 (0.0056 0.0088) 0.3175 (0.0028 0.0088)
 206 Pop_trich_ch         1.2775 (0.0037 0.0029) 1.5968 (0.0046 0.0029) 0.4758 (0.0056 0.0117)-1.0000 (0.0000 0.0000) 0.9555 (0.0028 0.0029) 0.6357 (0.0056 0.0088) 0.3175 (0.0028 0.0088)-1.0000 (0.0000 0.0000)
 207
 208 pairwise comparison, codon frequencies: F3x4.
 209
 210
 211 2 (Pfre186_DNA2) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 212 lnL =-1891.391969
 213   0.00214 999.00000 99.00000
 214
 215 t= 0.0021  S=   396.3  N=  1028.7  dN/dS= 99.0000  dN = 0.0010  dS = 0.0000
 216
 217
 218 3 (Pgra187_DNA2) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 219 lnL =-1968.029688
 220   0.02808  3.26389  0.98370
 221
 222 t= 0.0281  S=   341.7  N=  1083.3  dN/dS=  0.9837  dN = 0.0093  dS = 0.0095
 223
 224
 225 3 (Pgra187_DNA2) ... 2 (Pfre186_DNA2)
 226 lnL =-1972.711786
 227   0.03025  3.71696  1.10191
 228
 229 t= 0.0302  S=   345.4  N=  1079.6  dN/dS=  1.1019  dN = 0.0103  dS = 0.0094
 230
 231
 232 4 (Phet26_DNA21) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 233 lnL =-1921.561815
 234   0.01073  3.11375  1.18654
 235
 236 t= 0.0107  S=   342.5  N=  1082.5  dN/dS=  1.1865  dN = 0.0037  dS = 0.0031
 237
 238
 239 4 (Phet26_DNA21) ... 2 (Pfre186_DNA2)
 240 lnL =-1927.106138
 241   0.01287  4.25522  1.54964
 242
 243 t= 0.0129  S=   352.0  N=  1073.0  dN/dS=  1.5496  dN = 0.0047  dS = 0.0030
 244
 245
 246 4 (Phet26_DNA21) ... 3 (Pgra187_DNA2)
 247 lnL =-1948.501568
 248   0.02179  4.30601  0.45869
 249
 250 t= 0.0218  S=   349.8  N=  1075.2  dN/dS=  0.4587  dN = 0.0056  dS = 0.0123
 251
 252
 253 5 (Pmex37_DNA21) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 254 lnL =-1920.298777
 255   0.01053  1.55733 99.00000
 256
 257 t= 0.0105  S=   318.9  N=  1106.1  dN/dS= 99.0000  dN = 0.0045  dS = 0.0000
 258
 259
 260 5 (Pmex37_DNA21) ... 2 (Pfre186_DNA2)
 261 lnL =-1914.616800
 262   0.00838  0.77696 99.00000
 263
 264 t= 0.0084  S=   296.5  N=  1128.5  dN/dS= 99.0000  dN = 0.0035  dS = 0.0000
 265
 266
 267 5 (Pmex37_DNA21) ... 3 (Pgra187_DNA2)
 268 lnL =-1960.971487
 269   0.02594  4.03558  0.91514
 270
 271 t= 0.0259  S=   348.1  N=  1076.9  dN/dS=  0.9151  dN = 0.0085  dS = 0.0092
 272
 273
 274 5 (Pmex37_DNA21) ... 4 (Phet26_DNA21)
 275 lnL =-1913.389962
 276   0.00862  6.08298  0.97563
 277
 278 t= 0.0086  S=   362.3  N=  1062.7  dN/dS=  0.9756  dN = 0.0029  dS = 0.0029
 279
 280
 281 6 (Ptre197_DNA2) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 282 lnL =-1961.098136
 283   0.02585  4.25957  1.53161
 284
 285 t= 0.0258  S=   349.5  N=  1075.5  dN/dS=  1.5316  dN = 0.0094  dS = 0.0061
 286
 287
 288 6 (Ptre197_DNA2) ... 2 (Pfre186_DNA2)
 289 lnL =-1965.694050
 290   0.02802  4.83643  1.71212
 291
 292 t= 0.0280  S=   352.8  N=  1072.2  dN/dS=  1.7121  dN = 0.0104  dS = 0.0061
 293
 294
 295 6 (Ptre197_DNA2) ... 3 (Pgra187_DNA2)
 296 lnL =-1901.130192
 297   0.00676  4.05781  0.00100
 298
 299 t= 0.0068  S=   345.2  N=  1079.8  dN/dS=  0.0010  dN = 0.0000  dS = 0.0093
 300
 301
 302 6 (Ptre197_DNA2) ... 4 (Phet26_DNA21)
 303 lnL =-1941.618065
 304   0.01954  6.78012  0.64571
 305
 306 t= 0.0195  S=   361.6  N=  1063.4  dN/dS=  0.6457  dN = 0.0057  dS = 0.0089
 307
 308
 309 6 (Ptre197_DNA2) ... 5 (Pmex37_DNA21)
 310 lnL =-1953.852896
 311   0.02372  5.63419  1.43296
 312
 313 t= 0.0237  S=   357.2  N=  1067.8  dN/dS=  1.4330  dN = 0.0086  dS = 0.0060
 314
 315
 316 7 (WHR1_DNA225) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 317 lnL =-1936.561781
 318   0.01511  2.61161  0.72506
 319
 320 t= 0.0151  S=   337.6  N=  1087.4  dN/dS=  0.7251  dN = 0.0046  dS = 0.0064
 321
 322
 323 7 (WHR1_DNA225) ... 2 (Pfre186_DNA2)
 324 lnL =-1941.975543
 325   0.01725  3.35589  0.90347
 326
 327 t= 0.0172  S=   345.7  N=  1079.3  dN/dS=  0.9035  dN = 0.0056  dS = 0.0062
 328
 329
 330 7 (WHR1_DNA225) ... 3 (Pgra187_DNA2)
 331 lnL =-1960.455637
 332   0.02624  3.64066  0.41889
 333
 334 t= 0.0262  S=   345.9  N=  1079.1  dN/dS=  0.4189  dN = 0.0065  dS = 0.0156
 335
 336
 337 7 (WHR1_DNA225) ... 4 (Phet26_DNA21)
 338 lnL =-1928.593448
 339   0.01318  1.68562  0.26826
 340
 341 t= 0.0132  S=   322.2  N=  1102.8  dN/dS=  0.2683  dN = 0.0027  dS = 0.0101
 342
 343
 344 7 (WHR1_DNA225) ... 5 (Pmex37_DNA21)
 345 lnL =-1928.718524
 346   0.01300  3.82266  0.60956
 347
 348 t= 0.0130  S=   350.1  N=  1074.9  dN/dS=  0.6096  dN = 0.0037  dS = 0.0061
 349
 350
 351 7 (WHR1_DNA225) ... 6 (Ptre197_DNA2)
 352 lnL =-1954.005346
 353   0.02397  5.04975  0.54692
 354
 355 t= 0.0240  S=   355.1  N=  1069.9  dN/dS=  0.5469  dN = 0.0066  dS = 0.0121
 356
 357
 358 8 (YALD273_DNA5) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 359 lnL =-1921.561815
 360   0.01073  3.11377  1.18654
 361
 362 t= 0.0107  S=   342.5  N=  1082.5  dN/dS=  1.1865  dN = 0.0037  dS = 0.0031
 363
 364
 365 8 (YALD273_DNA5) ... 2 (Pfre186_DNA2)
 366 lnL =-1927.106138
 367   0.01287  4.25516  1.54964
 368
 369 t= 0.0129  S=   352.0  N=  1073.0  dN/dS=  1.5496  dN = 0.0047  dS = 0.0030
 370
 371
 372 8 (YALD273_DNA5) ... 3 (Pgra187_DNA2)
 373 lnL =-1948.501568
 374   0.02179  4.30601  0.45869
 375
 376 t= 0.0218  S=   349.8  N=  1075.2  dN/dS=  0.4587  dN = 0.0056  dS = 0.0123
 377
 378
 379 8 (YALD273_DNA5) ... 4 (Phet26_DNA21)
 380 lnL =-1881.846112
 381   0.00001  8.33165  0.18598
 382
 383 t= 0.0000  S=   369.5  N=  1055.5  dN/dS=  0.1860  dN = 0.0000  dS = 0.0000
 384
 385
 386 8 (YALD273_DNA5) ... 5 (Pmex37_DNA21)
 387 lnL =-1913.389962
 388   0.00862  6.08296  0.97563
 389
 390 t= 0.0086  S=   362.3  N=  1062.7  dN/dS=  0.9756  dN = 0.0029  dS = 0.0029
 391
 392
 393 8 (YALD273_DNA5) ... 6 (Ptre197_DNA2)
 394 lnL =-1941.618065
 395   0.01954  6.78014  0.64571
 396
 397 t= 0.0195  S=   361.6  N=  1063.4  dN/dS=  0.6457  dN = 0.0057  dS = 0.0089
 398
 399
 400 8 (YALD273_DNA5) ... 7 (WHR1_DNA225)
 401 lnL =-1928.593448
 402   0.01318  1.68561  0.26826
 403
 404 t= 0.0132  S=   322.2  N=  1102.8  dN/dS=  0.2683  dN = 0.0027  dS = 0.0101
 405
 406
 407 9 (Pop_trich_ch) ... 1 (Pdel181_DNA2)
 408 lnL =-1921.561815
 409   0.01073  3.11378  1.18654
 410
 411 t= 0.0107  S=   342.5  N=  1082.5  dN/dS=  1.1865  dN = 0.0037  dS = 0.0031
 412
 413
 414 9 (Pop_trich_ch) ... 2 (Pfre186_DNA2)
 415 lnL =-1927.106138
 416   0.01287  4.25517  1.54964
 417
 418 t= 0.0129  S=   352.0  N=  1073.0  dN/dS=  1.5496  dN = 0.0047  dS = 0.0030
 419
 420
 421 9 (Pop_trich_ch) ... 3 (Pgra187_DNA2)
 422 lnL =-1948.501568
 423   0.02179  4.30599  0.45869
 424
 425 t= 0.0218  S=   349.8  N=  1075.2  dN/dS=  0.4587  dN = 0.0056  dS = 0.0123
 426
 427
 428 9 (Pop_trich_ch) ... 4 (Phet26_DNA21)
 429 lnL =-1881.845859
 430   0.00001  0.40000  0.00100
 431
 432 t= 0.0000  S=   281.0  N=  1144.0  dN/dS=  0.0010  dN = 0.0000  dS = 0.0000
 433
 434
 435 9 (Pop_trich_ch) ... 5 (Pmex37_DNA21)
 436 lnL =-1913.389962
 437   0.00862  6.08299  0.97562
 438
 439 t= 0.0086  S=   362.3  N=  1062.7  dN/dS=  0.9756  dN = 0.0029  dS = 0.0029
 440
 441
 442 9 (Pop_trich_ch) ... 6 (Ptre197_DNA2)
 443 lnL =-1941.618065
 444   0.01954  6.78013  0.64571
 445
 446 t= 0.0195  S=   361.6  N=  1063.4  dN/dS=  0.6457  dN = 0.0057  dS = 0.0089
 447
 448
 449 9 (Pop_trich_ch) ... 7 (WHR1_DNA225)
 450 lnL =-1928.593448
 451   0.01318  1.68561  0.26826
 452
 453 t= 0.0132  S=   322.2  N=  1102.8  dN/dS=  0.2683  dN = 0.0027  dS = 0.0101
 454
 455
 456 9 (Pop_trich_ch) ... 8 (YALD273_DNA5)
 457 lnL =-1881.846052
 458   0.00001  0.40000  0.16519
 459
 460 t= 0.0000  S=   281.0  N=  1144.0  dN/dS=  0.1652  dN = 0.0000  dS = 0.0000