t/Structure/IO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 14);
  11
  12         use_ok('Bio::Structure::IO');
  13 }
  14
  15 #
  16 # test reading PDB format - single model, single chain
  17 #
  18 my $pdb_file = test_input_file('1BPT.pdb');
  19 ok my $structin = Bio::Structure::IO->new(-file => $pdb_file,
  20                                                                                   -format => 'pdb');
  21 ok my $struc = $structin->next_structure;
  22 isa_ok $struc, "Bio::Structure::Entry";
  23
  24 # some basic checks, Structure objects are tested in Structure.t
  25 my ($chain) = $struc->chain;
  26 is($struc->residue, 97);
  27 my ($atom) = $struc->get_atom_by_serial(367);
  28 is($atom->id, "NZ");
  29 is($struc->parent($atom)->id, "LYS-46");
  30 my ($ann) = $struc->annotation->get_Annotations("author");
  31 is($ann->as_text,
  32         "Value: D.HOUSSET,A.WLODAWER,F.TAO,J.FUCHS,C.WOODWARD              ");
  33 ($ann) = $struc->annotation->get_Annotations("header");
  34 is($ann->as_text,
  35         "Value: PROTEINASE INHIBITOR (TRYPSIN)          11-DEC-91   1BPT");
  36 my $pseq = $struc->seqres;
  37 is($pseq->subseq(1,20), "RPDFCLEPPYTGPCKARIIR");
  38
  39 #
  40 # test reading PDB format - single model, multiple chains
  41 #
  42 $pdb_file = test_input_file('1A3I.pdb');
  43 $structin = Bio::Structure::IO->new(-file => $pdb_file,
  44                                                                         -format => 'pdb');
  45 $struc = $structin->next_structure;
  46
  47 my ($chaincount,$rescount,$atomcount);
  48 for my $chain ($struc->get_chains) {
  49         $chaincount++;
  50    for my $res ($struc->get_residues($chain)) {
  51                 $rescount++;
  52       for my $atom ($struc->get_atoms($res)) {
  53                         $atomcount++;
  54                 }
  55    }
  56 }
  57
  58 is($chaincount, 4);  # 3 polypeptides and a group of hetero-atoms
  59 is($rescount, 60);   # amino acid residues and solvent molecules
  60 is($atomcount, 171); # ATOM and HETATM
  61
  62 #
  63 # test reading PDB format - multiple models, single chain
  64 #
  65 #$pdb_file = test_input_file('1A11.pdb');
  66 # TODO?
  67
  68 #
  69 # test reading PDB format - chains with ATOMs plus HETATMs
  70 #
  71 #$pdb_file = test_input_file('8HVP.pdb');
  72 # TODO?
  73
  74 #
  75 # test writing PDB format
  76 #
  77 my $out_file = test_output_file();
  78 my $structout = Bio::Structure::IO->new(-file => ">$out_file",
  79                                         -format => 'PDB');
  80 $structout->write_structure($struc);
  81 ok -s $out_file;