t/Seq/DBLink.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 131);
  11
  12     use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my @genbank_files = qw/BK000016-tpa.gbk ay116458.gb ay149291.gb NC_006346.gb ay007676.gb dq519393.gb P35527.gb/;
  16
  17 # bug 2152
  18 #------------------------------------
  19 my $verbose = test_debug();
  20 for my $in ( @genbank_files ) {
  21     my $infile = test_input_file($in);
  22     my $seqio = Bio::SeqIO->new(
  23                             -format  =>'genbank',
  24                             -verbose => $verbose,
  25                             -file    => $infile,
  26     );
  27     my $seq = $seqio->next_seq;
  28     my @values = $seq->annotation->get_Annotations('dblink');
  29     foreach my $value (@values) {
  30         my $output = $value->display_text;
  31         ok(defined $output, '"'.$output . '"');          # check value is not empty
  32         ok(index($output,'::') < 0       , 'no double colon'  );  # these tests seems silly
  33         ok( substr($output,-1) ne ':'    , 'no trailing colon');  #    but all have been known to occur
  34         ok(index($output,'  ') < 0       , 'no double space'  );  #
  35         my @parts = split(/:/,$output, 2);
  36         ok( scalar(@parts) == 2, 'dblink value is splittable');
  37     }
  38 }
  39 #------------------------------------