t/Ontology/GraphAdaptor.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 28,
  11                            -requires_module => 'Graph');
  12
  13     use_ok('Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor');
  14 }
  15
  16 my $g=Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor->new();
  17 my $graph_version=( defined($Graph::VERSION) && $Graph::VERSION >= 0.5 )  ? 'new' : 'old';
  18 my $adaptor_class=$graph_version eq 'new' ?
  19   'Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor' : 'Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02';
  20 is (ref $g, $adaptor_class);
  21
  22 $g->add_vertex('vertex0');
  23 ok($g->has_vertex('vertex0'));
  24 ok(!$g->has_vertex('vertex1'));
  25 my @v=$g->vertices;
  26 is (@v, 1);
  27 is ($v[0],'vertex0');
  28
  29 $g->add_edge('vertex0','vertex1');
  30 ok($g->has_edge('vertex0','vertex1'));
  31 ok(!$g->has_edge('vertex0','vertex'));
  32 my @e=$g->edges;
  33 is (@e, 1);
  34 is ($e[0]->[0],'vertex0');
  35 is ($e[0]->[1],'vertex1');
  36
  37 @e=$g->edges_at('vertex0');
  38 is (@e, 1);
  39 is ($e[0]->[0], 'vertex0');
  40 is ($e[0]->[1], 'vertex1');
  41
  42 @v=$g->predecessors('vertex1');
  43 is (@v, 1);
  44 is ($v[0],'vertex0');
  45
  46 @v=$g->successors('vertex0');
  47 is(@v, 1);
  48 is ($v[0],'vertex1');
  49
  50 @v=$g->source_vertices;
  51 is(@v,1);
  52 is($v[0],'vertex0');
  53
  54 @v=$g->sink_vertices;
  55 is(@v, 1);
  56 is($v[0],'vertex1');
  57
  58 $g->set_vertex_attribute('vertex0','ATTR0','vertex0_ATTR0');
  59 $g->set_vertex_attribute('vertex0','ATTR1','vertex0_ATTR1');
  60 $g->set_vertex_attribute('vertex1','ATTR0','vertex1_ATTR0');
  61 $g->set_vertex_attribute('vertex1','ATTR1','vertex1_ATTR1');
  62 is ($g->get_vertex_attribute('vertex0','ATTR0'),'vertex0_ATTR0');
  63 is ($g->get_vertex_attribute('vertex0','ATTR1'),'vertex0_ATTR1');
  64 is ($g->get_vertex_attribute('vertex1','ATTR0'),'vertex1_ATTR0');
  65 is ($g->get_vertex_attribute('vertex1','ATTR1'),'vertex1_ATTR1');
  66
  67 $g->set_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR0','vertex0_vertex1_ATTR0');
  68 $g->set_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR1','vertex0_vertex1_ATTR1');
  69 is ($g->get_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR0'),'vertex0_vertex1_ATTR0');
  70 is ($g->get_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR1'),'vertex0_vertex1_ATTR1');