t/data/baseml.usertree

   1
   2 seed used = 30455833
   3 BASEML (in paml 3.14, January 2004)  m.phy  HKY85 dGamma (ncatG=5)
   4 ns = 3          ls = 57
   5 # site patterns = 12
   6     7   16   15    1    3    2    1    1    8    1    1    1
   7
   8 wih99_snap                           GTAGAGTACT TT
   9 wm276_snap                           ...AGAG..G A.
  10 jec21_snap                           ....GACT.. CC
  11
  12
  13
  14
  15 Frequencies..
  16                                     T      C      A      G
  17 wih99_snap                     0.3509 0.1404 0.3333 0.1754
  18 wm276_snap                     0.2982 0.1404 0.3509 0.2105
  19 jec21_snap                     0.3158 0.1930 0.2982 0.1930
  20
  21 Average                        0.3216 0.1579 0.3275 0.1930
  22
  23 # constant sites:     46 (80.70%)
  24 ln Lmax (unconstrained) = -110.532715
  25
  26 Distances:HKY85 (kappa)  (alpha set at 0.50)
  27 This matrix is not used in later m.l. analysis.
  28
  29 wih99_snap
  30 wm276_snap         0.3240( 9.3595)
  31 jec21_snap         0.2974(33.1197)  0.1343( 1.1101)
  32
  33 TREE #  1:  (2, 3, 1);  MP score: 13.00
  34 lnL(ntime:  3  np:  3):   -129.328757   +0.000000
  35    4..2     4..3     4..1
  36   0.08669  0.05274  0.15105
  37
  38 tree length =   0.29048
  39
  40 (wm276_snap, jec21_snap, wih99_snap);
  41
  42 (wm276_snap: 0.086692, jec21_snap: 0.052740, wih99_snap: 0.151050);