t/data/aaml_pairwise.mlc

   1 AAML (in paml 3.13, August 2002)    abglobin.aa   Model: Empirical_F (wag.dat)
   2 ns = 5          ls = 285
   3 # site patterns = 126
   4    16   21   10    1    1   10   17    1    1    2    1    1    3    1   13
   5     1    2    1    1    5    2    1    5   15    1    1    5    1   10    1
   6     1    7   10    1   14    1    1    1    1    1    3    1    2    1    1
   7     1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    4    1    4    1
   8     1    1    1    1    2    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
   9     1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
  10     1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
  11     1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
  12     1    1    1    1    1    1
  13
  14 human                 VLSPADKTNV AAWGGAHAEY GAEALERMFL SPTPHFLSHA QVKGKADTNV AVDMNALANL CLALPAEFAV LSSTPESAVT ALGNVDEVQF ETPDVMGKLG ASDLANFTCR VLCVAHFEPV AAYVNK
  15 goat-cow              ...A...S.. .....GN.A. .......... .......... ....E.A.K. GL.LGT.D.. S.C..ND... .N..A.A... .F.K...... ..A...N..D S.NMKD.A.K ..V..R..VL .DF..R
  16 rabbit                .........I T..E.S.G.. ....V..... G.....FT.E .I.A.SE.K. GL.LG..T.. ..NH.S.... .N.SS..... .....E.... .SAN..N..A ..E.S..K.. ..I.S...Q. ......
  17 rat                   ...AD....I NC...G.G.. .E...Q...A A..S.IV.P. ...A...AKA D.ELG..T.F ..CH.GD..M ....DAA..N ....P.D..Y DSASI...IN .N..K..H.. MII.G.L.CA ..F.S.
  18 marsupial             ...D....H. .I...G..A. A....A.T.. ........P. .IQ....SQ. .L.LGTMK.. .I..SKDLE. F.A.S.NCI. TISQ..QTT. GS.G..SA.T SGEVK.YK.K IIIC.E.DEC V.WLH.
  19
  20
  21
  22
  23 Frequencies..
  24                                     A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
  25 human                          0.1263 0.0211 0.0351 0.0526 0.0105 0.0140 0.0421 0.0702 0.0632 0.0000 0.1263 0.0772 0.0105 0.0526 0.0491 0.0561 0.0561 0.0105 0.0211 0.1053
  26 goat-cow                       0.1193 0.0246 0.0421 0.0632 0.0070 0.0140 0.0386 0.0737 0.0526 0.0000 0.1298 0.0842 0.0105 0.0596 0.0351 0.0596 0.0526 0.0105 0.0175 0.1053
  27 rabbit                         0.0982 0.0211 0.0421 0.0386 0.0070 0.0175 0.0596 0.0702 0.0667 0.0140 0.1228 0.0842 0.0070 0.0561 0.0386 0.0737 0.0561 0.0105 0.0211 0.0947
  28 rat                            0.1193 0.0211 0.0386 0.0667 0.0175 0.0175 0.0316 0.0807 0.0667 0.0246 0.1123 0.0842 0.0140 0.0491 0.0386 0.0596 0.0456 0.0105 0.0211 0.0807
  29 marsupial                      0.1088 0.0175 0.0211 0.0561 0.0175 0.0281 0.0351 0.0702 0.0632 0.0281 0.1088 0.0842 0.0175 0.0491 0.0351 0.0737 0.0667 0.0140 0.0211 0.0842
  30
  31 Average                        0.1144 0.0211 0.0358 0.0554 0.0119 0.0182 0.0414 0.0730 0.0625 0.0133 0.1200 0.0828 0.0119 0.0533 0.0393 0.0646 0.0554 0.0112 0.0204 0.0940
  32
  33 # constant sites:    170 (59.65%)
  34 ln Lmax (unconstrained) = -1189.106658
  35
  36 AA distances (raw proportions of different sites)
  37
  38 human
  39 goat-cow         0.1439
  40 rabbit           0.1368  0.1825
  41 rat              0.2000  0.2351  0.2035
  42 marsupial        0.2456  0.2561  0.2877  0.3123
  43
  44 ML distances of aa seqs.
  45 human
  46 goat-cow         0.1551
  47 rabbit           0.1474  0.2020
  48 rat              0.2267  0.2694  0.2306
  49 marsupial        0.2870  0.3024  0.3392  0.3861