t/Tools/Analysis/Protein/HNN.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 0,
  11                -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                         LWP::UserAgent)],
  13                -requires_networking => 1);
  14
  15     use_ok("Bio::Seq");
  16     use_ok("Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN");
  17 }
  18
  19 my $seq = Bio::Seq->new(-seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  20                         -display_id => 'test2');
  21 ok my $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN->new(-seq=>$seq->primary_seq);
  22
  23 SKIP: {
  24     ok $tool->run();
  25     skip "Skipping tests since we got terminated by a server error", 9 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  26     ok my $raw    = $tool->result('');
  27     ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  28     is $parsed->[0]{'coil'}, '1000';
  29     my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  30     if (scalar @res > 0) {
  31         ok 1;
  32     }
  33     else {
  34         skip 'No results - could not connect to HNN server?', 6;
  35     }
  36
  37     ok my $meta   = $tool->result('meta');
  38     ok my $seqobj = Bio::Seq->new(-primary_seq => $meta, display_id=>"a");
  39     for ( $tool->result('Bio::SeqFeatureI') ) {
  40         ok $seqobj->add_SeqFeature($_);
  41     }
  42
  43     test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  44     is $meta->named_submeta_text('HNN_helix',1,2), '0 111';
  45     is $meta->seq, 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS';
  46 }