t/Align/AlignUtil.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin( -tests => 47 );
  10
  11     use_ok( 'Bio::Align::Utilities',
  12         qw( aa_to_dna_aln bootstrap_replicates cat dna_to_aa_aln ) );
  13     use_ok('Bio::AlignIO');
  14     use_ok('Bio::SeqIO');
  15 }
  16
  17 my $in = Bio::AlignIO->new(
  18     -format => 'clustalw',
  19     -file   => test_input_file('pep-266.aln')
  20 );
  21 my $pep_aln = $in->next_aln();
  22 isa_ok( $pep_aln, 'Bio::Align::AlignI' );
  23 $in->close();
  24
  25 # aa_to_dna_aln
  26 my $seqin = Bio::SeqIO->new(
  27     -format => 'fasta',
  28     -file   => test_input_file('cds-266.fas')
  29 );
  30
  31 my %dna_seq;
  32 while ( my $seq = $seqin->next_seq ) {
  33     $dna_seq{ $seq->display_id } = $seq;
  34 }
  35
  36 my $dna_aln = aa_to_dna_aln( $pep_aln, \%dna_seq );
  37
  38 my @aa_seqs = $pep_aln->each_seq;
  39
  40 for my $dna_seq ( $dna_aln->each_seq ) {
  41     my $peptrans = $dna_seq->translate();
  42     my $aaseq    = shift @aa_seqs;
  43     is( $peptrans->seq(), $aaseq->seq() );
  44 }
  45
  46 # dna_to_aa_aln
  47 my $aa_aln = dna_to_aa_aln($dna_aln);
  48
  49 my @pep_seqs = $aa_aln->each_seq;
  50
  51 for my $dna_seq ( $dna_aln->each_seq ) {
  52     my $peptrans = $dna_seq->translate();
  53     my $aaseq    = shift @pep_seqs;
  54     is( $peptrans->seq, $aaseq->seq );
  55 }
  56
  57 # bootstrap_replicates
  58 my $bootstraps = bootstrap_replicates( $pep_aln, 10 );
  59 is( scalar @$bootstraps, 10 );
  60
  61 # cat
  62 my $sub_aln1 = $pep_aln->slice( 1,   100 );
  63 my $sub_aln2 = $pep_aln->slice( 101, 200 );
  64 my $sub_aln3 = $pep_aln->slice( 1,   200 );
  65 my $cat_aln = cat( $sub_aln1, $sub_aln2 );
  66 my @seq = $sub_aln3->each_seq;
  67 for my $seq ( $cat_aln->each_seq ) {
  68     my $refseq = shift @seq;
  69     is( $seq->seq, $refseq->seq );
  70 }