t/data/testaln.xmfa

   1 >1:1-598 + chrY
   2 TCCAAGTCGGCTTTATGTTTGCTTCTGCCAGGCATTCTAGATGCCCCATGTCTAGGATCT
   3 CTTTAGGCAGGAGAGAGGGTGATGGTGTAGGAGGACCCATTTCTTGGCTTGCAGATTCCA
   4 ATAATAAAAAAGTCACAGATTTAAACCCCAAACTTTGATGAAATGCAGGTCTAGGGTTTT
   5 AAAATATAATGAGAGTTAAATACTTTTGTATTTTCTTCATCCAGAGATGGGGCAAGCTTC
   6 CTCATCTGCTCGTTCATGGGTGATTTATATTTTCCCCACTCCATCCTTTTCCTAAGGTAT
   7 TTTTTTTTTAGGGACAATGGCTTTTTGCAGAGTACTCAGTTCCAGCTCCGGGGGCACCGG
   8 TTGAGCCCTTACCGTCCTGCCCCTAAACATCCAGACCTCAAGTTAGAGAGGGGAGTAACA
   9 TTTGGGGGGTGCCCACACCTAGGAGGACCAATCCTTCTGGTTTCCTTAGGGATGCAGGAA
  10 TTTGGGGGGGGGGGGCTCAGTGCTAAAACCAGTAGAGTCCTGGGCAAACGAGTATGACTG
  11 AAGATGCTTTGAACACCCTAGCGTTATGTCGATCGCATGCATCGTAGTGTCGCTGATG
  12 >2:5000-5534 - chr17
  13 TGCAGATTGGCCTT-TGTTTCGTTTTTC-AAGCGTT-TAAA--CGCCTTGCCTAAGAATC
  14 TTTT--GCAGGGAAGGGGATAGTGAACTGGGAAAACCTGGCTCTTCCTTTCGAGATTCCA
  15 GTAACAAACATGTCATAACTATAAACGCCAAACTTGG--AGAGCGCAGGAATGGAAGGTC
  16 AAACACCAATGAGAGTTAGATGGTTTTGGGTTT----------------------GCT--
  17 CTAGTCTGCACG-------GTGCTCCCCGTCCCCTCACGTCCGTGCTTTTCCTCAGGATG
  18 ATGCCTTGCCAGAACACCGGTGTGCTGCAAGGTGCTCAGCTCCAAATCGGGCTGCACCGC
  19 TTCAGCTTTCCCCATCCAGCCA--ACGCAGGAAGGCCTGGAGCTACAGAGTTTAGAGCCA
  20 TCTCTCCGCTGCTCAT--------TAACCAACCATTCCAGCT-------GTCTGTAGTGG
  21 GTTTTTTTCTT----CTCTACACTAAAATGAGGACAGTCCAGGCCCTTTG--TTAGACTG
  22 AAGATGCTTTGAACACCCTAGCGTTATGTCGATCGCATGCATCGTAGTGTCGCTGATG
  23 >3:19000-19537 - chr7
  24 TCCAGACTGTCTTT-TGCTCCCTTTTTCCGAGCATT-TAAAAATACCATGCCTAAGAATC
  25 TTTT--GCAGGGAAGGGGATAGCGAGCTGGGAAGGCCTATTTCTTCATTTCGAGATTCTG
  26 GTAATAAACATGTCATAAATATAAATGCCAAACTCCG--GAAATGCAGGTGTAGAGCGTC
  27 AGATTCTATTTGGACTTAAATGATGTGGTGTTTT---------------------GCT--
  28 CTAATTTCTACC-------GTGCTCTCCGTTCC-TCAAGTCCATGCATTTCCTTAGGGTG
  29 CTGCCTTTCCAGAGTACTGGTATGCTGCAGGGTGCTCAGTTCCACATCTGTCTGCACTAT
  30 TTCAAAGTTTCCC-TCCAGCCC--ACACAACTATGCCTAGAGCTA--GAGGTTAGAACCG
  31 TCTGTCCA-TGCTCTT--------TAACCAACCACTCCAGAT-------AGGTGTGGTGG
  32 TTTTTTTTTTTTTTTCTCTGTACTAAAATTAGGACAGTCCAGGCCTGTTG--TTAGACCA
  33 AAGATGCTTTGAACACCCTAGCGTTATGTCGATCGCATGCATCGTAGTGTCGCTGATG
  34 = score = 111
  35 >1:1000-1059 + chrY
  36 CACTCTAATAGTAAAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCAT
  37 >2:6000-6055 + chr17
  38 CACTCTAATACTAAACTTTCTTTTCCTCTCCACA----CTTTACTTTAATTACATCCCAT
  39 >3:20000-20055 - chr12
  40 CACTCTAATAGTAAAGTTTCTT----TGTGCAGAAGCTCTTAGTTTTAATTAGATCCCAT
  41 = score = 11