t/data/sofa.ontology

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   3 !date:                 Wed Feb 19 16:38:05 SGT 2003
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   6 !type: < PARTOF Part of
   7 !Sequence_ontology_Lite_Version
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  10 $Sequence_Feature_Ontology ; SO:0000000
  11  %sofa ; GO:0000001
  12   %feature ; SO:20000000
  13    %chromosome ; GO:0000005
  14     <centromere ; GO:0000004
  15     <telomere ; GO:0000003
  16    %gene ; SO:0000704
  17     <regulatory_region ; SO:0005836
  18      %enhancer ; SO:0000165
  19      %TF_binding_site ; SO:0000235 ; synonym:transcription_factor_binding_site % nucleotide_motif ; SO:0000714
  20     <transcript ; SO:0000673
  21      %primary_transcript ; SO:0000185 ; synonym:precursor_RNA
  22       <exon ; SO:0000147
  23       <intron ; SO:0000188
  24       %noncoding_primary_transcript ; SO:0000483
  25        %micro_RNA_primary_transcript ; SO:0000647
  26        %transfer_RNA_primary_transcript ; SO:0000210
  27       <splice_site ; SO:0000162
  28        %splice_acceptor ; SO:0000164 ; synonym:acceptor_splice_site
  29         %transsplice_acceptor_site ; SO:0000706
  30        %splice_donor ; SO:0000163 ; synonym:donor_splice_site
  31       <transcription_start_site ; SO:0000315
  32      %processed_transcript ; SO:0000233
  33       <exon_junction ; SO:0000333
  34       %mRNA ; SO:0000234 ; synonym:messenger_RNA
  35        <coding_sequence ; SO:0000316
  36         <coding_end ; SO:0000327
  37         <coding_start ; SO:0000323
  38        <untranslated_region ; SO:0000203 ; synonym:UTR
  39         %five_prime_untranslated_region ; SO:0000204 ; synonym:5'-UTR
  40         %three_prime_untranslated_region ; SO:0000205 ; synonym:3'-UTR
  41       %ncRNA ; SO:0000655 ; synonym:noncoding_RNA
  42        %miRNA ; SO:0000276 ; synonym:micro_RNA
  43        %rRNA ; SO:0000252 ; synonym:ribosomal_RNA
  44        %tRNA ; SO:0000253 ; synonym:transfer_RNA
  45       <polyA_site ; SO:0000553
  46    %match ; SO:0000343
  47     %nucleotide_to_nucleotide_match ; SO:0000347
  48      %cross_genome_match ; SO:0000177
  49      %expressed_sequence_match ; GO:0000007
  50       %cDNA_match ; SO:0000689 % RNAi_reagent ; GO:0000009
  51       %EST_match ; SO:0000668
  52      %translated_nucleotide_match ; SO:0000181
  53     %nucleotide_to_protein_match ; SO:0000351
  54    %nucleotide_motif ; SO:0000714
  55     %CpG_island ; SO:0000307
  56     %TF_binding_site ; SO:0000235 ; synonym:transcription_factor_binding_site % regulatory_region ; SO:0005836
  57    %origin_of_replication ; SO:0000296
  58    %pseudogene_region ; SO:0000336
  59    %reagent ; SO:0000695
  60     %assembly_component ; SO:0000143
  61      %contig ; SO:0000149
  62      %golden_path_region ; SO:0000688
  63     %clone ; SO:0000151
  64      %cDNA_clone ; GO:0000011
  65      <clone_end ; SO:0000103
  66      %genomic_clone ; GO:0000012
  67     %databank_entry ; SO:2000061
  68     %oligonucleotide ; SO:0000696 ; synonym:primer % RNAi_reagent ; GO:0000009
  69     %pcr_product ; SO:0000006 ; synonym:amplicon
  70      %STS ; GO:0000008 ; synonym:sequence_tag_site
  71    %remark ; SO:0000700
  72     %experimental_reagent_region ; SO:0000703
  73      %RNAi_reagent ; GO:0000009
  74       %cDNA_match ; SO:0000689 % expressed_sequence_match ; GO:0000007
  75       %oligonucleotide ; SO:0000696 ; synonym:primer % reagent ; SO:0000695
  76     %potential_sequencing_error ; SO:0000701
  77    %repeat_region ; SO:0000657
  78     %direct_repeat ; SO:0000314
  79     %dispersed_repeat ; SO:0000658
  80     %inverted_repeat ; SO:0000294
  81     %repeat_family ; SO:0000187
  82      %transposable_element ; SO:0000101
  83       %DNA_transposon ; SO:0000182
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  91    %sequence_variant ; SO:0000109
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