t/data/cysprot.tblastn

   1 TBLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= CYS1_DICDI
  10          (343 letters)
  11
  12 Database: alu.n
  13            327 sequences; 80,506 total letters
  14
  15 Searching......................................................done
  16
  17                                                                    Score     E
  18 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
  19
  20 gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)                                      23  0.64
  21 gnl|alu|M30798_HSAL001637 (Alu-J)                                      20  5.6
  22 gnl|alu|M64231_HSAL003023 (Alu-Sb)                                     20  5.6
  23 gnl|alu|Y00326_HSAL000959 (Alu-J)                                      19  9.5
  24 gnl|alu|X69908_HSAL000290 (Alu-J)                                      19  9.5
  25 gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)                                     19  9.5
  26 gnl|alu|M80812_HSAL001801 (Alu-J)                                      19  9.5
  27
  28 >gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)
  29           Length = 193
  30
  31  Score = 23.1 bits (48), Expect = 0.64
  32  Identities = 11/32 (34%), Positives = 15/32 (46%)
  33  Frame = +1
  34
  35 Query: 137 GQCGSCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQ 168
  36            G CGSCW        + QHF    ++  LS +
  37 Sbjct: 19  GYCGSCW--------KSQHFGRLRQVEGLSSE 90
  38
  39
  40 >gnl|alu|M30798_HSAL001637 (Alu-J)
  41           Length = 331
  42
  43  Score = 20.0 bits (40), Expect = 5.6
  44  Identities = 6/7 (85%), Positives = 7/7 (99%)
  45  Frame = +3
  46
  47 Query: 278 PCNPNSL 284
  48            PCNPN+L
  49 Sbjct: 12  PCNPNTL 32
  50
  51
  52 >gnl|alu|M64231_HSAL003023 (Alu-Sb)
  53           Length = 257
  54
  55  Score = 20.0 bits (40), Expect = 5.6
  56  Identities = 8/14 (57%), Positives = 9/14 (64%)
  57  Frame = +3
  58
  59 Query: 294 SAKNTIFRKNMPYW 307
  60            S KNT  +KN P W
  61 Sbjct: 72  STKNTKKKKNGPAW 113
  62
  63
  64 >gnl|alu|Y00326_HSAL000959 (Alu-J)
  65           Length = 260
  66
  67  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.5
  68  Identities = 6/10 (60%), Positives = 6/10 (60%)
  69  Frame = -2
  70
  71 Query: 177 CMEYEGEEAC 186
  72            C EY GE  C
  73 Sbjct: 34  CWEYRGEPPC 5
  74
  75
  76 >gnl|alu|X69908_HSAL000290 (Alu-J)
  77           Length = 292
  78
  79  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.5
  80  Identities = 9/30 (30%), Positives = 13/30 (43%), Gaps = 3/30 (10%)
  81  Frame = -1
  82
  83 Query: 118 IPTAFDWRTRGAVTPVK---NQGQCGSCWS 144
  84            +P   +WR   ++ P      Q  C S WS
  85 Sbjct: 256 LPILDNWRDHSSLKPPAPGFKQSSCLSFWS 167
  86
  87
  88 >gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)
  89           Length = 325
  90
  91  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.5
  92  Identities = 5/7 (71%), Positives = 5/7 (71%)
  93  Frame = -1
  94
  95 Query: 137 GQCGSCW 143
  96            G C SCW
  97 Sbjct: 115 GACSSCW 95
  98
  99
 100 >gnl|alu|M80812_HSAL001801 (Alu-J)
 101           Length = 202
 102
 103  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.5
 104  Identities = 5/10 (50%), Positives = 7/10 (70%)
 105  Frame = +2
 106
 107 Query: 168 QNLVDCDHEC 177
 108            + +V CDH C
 109 Sbjct: 113 ETIVHCDHTC 142
 110
 111
 112   Database: alu.n
 113     Posted date:  Feb 26, 2001  4:36 AM
 114   Number of letters in database: 80,506
 115   Number of sequences in database:  327
 116
 117 Lambda     K      H
 118    0.316    0.135    0.414
 119
 120 Gapped
 121 Lambda     K      H
 122    0.270   0.0470    0.230
 123
 124
 125 Matrix: BLOSUM62
 126 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 127 Number of Hits to DB: 35241
 128 Number of Sequences: 327
 129 Number of extensions: 483
 130 Number of successful extensions: 7
 131 Number of sequences better than 10.0: 14
 132 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 6
 133 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 1
 134 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 1
 135 Number of HSP's gapped (non-prelim): 7
 136 length of query: 343
 137 length of database: 26,835
 138 effective HSP length: 31
 139 effective length of query: 312
 140 effective length of database: 16,698
 141 effective search space:  5209776
 142 effective search space used:  5209776
 143 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 144 T: 13
 145 A: 40
 146 X1: 16 ( 7.3 bits)
 147 X2: 38 (14.8 bits)
 148 X3: 64 (24.9 bits)
 149 S1: 36 (19.3 bits)
 150 S2: 38 (19.2 bits)
 151 TBLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
 152
 153
 154 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 155 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 156 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 157 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 158
 159 Query= ALEU_HORVU
 160          (362 letters)
 161
 162 Database: alu.n
 163            327 sequences; 80,506 total letters
 164
 165 Searching......................................................done
 166
 167                                                                    Score     E
 168 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
 169
 170 gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)                                      23  0.51
 171 gnl|alu|M59213_HSAL001809 (Alu-J)                                      20  7.5
 172 gnl|alu|M19889_HSAL002725 (Alu-J)                                      19  9.9
 173 gnl|alu|X05322_HSAL000874 (Alu-Sx)                                     19  9.9
 174
 175 >gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)
 176           Length = 193
 177
 178  Score = 23.5 bits (49), Expect = 0.51
 179  Identities = 13/40 (32%), Positives = 19/40 (47%), Gaps = 3/40 (7%)
 180  Frame = +1
 181
 182 Query: 164 HCGSCWTFSTTGAL---EAAYTQATGKNISLSEQQLVDCA 200
 183            +CGSCW     G L   E   ++  G +I ++     DCA
 184 Sbjct: 22  YCGSCWKSQHFGRLRQVEGLSSEVRGSSIQVTVS--YDCA 135
 185
 186
 187 >gnl|alu|M59213_HSAL001809 (Alu-J)
 188           Length = 339
 189
 190  Score = 19.6 bits (39), Expect = 7.5
 191  Identities = 7/12 (58%), Positives = 7/12 (58%)
 192  Frame = +2
 193
 194 Query: 164 HCGSCWTFSTTG 175
 195            HCGSC  F   G
 196 Sbjct: 8   HCGSCL*FQQFG 43
 197
 198
 199 >gnl|alu|M19889_HSAL002725 (Alu-J)
 200           Length = 183
 201
 202  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.9
 203  Identities = 5/8 (62%), Positives = 7/8 (87%)
 204  Frame = -1
 205
 206 Query: 236 GVNGVCHY 243
 207            G NG+CH+
 208 Sbjct: 54  GTNGMCHH 31
 209
 210
 211 >gnl|alu|X05322_HSAL000874 (Alu-Sx)
 212           Length = 225
 213
 214  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.9
 215  Identities = 6/11 (54%), Positives = 7/11 (63%)
 216  Frame = -3
 217
 218 Query: 237 VNGVCHYKAEN 247
 219            + GVCHY   N
 220 Sbjct: 163 ITGVCHYAQLN 131
 221
 222
 223   Database: alu.n
 224     Posted date:  Feb 26, 2001  4:36 AM
 225   Number of letters in database: 80,506
 226   Number of sequences in database:  327
 227
 228 Lambda     K      H
 229    0.318    0.132    0.400
 230
 231 Gapped
 232 Lambda     K      H
 233    0.270   0.0470    0.230
 234
 235
 236 Matrix: BLOSUM62
 237 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 238 Number of Hits to DB: 31527
 239 Number of Sequences: 327
 240 Number of extensions: 291
 241 Number of successful extensions: 6
 242 Number of sequences better than 10.0: 8
 243 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 4
 244 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 245 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 2
 246 Number of HSP's gapped (non-prelim): 4
 247 length of query: 362
 248 length of database: 26,835
 249 effective HSP length: 32
 250 effective length of query: 330
 251 effective length of database: 16,371
 252 effective search space:  5402430
 253 effective search space used:  5402430
 254 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 255 T: 13
 256 A: 40
 257 X1: 16 ( 7.3 bits)
 258 X2: 38 (14.8 bits)
 259 X3: 64 (24.9 bits)
 260 S1: 36 (19.4 bits)
 261 S2: 38 (19.2 bits)
 262 TBLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
 263
 264
 265 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 266 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 267 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 268 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 269
 270 Query= CATH_HUMAN
 271          (335 letters)
 272
 273 Database: alu.n
 274            327 sequences; 80,506 total letters
 275
 276 Searching......................................................done
 277
 278                                                                    Score     E
 279 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
 280
 281 gnl|alu|M63796_HSAL002417 (Alu-J)                                      23  0.85
 282 gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)                                      22  1.1
 283 gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)                                     21  2.5
 284 gnl|alu|M88005_HSAL001281 (Alu-Sx)                                     21  3.3
 285 gnl|alu|M64231_HSAL003024 (Alu-J)                                      20  4.3
 286
 287 >gnl|alu|M63796_HSAL002417 (Alu-J)
 288           Length = 322
 289
 290  Score = 22.7 bits (47), Expect = 0.85
 291  Identities = 11/34 (32%), Positives = 15/34 (43%)
 292  Frame = +1
 293
 294 Query: 302 SWGPQWGMNGYFLIERGKNMCGLAACASYPIPLV 335
 295            SW P W        +  KN  G+   A Y +P+V
 296 Sbjct: 76  SWRPAWASGHLIFTKNKKN*LGMVV*ACY-VPVV 174
 297
 298
 299 >gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)
 300           Length = 193
 301
 302  Score = 22.3 bits (46), Expect = 1.1
 303  Identities = 8/23 (34%), Positives = 11/23 (47%)
 304  Frame = +1
 305
 306 Query: 136 GACGSCWTFSTTGALESAIAIAT 158
 307            G CGSCW     G L     +++
 308 Sbjct: 19  GYCGSCWKSQHFGRLRQVEGLSS 87
 309
 310
 311 >gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)
 312           Length = 325
 313
 314  Score = 21.2 bits (43), Expect = 2.5
 315  Identities = 6/7 (85%), Positives = 6/7 (85%)
 316  Frame = -1
 317
 318 Query: 136 GACGSCW 142
 319            GAC SCW
 320 Sbjct: 115 GACSSCW 95
 321
 322
 323 >gnl|alu|M88005_HSAL001281 (Alu-Sx)
 324           Length = 225
 325
 326  Score = 20.8 bits (42), Expect = 3.3
 327  Identities = 9/29 (31%), Positives = 16/29 (55%)
 328  Frame = -1
 329
 330 Query: 118 PSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFST 146
 331            P++      NFV  VKN+ +C   W+ ++
 332 Sbjct: 165 PTIPNASLTNFVFFVKNRVSCWPGWSLNS 79
 333
 334
 335 >gnl|alu|M64231_HSAL003024 (Alu-J)
 336           Length = 287
 337
 338  Score = 20.4 bits (41), Expect = 4.3
 339  Identities = 10/24 (41%), Positives = 13/24 (53%)
 340  Frame = -2
 341
 342 Query: 96  WSEPQNCSATKSNYLRGTGPYPPS 119
 343            WS   +  A  +  LRG+G  PPS
 344 Sbjct: 232 WSAVASIMAHYTLGLRGSGDPPPS 161
 345
 346
 347   Database: alu.n
 348     Posted date:  Feb 26, 2001  4:36 AM
 349   Number of letters in database: 80,506
 350   Number of sequences in database:  327
 351
 352 Lambda     K      H
 353    0.319    0.134    0.436
 354
 355 Gapped
 356 Lambda     K      H
 357    0.270   0.0470    0.230
 358
 359
 360 Matrix: BLOSUM62
 361 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 362 Number of Hits to DB: 44068
 363 Number of Sequences: 327
 364 Number of extensions: 498
 365 Number of successful extensions: 7
 366 Number of sequences better than 10.0: 10
 367 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 5
 368 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 369 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 2
 370 Number of HSP's gapped (non-prelim): 5
 371 length of query: 335
 372 length of database: 26,835
 373 effective HSP length: 29
 374 effective length of query: 306
 375 effective length of database: 17,352
 376 effective search space:  5309712
 377 effective search space used:  5309712
 378 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 379 T: 13
 380 A: 40
 381 X1: 16 ( 7.4 bits)
 382 X2: 38 (14.8 bits)
 383 X3: 64 (24.9 bits)
 384 S1: 36 (19.5 bits)
 385 S2: 38 (19.2 bits)
 386 TBLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
 387
 388
 389 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 390 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 391 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 392 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 393
 394 Query= CATH_RAT
 395          (333 letters)
 396
 397 Database: alu.n
 398            327 sequences; 80,506 total letters
 399
 400 Searching......................................................done
 401
 402                                                                    Score     E
 403 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
 404
 405 gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)                                      24  0.36
 406 gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)                                     21  2.4
 407 gnl|alu|L11016_HSAL003845 (Alu-J)                                      19  9.2
 408
 409 >gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)
 410           Length = 193
 411
 412  Score = 23.9 bits (50), Expect = 0.36
 413  Identities = 9/23 (39%), Positives = 11/23 (47%)
 414  Frame = +1
 415
 416 Query: 134 GACGSCWTFSTTGALESAVAIAS 156
 417            G CGSCW     G L     ++S
 418 Sbjct: 19  GYCGSCWKSQHFGRLRQVEGLSS 87
 419
 420
 421 >gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)
 422           Length = 325
 423
 424  Score = 21.2 bits (43), Expect = 2.4
 425  Identities = 6/7 (85%), Positives = 6/7 (85%)
 426  Frame = -1
 427
 428 Query: 134 GACGSCW 140
 429            GAC SCW
 430 Sbjct: 115 GACSSCW 95
 431
 432
 433 >gnl|alu|L11016_HSAL003845 (Alu-J)
 434           Length = 197
 435
 436  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.2
 437  Identities = 7/15 (46%), Positives = 10/15 (66%)
 438  Frame = +3
 439
 440 Query: 124 GNVVSPVKNQGACGS 138
 441            GN+V P   + +CGS
 442 Sbjct: 93  GNIVRPHFYKASCGS 137
 443
 444
 445   Database: alu.n
 446     Posted date:  Feb 26, 2001  4:36 AM
 447   Number of letters in database: 80,506
 448   Number of sequences in database:  327
 449
 450 Lambda     K      H
 451    0.319    0.131    0.412
 452
 453 Gapped
 454 Lambda     K      H
 455    0.270   0.0470    0.230
 456
 457
 458 Matrix: BLOSUM62
 459 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 460 Number of Hits to DB: 35152
 461 Number of Sequences: 327
 462 Number of extensions: 361
 463 Number of successful extensions: 10
 464 Number of sequences better than 10.0: 6
 465 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 3
 466 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 467 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 7
 468 Number of HSP's gapped (non-prelim): 3
 469 length of query: 333
 470 length of database: 26,835
 471 effective HSP length: 31
 472 effective length of query: 302
 473 effective length of database: 16,698
 474 effective search space:  5042796
 475 effective search space used:  5042796
 476 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 477 T: 13
 478 A: 40
 479 X1: 16 ( 7.4 bits)
 480 X2: 38 (14.8 bits)
 481 X3: 64 (24.9 bits)
 482 S1: 35 (19.0 bits)
 483 S2: 38 (19.2 bits)
 484 TBLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
 485
 486
 487 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 488 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 489 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 490 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 491
 492 Query= CATL_HUMAN
 493          (333 letters)
 494
 495 Database: alu.n
 496            327 sequences; 80,506 total letters
 497
 498 Searching......................................................done
 499
 500                                                                    Score     E
 501 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
 502
 503 gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)                                      22  1.1
 504 gnl|alu|M63544_HSAL002045 (Alu-J)                                      21  3.1
 505 gnl|alu|Z17809_HSAL003365 (Alu-Sx)                                     20  7.0
 506 gnl|alu|X16277_HSAL000821 (Alu-J)                                      19  9.2
 507 gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)                                     19  9.2
 508
 509 >gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)
 510           Length = 193
 511
 512  Score = 22.3 bits (46), Expect = 1.1
 513  Identities = 8/15 (53%), Positives = 8/15 (53%)
 514  Frame = +1
 515
 516 Query: 133 GQCGSCWAFSATGAL 147
 517            G CGSCW     G L
 518 Sbjct: 19  GYCGSCWKSQHFGRL 63
 519
 520
 521 >gnl|alu|M63544_HSAL002045 (Alu-J)
 522           Length = 265
 523
 524  Score = 20.8 bits (42), Expect = 3.1
 525  Identities = 9/22 (40%), Positives = 14/22 (62%), Gaps = 2/22 (9%)
 526  Frame = -2
 527
 528 Query: 260 KEGIYFEP--DCSSEDMDHGVL 279
 529            ++G+   P  +CSS  MDH +L
 530 Sbjct: 252 RQGLALSPRLECSSAIMDHCIL 187
 531
 532
 533 >gnl|alu|Z17809_HSAL003365 (Alu-Sx)
 534           Length = 207
 535
 536  Score = 19.6 bits (39), Expect = 7.0
 537  Identities = 6/14 (42%), Positives = 10/14 (70%)
 538  Frame = -3
 539
 540 Query: 174 GNEGCNGGLMDYAF 187
 541            G +GC  GLM +++
 542 Sbjct: 172 GVQGCGHGLMGFSY 131
 543
 544
 545 >gnl|alu|X16277_HSAL000821 (Alu-J)
 546           Length = 287
 547
 548  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.2
 549  Identities = 6/14 (42%), Positives = 11/14 (77%)
 550  Frame = +3
 551
 552 Query: 64 QEYREGKHSFTMAM 77
 553           QE+  G+HS T+++
 554 Sbjct: 72 QEFEPGQHSETLSL 113
 555
 556
 557 >gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)
 558           Length = 325
 559
 560  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.2
 561  Identities = 5/7 (71%), Positives = 5/7 (71%)
 562  Frame = -1
 563
 564 Query: 133 GQCGSCW 139
 565            G C SCW
 566 Sbjct: 115 GACSSCW 95
 567
 568
 569   Database: alu.n
 570     Posted date:  Feb 26, 2001  4:36 AM
 571   Number of letters in database: 80,506
 572   Number of sequences in database:  327
 573
 574 Lambda     K      H
 575    0.317    0.133    0.417
 576
 577 Gapped
 578 Lambda     K      H
 579    0.270   0.0470    0.230
 580
 581
 582 Matrix: BLOSUM62
 583 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 584 Number of Hits to DB: 39061
 585 Number of Sequences: 327
 586 Number of extensions: 451
 587 Number of successful extensions: 9
 588 Number of sequences better than 10.0: 10
 589 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 5
 590 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 591 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 4
 592 Number of HSP's gapped (non-prelim): 5
 593 length of query: 333
 594 length of database: 26,835
 595 effective HSP length: 31
 596 effective length of query: 302
 597 effective length of database: 16,698
 598 effective search space:  5042796
 599 effective search space used:  5042796
 600 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 601 T: 13
 602 A: 40
 603 X1: 16 ( 7.3 bits)
 604 X2: 38 (14.8 bits)
 605 X3: 64 (24.9 bits)
 606 S1: 36 (19.3 bits)
 607 S2: 38 (19.2 bits)
 608 TBLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
 609
 610
 611 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 612 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 613 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 614 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 615
 616 Query= CATL_RAT
 617          (334 letters)
 618
 619 Database: alu.n
 620            327 sequences; 80,506 total letters
 621
 622 Searching......................................................done
 623
 624                                                                    Score     E
 625 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
 626
 627 gnl|alu|Z17809_HSAL003365 (Alu-Sx)                                     22  1.4
 628 gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)                                      22  1.9
 629 gnl|alu|Z30166_HSAL006097 (Alu-J)                                      21  2.5
 630 gnl|alu|L26953_HSAL004755 (Alu-Sx)                                     20  4.2
 631 gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)                                     19  9.5
 632
 633 >gnl|alu|Z17809_HSAL003365 (Alu-Sx)
 634           Length = 207
 635
 636  Score = 21.9 bits (45), Expect = 1.4
 637  Identities = 8/14 (57%), Positives = 10/14 (71%)
 638  Frame = -3
 639
 640 Query: 174 GNQGCNGGLMDFAF 187
 641            G QGC  GLM F++
 642 Sbjct: 172 GVQGCGHGLMGFSY 131
 643
 644
 645 >gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)
 646           Length = 193
 647
 648  Score = 21.6 bits (44), Expect = 1.9
 649  Identities = 6/7 (85%), Positives = 6/7 (85%)
 650  Frame = +1
 651
 652 Query: 133 GQCGSCW 139
 653            G CGSCW
 654 Sbjct: 19  GYCGSCW 39
 655
 656
 657 >gnl|alu|Z30166_HSAL006097 (Alu-J)
 658           Length = 168
 659
 660  Score = 21.2 bits (43), Expect = 2.5
 661  Identities = 8/22 (36%), Positives = 12/22 (54%)
 662  Frame = -2
 663
 664 Query: 108 EPLMLQIPKTVDWREKGCVTPV 129
 665            +P  L +PK  D+R   C  P+
 666 Sbjct: 77  DPAHLSLPKCWDYRLSHCAWPL 12
 667
 668
 669 >gnl|alu|L26953_HSAL004755 (Alu-Sx)
 670           Length = 337
 671
 672  Score = 20.4 bits (41), Expect = 4.2
 673  Identities = 6/9 (66%), Positives = 7/9 (77%)
 674  Frame = +1
 675
 676 Query: 171 HDQGNQGCN 179
 677            HD G +GCN
 678 Sbjct: 223 HDPGGRGCN 249
 679
 680
 681 >gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)
 682           Length = 325
 683
 684  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.5
 685  Identities = 5/7 (71%), Positives = 5/7 (71%)
 686  Frame = -1
 687
 688 Query: 133 GQCGSCW 139
 689            G C SCW
 690 Sbjct: 115 GACSSCW 95
 691
 692
 693   Database: alu.n
 694     Posted date:  Feb 26, 2001  4:36 AM
 695   Number of letters in database: 80,506
 696   Number of sequences in database:  327
 697
 698 Lambda     K      H
 699    0.317    0.134    0.426
 700
 701 Gapped
 702 Lambda     K      H
 703    0.270   0.0470    0.230
 704
 705
 706 Matrix: BLOSUM62
 707 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 708 Number of Hits to DB: 36291
 709 Number of Sequences: 327
 710 Number of extensions: 428
 711 Number of successful extensions: 8
 712 Number of sequences better than 10.0: 10
 713 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 5
 714 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 715 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 3
 716 Number of HSP's gapped (non-prelim): 5
 717 length of query: 334
 718 length of database: 26,835
 719 effective HSP length: 30
 720 effective length of query: 304
 721 effective length of database: 17,025
 722 effective search space:  5175600
 723 effective search space used:  5175600
 724 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 725 T: 13
 726 A: 40
 727 X1: 16 ( 7.3 bits)
 728 X2: 38 (14.8 bits)
 729 X3: 64 (24.9 bits)
 730 S1: 36 (19.4 bits)
 731 S2: 38 (19.2 bits)
 732 TBLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
 733
 734
 735 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 736 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 737 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 738 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 739
 740 Query= PAPA_CARPA
 741          (345 letters)
 742
 743 Database: alu.n
 744            327 sequences; 80,506 total letters
 745
 746 Searching......................................................done
 747
 748                                                                    Score     E
 749 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
 750
 751 gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)                                      22  1.1
 752 gnl|alu|X68486_HSAL004968 (Alu-J)                                      20  5.7
 753 gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)                                     20  5.7
 754 gnl|alu|M78078_HSAL003530 (Alu-Sc)                                     19  9.8
 755 gnl|alu|M63322_HSAL001805 (Alu-J)                                      19  9.8
 756
 757 >gnl|alu|L13391_HSAL003871 (Alu-J)
 758           Length = 193
 759
 760  Score = 22.3 bits (46), Expect = 1.1
 761  Identities = 9/21 (42%), Positives = 12/21 (56%), Gaps = 3/21 (14%)
 762  Frame = +1
 763
 764 Query: 153 GSCGSCWA---FSAVVTIEGI 170
 765            G CGSCW    F  +  +EG+
 766 Sbjct: 19  GYCGSCWKSQHFGRLRQVEGL 81
 767
 768
 769 >gnl|alu|X68486_HSAL004968 (Alu-J)
 770           Length = 249
 771
 772  Score = 20.0 bits (40), Expect = 5.7
 773  Identities = 11/49 (22%), Positives = 20/49 (40%), Gaps = 10/49 (20%)
 774  Frame = -2
 775
 776 Query: 14  AICLFVYMGLSFGDFSIVGYS----------QNDLTSTERLIQLFESWM 52
 777            A+CLF++    FG   +  +            N L    + + + ESW+
 778 Sbjct: 149 AVCLFIFSFFFFGRNGLFAHVAQAGLALLG*SNPLALASQSLGITESWV 3
 779
 780
 781 >gnl|alu|M65235_HSAL002711 (Alu-Sx)
 782           Length = 325
 783
 784  Score = 20.0 bits (40), Expect = 5.7
 785  Identities = 5/7 (71%), Positives = 6/7 (85%)
 786  Frame = -1
 787
 788 Query: 153 GSCGSCW 159
 789            G+C SCW
 790 Sbjct: 115 GACSSCW 95
 791
 792
 793 >gnl|alu|M78078_HSAL003530 (Alu-Sc)
 794           Length = 158
 795
 796  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.8
 797  Identities = 7/14 (50%), Positives = 10/14 (71%)
 798  Frame = -1
 799
 800 Query: 204 ALQLVAQYGIHYRN 217
 801            +  LVAQ G+ +RN
 802 Sbjct: 104 SFNLVAQAGVQWRN 63
 803
 804
 805 >gnl|alu|M63322_HSAL001805 (Alu-J)
 806           Length = 345
 807
 808  Score = 19.2 bits (38), Expect = 9.8
 809  Identities = 6/15 (40%), Positives = 11/15 (73%)
 810  Frame = +2
 811
 812 Query: 73  KDNLKYIDETNKKNN 87
 813            K+ +KY+ + NKK +
 814 Sbjct: 284 KNKIKYVFKNNKKKS 328
 815
 816
 817   Database: alu.n
 818     Posted date:  Feb 26, 2001  4:36 AM
 819   Number of letters in database: 80,506
 820   Number of sequences in database:  327
 821
 822 Lambda     K      H
 823    0.318    0.138    0.428
 824
 825 Gapped
 826 Lambda     K      H
 827    0.270   0.0470    0.230
 828
 829
 830 Matrix: BLOSUM62
 831 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 832 Number of Hits to DB: 33866
 833 Number of Sequences: 327
 834 Number of extensions: 356
 835 Number of successful extensions: 7
 836 Number of sequences better than 10.0: 10
 837 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 5
 838 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 839 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 2
 840 Number of HSP's gapped (non-prelim): 5
 841 length of query: 345
 842 length of database: 26,835
 843 effective HSP length: 30
 844 effective length of query: 315
 845 effective length of database: 17,025
 846 effective search space:  5362875
 847 effective search space used:  5362875
 848 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 849 T: 13
 850 A: 40
 851 X1: 16 ( 7.3 bits)
 852 X2: 38 (14.8 bits)
 853 X3: 64 (24.9 bits)
 854 S1: 36 (19.4 bits)
 855 S2: 38 (19.2 bits)