t/data/branchSite.mlc

   1 CODONML (in paml 3.15, November 2005)    test.phy   Model: several dN/dS ratios for branches
   2 Codon frequencies: F3x4
   3 Site-class models:  discrete (4 categories)
   4 ns =   3  ls =   6
   5
   6 Codon usage in sequences
   7 --------------------------------------------------------------------------
   8 Phe TTT  1  1  1 | Ser TCT  1  1  0 | Tyr TAT  0  0  0 | Cys TGT  0  0  0
   9     TTC  0  0  0 |     TCC  0  0  1 |     TAC  0  0  0 |     TGC  0  0  0
  10 Leu TTA  0  0  0 |     TCA  0  0  0 | *** TAA  0  0  0 | *** TGA  0  0  0
  11     TTG  0  0  0 |     TCG  0  0  0 |     TAG  0  0  0 | Trp TGG  0  0  0
  12 --------------------------------------------------------------------------
  13 Leu CTT  0  0  0 | Pro CCT  0  0  0 | His CAT  1  1  1 | Arg CGT  0  0  0
  14     CTC  0  0  0 |     CCC  0  0  1 |     CAC  0  0  0 |     CGC  0  0  0
  15     CTA  0  0  0 |     CCA  1  1  0 | Gln CAA  0  0  0 |     CGA  0  0  0
  16     CTG  0  0  0 |     CCG  0  0  0 |     CAG  0  0  0 |     CGG  0  0  0
  17 --------------------------------------------------------------------------
  18 Ile ATT  0  0  0 | Thr ACT  0  0  0 | Asn AAT  0  0  0 | Ser AGT  0  0  0
  19     ATC  0  0  0 |     ACC  0  0  0 |     AAC  0  0  0 |     AGC  0  0  0
  20     ATA  0  0  0 |     ACA  0  0  0 | Lys AAA  0  0  0 | Arg AGA  0  0  0
  21 Met ATG  2  1  1 |     ACG  0  1  1 |     AAG  0  0  0 |     AGG  0  0  0
  22 --------------------------------------------------------------------------
  23 Val GTT  0  0  0 | Ala GCT  0  0  0 | Asp GAT  0  0  0 | Gly GGT  0  0  0
  24     GTC  0  0  0 |     GCC  0  0  0 |     GAC  0  0  0 |     GGC  0  0  0
  25     GTA  0  0  0 |     GCA  0  0  0 | Glu GAA  0  0  0 |     GGA  0  0  0
  26     GTG  0  0  0 |     GCG  0  0  0 |     GAG  0  0  0 |     GGG  0  0  0
  27 --------------------------------------------------------------------------
  28
  29 Codon position x base (3x4) table for each sequence.
  30
  31 #1: test0
  32 position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
  33 position  2:    T:0.50000    C:0.33333    A:0.16667    G:0.00000
  34 position  3:    T:0.50000    C:0.00000    A:0.16667    G:0.33333
  35
  36 #2: test1
  37 position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
  38 position  2:    T:0.33333    C:0.50000    A:0.16667    G:0.00000
  39 position  3:    T:0.50000    C:0.00000    A:0.16667    G:0.33333
  40
  41 #3: test2
  42 position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
  43 position  2:    T:0.33333    C:0.50000    A:0.16667    G:0.00000
  44 position  3:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.00000    G:0.33333
  45
  46 Sums of codon usage counts
  47 ------------------------------------------------------------------------------
  48 Phe F TTT       3 | Ser S TCT       2 | Tyr Y TAT       0 | Cys C TGT       0
  49       TTC       0 |       TCC       1 |       TAC       0 |       TGC       0
  50 Leu L TTA       0 |       TCA       0 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
  51       TTG       0 |       TCG       0 |       TAG       0 | Trp W TGG       0
  52 ------------------------------------------------------------------------------
  53 Leu L CTT       0 | Pro P CCT       0 | His H CAT       3 | Arg R CGT       0
  54       CTC       0 |       CCC       1 |       CAC       0 |       CGC       0
  55       CTA       0 |       CCA       2 | Gln Q CAA       0 |       CGA       0
  56       CTG       0 |       CCG       0 |       CAG       0 |       CGG       0
  57 ------------------------------------------------------------------------------
  58 Ile I ATT       0 | Thr T ACT       0 | Asn N AAT       0 | Ser S AGT       0
  59       ATC       0 |       ACC       0 |       AAC       0 |       AGC       0
  60       ATA       0 |       ACA       0 | Lys K AAA       0 | Arg R AGA       0
  61 Met M ATG       4 |       ACG       2 |       AAG       0 |       AGG       0
  62 ------------------------------------------------------------------------------
  63 Val V GTT       0 | Ala A GCT       0 | Asp D GAT       0 | Gly G GGT       0
  64       GTC       0 |       GCC       0 |       GAC       0 |       GGC       0
  65       GTA       0 |       GCA       0 | Glu E GAA       0 |       GGA       0
  66       GTG       0 |       GCG       0 |       GAG       0 |       GGG       0
  67 ------------------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 Codon position x base (3x4) table, overall
  71
  72 position  1:    T:0.33333    C:0.33333    A:0.33333    G:0.00000
  73 position  2:    T:0.38889    C:0.44444    A:0.16667    G:0.00000
  74 position  3:    T:0.44444    C:0.11111    A:0.11111    G:0.33333
  75
  76
  77 Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
  78 (Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
  79 Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)
  80
  81 test0
  82 test1               -1.0000 (0.0706 0.0000)
  83 test2                0.0510 (0.0706 1.3844) 0.0000 (0.0000 0.9745)
  84
  85
  86 TREE #  1:  (1, 2, 3);   MP score: 3
  87 lnL(ntime:  3  np:  9):    -28.298935     +0.000000
  88    4..1     4..2     4..3
  89   0.31500  0.00000 18.45220 99.00000  0.00000  0.65968  0.00000  0.00000 999.00000
  90
  91 Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).
  92
  93 tree length =  18.76720
  94
  95 (1: 0.314996, 2: 0.000004, 3: 18.452204);
  96
  97 (test0: 0.314996, test1: 0.000004, test2: 18.452204);
  98
  99 Detailed output identifying parameters
 100
 101 kappa (ts/tv) = 99.00000
 102
 103
 104 dN/dS for site classes (K=4)
 105
 106 site class             0        1       2a       2b
 107 proportion       0.00000  0.65968  0.00000  0.34032
 108 background w     0.00000  0.00000  0.00000  0.00000
 109 foreground w     0.00000  0.00000999.00000 999.00000
 110
 111
 112 Naive Empirical Bayes (NEB) analysis (please use the BEB results.)
 113 Positive sites for foreground lineages Prob(w>1):
 114
 115      2 M 1.000**