t/SeqIO/tigrxml.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 49,
  11                            -requires_modules => [qw(XML::SAX XML::SAX::Writer)]);
  12
  13         use_ok('Bio::SeqIO::tigrxml');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 my $ast = Bio::SeqIO->new(-format => 'tigrxml' ,
  19                           -verbose => $verbose,
  20                           -file => test_input_file('test.tigrxml'));
  21 isa_ok($ast, 'Bio::SeqIO');
  22 $ast->verbose($verbose);
  23 ok my $as = $ast->next_seq();
  24 is($as->display_id, 'chr9');
  25
  26 my $first = 1;
  27 for my $f ( sort { $a->start * $a->strand <=> $b->start * $b->strand } $as->get_SeqFeatures ) {
  28     ok($f);
  29
  30     my ($name);
  31     for my $tag ( qw(Parent ID) ) {
  32         if( $f->has_tag($tag) ) {
  33             ($name) = $f->get_tag_values($tag);
  34             last;
  35         }
  36     }
  37     if( $name eq '162.t00500' || $name eq '162.m02638' ) {
  38         if( $f->primary_tag eq 'gene' ) {
  39             is($f->start, 185408);
  40             is($f->end, 187155);
  41             # warn($f->gff_string, "\n");
  42         } elsif( $f->primary_tag eq 'mRNA' ) {
  43             is($f->start, 185408); # the values list for COORD are start/end of CDS not whole transcript
  44             is($f->end, 187155);
  45             is($f->strand, 1);
  46         } elsif( $f->primary_tag eq "five_prime_UTR" ) {
  47             my ($id) = $f->get_tag_values('ID');
  48             if( $id =~ /UTR1$/ ) {
  49                 is($f->start, 185408);
  50                 is($f->end,   185433);
  51             } elsif( $id =~ /UTR2$/ ) {
  52                 is($f->start, 185487);
  53                 is($f->end,   185793);
  54             } else {
  55                 ok(0, 'expected only two UTRS');
  56             }
  57         } elsif( $f->primary_tag eq "three_prime_UTR" ) {
  58             is($f->start, 187042);
  59             is($f->end, 187155);
  60         } elsif( $f->primary_tag eq 'CDS' ) {
  61             is($f->start, 185794);
  62             is($f->end, 187041);
  63         }
  64     } elsif ( $name eq '162.t00448' || $name eq '162.m02967' ) {
  65         if( $f->primary_tag eq 'gene' ) {
  66             is($f->start, 59343);
  67             is($f->end, 61061);
  68         } elsif( $f->primary_tag eq 'mRNA' ) {
  69             is($f->start, 59343); # the values list for COORD are start/end of CDS not whole transcript
  70             is($f->end, 61061);
  71             is($f->strand, -1);
  72         } elsif( $f->primary_tag eq "five_prime_UTR" ) {
  73             my ($id) = $f->get_tag_values('ID');
  74             is($f->start, 60834);
  75             is($f->end, 61061);
  76             is($f->strand, -1);
  77         } elsif( $f->primary_tag eq "three_prime_UTR" ) {
  78             is($f->start, 59343);
  79             is($f->end,   59632);
  80             is($f->strand, -1);
  81         } elsif( $f->primary_tag eq 'CDS' ) {
  82             if( $first ) {
  83                 is($f->start, 60801);
  84                 is($f->end,   60833);
  85                 is($f->strand, -1);
  86                 $first = 0;
  87             }
  88         }
  89     } else {
  90         ok(0, "unexpected name '$name'\n");
  91     }
  92 }