t/SeqIO/ace.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 7);
  11
  12     use_ok 'Bio::SeqIO';
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my $t_file = test_input_file('test.ace');
  18 my $before;
  19 {
  20     local $/ = undef;
  21     open my $BEFORE, '<', $t_file or die "Could not read file '$t_file': $!\n";
  22     $before = <$BEFORE>;
  23     close $BEFORE;
  24 }
  25
  26 my $a_in = Bio::SeqIO->new( -FILE    => $t_file,
  27                             -verbose => $verbose,
  28                             -FORMAT  => 'ace' );
  29 my @a_seq;
  30 while (my $a = $a_in->next_seq) {
  31     push @a_seq, $a;
  32 }
  33
  34 is @a_seq, 3, 'number of sequence objects';
  35
  36 my $esc_name = $a_seq[1]->display_id;
  37 is $esc_name, 'Name; 4% strewn with \ various / escaped characters',
  38     "unescaping of characters, $esc_name";
  39
  40 is $a_seq[0]->alphabet, 'protein', 'alphabets detected';
  41 is $a_seq[1]->alphabet, 'dna', 'alphabets detected';
  42
  43 my $o_file = test_output_file();
  44 my $a_out = Bio::SeqIO->new( -FILE    => ">$o_file",
  45                              -verbose => $verbose,
  46                              -FORMAT  => 'ace' );
  47 my $a_out_ok = 1;
  48 for my $a (@a_seq) {
  49     $a_out->write_seq($a) or $a_out_ok = 0;
  50 }
  51 undef($a_out);  # Flush to disk
  52 is $a_out_ok,1,'writing sequence';
  53
  54 my $after;
  55 {
  56     local $/ = undef;
  57     open my $AFTER, '<', $o_file or die "Could not read file '$o_file': $!\n";
  58     $after = <$AFTER>;
  59     close $AFTER;
  60 }
  61
  62 is( ($before and $after and ($before eq $after)), 1, 'test output');