t/SeqIO/MultiFile.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 5);
  11
  12     use_ok 'Bio::SeqIO::MultiFile';
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17
  18 # Test multiple files, with a specified format
  19 ok my $mf = Bio::SeqIO::MultiFile->new(
  20     -format  => 'Fasta' ,
  21     -verbose => $verbose,
  22     -files   => [ test_input_file('multi_1.fa'), test_input_file('multi_2.fa')],
  23 );
  24
  25 my $count = 0;
  26 while (my $seq = $mf->next_seq() ) {
  27     $count++;
  28 }
  29 is $count, 12;
  30
  31
  32 # Automatically determine format
  33 ok $mf = Bio::SeqIO::MultiFile->new(
  34     -verbose => $verbose,
  35     -files   => [ test_input_file('multi_1.fa'), test_input_file('multi_2.fa')],
  36 );
  37
  38 is $mf->format, 'fasta';