t/RemoteDB/SwissProt.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests               => 23,
  11                -requires_modules    => [qw(IO::String
  12                                            LWP::UserAgent
  13                                            HTTP::Request::Common)],
  14                -requires_networking => 1);
  15
  16     use_ok('Bio::DB::SwissProt');
  17 }
  18
  19 ok my $gb = Bio::DB::SwissProt->new(-retrievaltype => 'pipeline',
  20                                     -delay         => 0);
  21
  22 my %expected_lengths = (
  23                         'NDP_MOUSE'   => 131,
  24                         'NDP_HUMAN'   => 133,
  25                         'BOLA_HAEIN'  => 103,
  26                         'YNB3_YEAST'  => 125,
  27                         'O39869'      => 56,
  28                         'DEGP_CHLTR'  => 497,
  29                         'DEGPL_CHLTR' => 497
  30                         );
  31
  32 my ($seq, $seqio);
  33
  34 SKIP: {
  35     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('YNB3_YEAST');};
  36     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::SwissProt.pm. Skipping those tests", 14 if $@;
  37     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  38     is $seq->division, 'YEAST';
  39
  40     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('P43780');};
  41     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::SwissProt.pm. Skipping those tests", 12 if $@;
  42     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  43     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('O39869');};
  44     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::SwissProt.pm. Skipping those tests", 11 if $@;
  45     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->accession_number}, $seq->accession_number;
  46     is $seq->accession_number, 'O39869';
  47     is $seq->division, '9PICO';
  48
  49     # test for bug #958
  50     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('P18584');};
  51     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::SwissProt.pm. Skipping those tests", 8 if $@;
  52     ok exists $expected_lengths{$seq->display_id}, 'P18584';
  53     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  54     is $seq->division, 'CHLTR';
  55
  56     ok $gb = Bio::DB::SwissProt->new('-retrievaltype' => 'tempfile', '-delay' => 0);
  57     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id(['NDP_MOUSE', 'NDP_HUMAN']);};
  58     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::SwissProt.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
  59     undef $gb; # testing to see if we can remove gb
  60     ok $seq = $seqio->next_seq();
  61     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  62     ok $seq = $seqio->next_seq();
  63     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  64 }
  65
  66 # test idtracker() method
  67 ok $gb = Bio::DB::SwissProt->new(-retrievaltype => 'pipeline',
  68                                  -delay         => 0,
  69                                  -verbose       => 2);
  70
  71 SKIP: {
  72     my $map;
  73     # check old ID
  74     eval {$map = $gb->id_mapper(-from => 'ACC+ID',
  75                                 -to   => 'ACC',
  76                                 -ids  => [qw(MYOD1_PIG PYRC_YEAST)]
  77                                 )};
  78     skip("Problem with idtracker(), skipping these tests: $@", 6) if $@;
  79
  80     cmp_ok(@{$map->{MYOD1_PIG}}, '>=', 1);
  81     is($map->{MYOD1_PIG}[0], 'P49811');
  82     cmp_ok(@{$map->{PYRC_YEAST}}, '>=', 1);
  83     is($map->{PYRC_YEAST}[0], 'P20051');
  84
  85     eval {$map = $gb->id_mapper(-from => 'ACC+ID',
  86                                 -to   => 'EMBL',
  87                                 -ids  => [qw(PYRC_YEAST)]
  88                                 )};
  89     skip("Problem with idtracker(), skipping these tests: $@", 2) if $@;
  90
  91     cmp_ok(@{$map->{PYRC_YEAST}}, '>=', 2);
  92     like($map->{PYRC_YEAST}[0], qr/^[A-Z0-9]/);
  93 }
  94
  95 1;