t/Matrix/ProtPsm.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8    use lib '.';
   9    use Bio::Root::Test;
  10
  11    test_begin(-tests => 14);
  12
  13    use_ok('Bio::Matrix::PSM::IO');
  14 }
  15
  16 # Test psiblast reading functionality.
  17 my $psmIO =  Bio::Matrix::PSM::IO->new(-format => 'psiblast',
  18                               -file   => test_input_file('atp1.matrix'));
  19 ok $psmIO;
  20
  21 my $psm = $psmIO->next_psm;
  22 ok $psm;
  23
  24 # Verify that getting IUPAC sequence is functional
  25 my $IUPAC = 'MEMSINPSEISSIIKEQIENYDTKAEVSEVGTVLSVGDGIARVYGLDNVMAGEMVEFPSGVKGMALNLEEDNVGVVLLGDDTGIKEGDLVKRTGKIVEVPVGEALLGRVVDPLGNPIDAKGPIKTDERRPVEVKAPGIIPRKSVHEPLQTGLKAIDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTIINQKRINDESTDEGKKVYCIYVAIGQKRSTVAQVVQTLREAGALEYTIIVAATAAAPAPAQYLSAYAGCAIGEAFADNGAAACIIHDDLSRQAVAYAIISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSDELGGGSLTALPIIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETDLFNSGIRPAINVGLSVSRVGSAAQIKAMKKVAGSLKLELAQYRELAAFAQFGSDLDAATQAQLNRGARLTELLKQPQYSPLPVEEQVVILYAGVNGYLDDIPVEDIRDFEKELLEYLKSNHPEILESIRTGKLSDEIEKALKEAIKEFV';
  26 is $psm->IUPAC, $IUPAC;
  27
  28 ## Lets try to compress and uncompress the log odds and the
  29 ## frequencies, see if there is no considerable loss of data.
  30 SKIP: {
  31    skip('TODO: Module incomplete',10);
  32    my $fA=$psm->get_compressed_freq('A');
  33    my @check=Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix::_uncompress_string($fA,1,1);
  34    my @A=$psm->get_array('A');
  35    my ($var,$max) = (0,0);
  36
  37    for (my $i = 0; $i<@check;$i++) {
  38      my $diff=abs(abs($check[$i])-abs($A[$i]));
  39      $var += $diff;
  40      $max=$diff if ($diff>$max);
  41    }
  42    my $avg=$var/@check;
  43    cmp_ok $avg,'<',0.01; #Loss of data under 1 percent
  44    is $psm->sequence_match_weight('CAGAAAAATAAAATGGCCACCACCC'),2015;
  45
  46    my $lA=$psm->get_compressed_logs('A');
  47    @check=Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix::_uncompress_string($lA,1000,2);
  48    @A=$psm->get_logs_array('A');
  49    ($var,$max) = (0,0);
  50    for (my $i = 0;$i<@check;$i++) {
  51      my $diff=abs(abs($check[$i])-abs($A[$i]));
  52      $var += $diff;
  53      $max=$diff if ($diff>$max);
  54    }
  55    $avg=$var/@check;
  56    cmp_ok $avg,'<',10; #Loss of data under 1 percent
  57
  58    my $matrix=$psm->matrix;
  59    ok $matrix;
  60    my $psm2=$psm;
  61    $psm2->matrix($matrix);
  62    is $psm,$psm2;
  63
  64    is $IUPAC,'CAGAAAAATWVAATYCCCACCHCCC';
  65    is $IUPAC,$psm2->IUPAC;
  66    is $IUPAC,$matrix->IUPAC;
  67
  68    my $instances=$psm->instances;
  69    ok $instances;
  70
  71    foreach my $instance (@{$instances}) {
  72      my $id=$instance->primary_id;
  73      is $instance->strand,1;
  74      last if (ok $id);
  75    }
  76 }