Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 1.6.925
  21
  22     * WrapperBase quoted option values [majensen]
  23     * Various documentation fixes and updates [bosborne]
  24
  25    [Bug Fixes]
  26
  27     * Fixes in Bio::Root::Build to deal with META.json/yml for CPAN indexing [cjfields]
  28     * NeXML parser fixes [fjossandon]
  29     * Bug fix for Bio::DB::SeqFeature memory adapter [lstein]
  30     * Issue #70: CONTIG parsing in GenBank output fixed [fjossandon]
  31     * Issue #76: Circular genome fixes with Bio::Location::Split [fjossandon]
  32     * Issue #80: Fix lack of caching issue with Bio::DB::Taxonomy [fjossandon]
  33     * Issue #81: small updates to make sure possible memory leaks are detected [cjfields]
  34     * Issue #84: EMBL format wrapping problem [nyamned]
  35
  36 1.6.924
  37
  38     [Significant changes]
  39
  40     * Bug/feature issue tracking has moved to GitHub Issues:
  41           https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
  42     * DB_File has been demoted from "required" to "recommended",
  43       which should make easier for Windows users to install BioPerl
  44       if they don't need that module.
  45
  46     [New features]
  47
  48     * Bio::Search::HSP::GenericHSP
  49         - Bug #3370, added a "posterior_string" method to retrieve the
  50           posterior probability lines (PP) from HMMER3 reports [fjossandon]
  51         - Added a "consensus_string" method to retrieve the consensus
  52           structure lines (CS|RF) from HMMER2 and HMMER3 reports when available [fjossandon]
  53     * Bio::SearchIO::hmmer2
  54         - The number of identical and conserved residues are now calculated
  55           directly from the homology line [fjossandon]
  56         - Now the Query Length and Hit Length are reported when the alignment
  57           runs until the end of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
  58         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
  59     * Bio::SearchIO::hmmer3
  60         - The number of identical and conserved residues are now calculated
  61           directly from the homology line [fjossandon]
  62         - Now the Hit Length is reported when the alignment runs until the end
  63           of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
  64         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
  65         - Implemented the capture of the posterior probability lines [fjossandon]
  66         - Completed the development of NHMMER parsing, including alignments [fjossandon]
  67     * Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder & Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder
  68         - Feature #2615, moved "_init_parse_params", "max_significance, "signif",
  69           "min_score", "min_bits, and "hit_filter" methods from
  70           'IteratedSearchResultEventBuilder' to parent 'SearchResultEventBuilder'.
  71           This means that the Bio::SearchIO->new() parameters '-signif', '-score',
  72           '-bits' and '-hit_filter' will now work with other Bio::SearchIO formats
  73           besides Blast, instead of being ignored. Added tests for all moved methods
  74           using HMMER outputs and run the full test suite and everything pass [fjossandon]
  75     * Bio::SeqIO::MultiFile
  76         - Autodetection of file format [fangly]
  77     * Bio::Tools::GuessSeqFormat:
  78         - Format detection from non-seekable filehandles such as STDIN [fangly]
  79
  80     [Bug fixes]
  81
  82     * Fix problems when using Storable as backend for cloning [v1.6.x branch, tsibley]
  83     * Fix potential problems with Storable in Bio::DB::SeqFeature::Store [tsibley]
  84     * SeqFeature::Lite: Fixed wrong strand when using "+", "-", or "." [nathanweeks]
  85     * Abstract: Fixed ActivePerl incapability of removing temporary files
  86       because of problems closing tied filehandles [fjossandon]
  87     * IndexedBase: For Windows' ActivePerl, several LocalDB tests were failing
  88       because ActivePerl were producing a ".index.pag" and ".index.dir"
  89       files instead of a single ".index" file (like Strawberry Perl).
  90       Now those temporary files are correctly considered and deleted. [fjossandon]
  91     * Test files: Added missing module requirements (DB_File and Data::Stag)
  92       to several tests files that were failing because those modules were
  93       not present. Now those test files are correctly skipped instead. [fjossandon]
  94     * Blast: Added support to changes in bl2seq from BLAST+ output, which
  95       now uses "Subject=" instead of ">" to start hit lines [yschensandiego]
  96     * Phylip: Return undef in "next_aln" at file end to avoid
  97       an infinite loop [yschensandiego]
  98     * HMMER3: When a hit description is too long, it is truncated in
  99       the Scores table. In those cases, the more complete description from
 100       the Annotation line (>>) will be used [fjossandon]
 101     * GenericHSP: Added '.' to gap symbols in "_pre_gaps" (except for ERPIN),
 102       since it is now used by HMMER3 format in alignments [fjossandon]
 103     * GenericHit: Changed "frac_aligned_query" and "frac_aligned_hit"
 104       to return undef if the query/hit length is unknown (like in some
 105       HMMER outputs), to avoid division by 0 crashes. Also "query_length"
 106       now is set to 0 if its undefined, to be consistent with hit "length" [fjossandon]
 107     * HMMER: fixed many bugs in the parsing of Hmmer2 and Hmmer3 outputs,
 108       added support to multi-query reports, reduced code redundancy,
 109       and eliminated the automatic removal of hits below "inclusion threshold" [fjossandon]
 110     * [3369] - Fixed reported bugs in parse from HMMSEARCH3 reports [fjossandon]
 111     * [3446] - Fixed wrong marker position in Bio::Map::Physical [fjossandon]
 112     * [3455] - Fixed wrong print of DBLink in Genbank file [bosborne]
 113     * Fixed some Bio::Root::Utilities subroutines [fjossandon]
 114     * Double-quotes on paths are needed in some places [fjossandon]
 115     * [3453] - Allow multiple homologies and products in Entrezgene [fjossandon]
 116     * Use "NUL" instead of"/dev/null" when running in Windows [fjossandon]
 117     * Updated all files from Bio-Root, Bio-Coordinate and Bio-SearchIO-blastxml
 118       with the latest changes made in their own repositories [fjossandon]
 119     * General synching of files with the master branch [fjossandon]
 120     * Fixed tests failing in Windows because of using Linux commands [fjossandon]
 121     * Closed many open filehandles that prevented temporary files deletion [fjossandon]
 122     * Fixed broken MeSH parser [fjossandon]
 123     * Fixed missing detection of format in SeqIO when given a -string [fangly]
 124
 125 1.6.923
 126
 127     * Major Windows support updates! [fjossandon]
 128     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
 129     * Better support for circular sequences [fjossandon]
 130     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
 131     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
 132     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
 133     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
 134
 135 1.6.922
 136
 137     * Address CPAN test failures [cjfields]
 138     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
 139     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
 140
 141 1.6.921
 142
 143     * Minor update to address CPAN test failures
 144
 145 1.6.920
 146
 147     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
 148       - this cause version clashes with an independently-released
 149         version of Bio::Biblio
 150
 151 1.6.910
 152
 153     [New features]
 154
 155     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
 156       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
 157         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
 158         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
 159         1.7.x release series [cjfields]
 160
 161     [New features]
 162
 163     * Bio::Seq::SimulatedRead
 164         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
 165     * Bio::Root::Root
 166         - Support of Clone::Fast as a faster cloning alternative [fangly]
 167     * Bio::Root::IO
 168         - Moved the format() and variant() methods from Bio::*IO modules to
 169           Bio::Root::IO [fangly]
 170         - Can now use format() to get the type of IO format in use [fangly]
 171     * Bio::Tools::IUPAC
 172         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
 173           [fangly]
 174     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
 175         - Code refresh [fangly]
 176     * Bio::DB::Taxonomy
 177         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
 178     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 179         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
 180         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
 181           number is exceeded in add_trait() [fangly]
 182         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
 183         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
 184     * Bio::DB::Taxonomy::list
 185         - Misc optimizations [fangly]
 186         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
 187     * Bio::DB::Taxonomy::*
 188         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
 189     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
 190         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
 191         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
 192         - new option to remove index file at the end [fangly]
 193     * Bio::DB::Fasta
 194         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
 195     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
 196         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
 197     * Bio::PrimaryQual
 198         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
 199     * Bio::SeqIO::fasta
 200         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
 201           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
 202         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
 203           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
 204     * Bio::FeatureIO::*
 205         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 206     * Bio::SeqFeature::Annotated
 207         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 208     * Bio::Cluster::SequenceFamily
 209         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
 210           criteria
 211     * Bio::SearchIO::hmmer3
 212         - now supports nhmmer [bosborne]
 213
 214     [Bug fixes]
 215
 216     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
 217       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 218     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
 219       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 220     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
 221       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
 222     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
 223       total gaps [Paul Cantalupo]
 224     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
 225     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
 226       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 227     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 228       cjfields]
 229     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 230       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 231     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 232       types [fangly]
 233     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 234     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 235       cjfields]
 236     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 237     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 238       breaks parsing [cjfields]
 239     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 240       be reverse-complemented [fangly]
 241     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 242     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 243       when unsure that values will be numerical [fangly]
 244     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 245     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 246     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 247     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 248       Sallou]
 249     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 250       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 251     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 252       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 253     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 254       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 255     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 256       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 257     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 258       without also passing a lineage to store [fangly]
 259     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 260       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 261       [fangly]
 262     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 263     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 264     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 265       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 266
 267
 268 1.6.901 May 18, 2011
 269
 270     [Notes]
 271
 272     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 273       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 274     * Minor bug fix release
 275     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 276     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 277     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 278     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 279     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 280       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 281       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 282
 283     [Bug fixes]
 284
 285     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 286       docs [genehack, cjfields]
 287     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 288       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 289       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 290
 291
 292 1.6.900 April 14, 201
 293
 294     [Notes]
 295
 296     * This will probably be the last release to add significant features to
 297       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 298       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 299       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 300     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 301       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 302       This code essentially is what is on the github master branch.
 303
 304     [New features]
 305
 306     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 307     * Bio::Tree refactor
 308         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 309         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 310           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 311     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 312           many others]
 313     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 314           [Warren Kretzschmar]
 315     * Bio::SeqIO::gbxml
 316         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 317     * Bio::Assembly::IO
 318         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 319         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 320         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 321         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 322         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 323           at a time [Joshua Udall, fangly]
 324     * Bio::OntologyIO
 325         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 326             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 327         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 328     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 329
 330     [Bug fixes]
 331
 332     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 333     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 334     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 335     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 336                [cjfields]
 337     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 338     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 339     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 340     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 341     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 342                hyphaltip]
 343     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 344     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 345     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 346                cjfields]
 347     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 348     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 349     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 350     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 351     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 352     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 353                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 354     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 355                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 356     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 357                jhannah]
 358     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 359     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 360                cjfields]
 361     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 362     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 363     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 364     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 365     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 366     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 367     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 368                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 369     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 370     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 371     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 372     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 373     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 374     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 375     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 376     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 377                DaveMessina]
 378     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 379     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 380     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 381     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 382     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 383     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 384     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 385     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 386                PAML 4.4d [DaveMessina]
 387     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 388                DaveMessina]
 389     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 390     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 391     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 392     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 393     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 394     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 395     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 396     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 397                cjfields]
 398     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 399     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 400     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 401     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 402     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 403     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 404     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 405     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 406     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 407     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 408     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 409     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 410     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 411     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 412                cjfields]
 413     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 414     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 415     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 416     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 417     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 418     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 419     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 420     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 421     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 422     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 423     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 424     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 425     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 426     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 427     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 428     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 429     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 430     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 431     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 432                cjfields]
 433     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 434
 435     [Deprecated]
 436
 437     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 438       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 439       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 440       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 441
 442     [Other]
 443
 444     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 445       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 446     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 447     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 448       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 449       [cjfields]
 450
 451 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 452     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 453
 454 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 455     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 456
 457 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 458     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 459     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 460       [cjfields]
 461     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 462
 463 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 464     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 465     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 466       [cjfields]
 467     * Minor doc fixes [cjfields]
 468
 469 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 470     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 471     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 472
 473 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 474     * Bio::Root::Build
 475         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 476
 477 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 478     * Bio::Align::DNAStatistics
 479         - fix divide by zero problem [jason]
 480     * Bio::AlignIO::*
 481         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 482     * Bio::AlignIO::stockholm
 483         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 484     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 485         - function to score contig spectrum [fangly]
 486     * Bio::DB::EUtilities
 487         - small updates [cjfields]
 488     * Bio::DB::Fasta
 489         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 490           [lstein]
 491     * Bio::DB::HIV
 492         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 493           database interface [maj]
 494     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 495         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 496         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 497         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 498     * Bio::DB::SwissProt
 499         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 500     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 501         - mailing list bug fix [cjfields]
 502     * Bio::LocatableSeq
 503         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 504     * Bio::Matrix::IO::phylip
 505         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 506     * Bio::Nexml
 507         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 508           file format [maj, chmille4]
 509     * Bio::PopGen
 510         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 511         - simplify LD code [jason]
 512     * Bio::RangeI
 513         - deal with empty intersection [jason]
 514     * Bio::Restriction
 515         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 516           external and non-palindromic cutters. [maj]
 517     * Bio::Root::Build
 518         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 519     * Bio::Root::IO
 520         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 521         - catch unintentional undef values [cjfields]
 522         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 523     * Bio::Root::Root/RootI
 524         - small debugging and core fixes [cjfields]
 525     * Bio::Root::Test
 526         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 527     * Bio::Root::Utilities
 528         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 529     * Bio::Search
 530         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 531           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 532           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 533           release
 534         - small fixes [cjfields]
 535     * Bio::SearchIO
 536         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 537         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 538         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 539         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 540         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 541         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 542         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 543     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 544         - delete tempdirs [cjfields]
 545         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 546     * Bio::Seq::Quality
 547         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 548         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 549     * Bio::SeqFeature::Lite
 550         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 551     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 552         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 553     * Bio::SeqIO::chadoxml
 554         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 555     * Bio::SeqIO::embl
 556         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 557     * Bio::SeqIO::fastq
 558         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 559           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 560           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 561           [cjfields]
 562     * Bio::SeqIO::genbank
 563         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 564         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 565     * Bio::SeqIO::largefasta
 566         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 567     * Bio::SeqIO::raw
 568         - add option for 'single' and 'multiple'
 569     * Bio::SeqIO::scf
 570         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 571     * Bio::SeqUtils
 572         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 573           Jackson]
 574     * Bio::SimpleAlign
 575         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 576         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 577         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 578           [Tristan Lefebure, maj]
 579         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 580         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 581     * Bio::Tools::dpAlign
 582         - add support for LocatableSeq [ymc]
 583         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 584     * Bio::Tools::EUtilities
 585         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 586         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 587           [cjfields]
 588     * Bio::Tools::HMM
 589         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 590         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 591     * Bio::Tools::Primer3
 592         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 593     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 594         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 595     * Bio::Tools::SeqPattern
 596         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 597     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 598         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 599     * Bio::Tree::*
 600         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 601     * Bio::Tree::Statistics
 602         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 603           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 604     * Bio::Tree::Tree
 605         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 606           prematurely garbage-collected [cjfields]
 607         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 608           [maj]
 609     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 610         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 611           Lefebure, maj]
 612     * Bio::TreeIO::newick
 613         - fix small semicolon issue [cjfields]
 614     * scripts
 615         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 616         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 617         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 618         - gccalc - total stats [jason]
 619     * General Stuff
 620         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 621         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 622         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 623           in favor of num_* [cjfields]
 624         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 625         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 626
 627 1.6.0 Winter 2009
 628     * Feature/Annotation rollback
 629         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 630           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 631           overloading and interface methods.
 632         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 633           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 634           speedup.
 635     * Bio::Graphics
 636         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 637           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 638         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 639           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 640     * Bio::Root::Test
 641         - Common test bed for all BioPerl modules
 642     * Bio::Root::Build
 643         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 644     * Bio::DB::EUtilities
 645         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 646           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 647           and user agent request posting and retrieval
 648     * Test implementation and reorganization
 649         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 650           cases.
 651         - Automated test coverage is now online:
 652           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 653         - After this release, untested modules will be moved into a
 654           separate developer distribution until tests can be derived.
 655           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 656           and adequate test coverage.
 657
 658 1.5.2 Developer release
 659
 660     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 661     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 662     The following represents a brief overview of the most important changes.
 663
 664     o Bio::Map
 665       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 666         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 667         backward compatible.
 668
 669     o Bio::Taxonomy
 670       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 671         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 672
 673     o Bio::DB::Taxonomy
 674
 675       - Taxonomy.pm
 676         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 677
 678         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 679
 680         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 681           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 682
 683       - flatfile.pm
 684         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 685
 686         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 687           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 688
 689       - entrez.pm
 690         * get_node() has new option -full
 691
 692         * Caches data retrieved from website
 693
 694     o Bio::Species
 695       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 696         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 697         backward compatability in species() method.
 698
 699     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 700       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 701         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 702         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 703         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 704
 705
 706 1.5.1 Developer release
 707
 708     o Major problem with how Annotations were written out with
 709       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 710       Bio::Annotation objects.
 711
 712     o Bio::SeqIO
 713
 714      - genbank.pm
 715        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 716          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 717          indicate line wrapping.
 718
 719        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 720          both common_name() and classification()
 721
 722        * parse swissprot fields in genpept file
 723
 724        * parse WGS genbank records
 725
 726      - embl.pm
 727         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 728           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 729           colon expression following the captured \S+. This means the
 730           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 731           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 732           repbase
 733
 734         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 735           it. Like: "genomic DNA"
 736
 737      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 738
 739      - entrezgene.pm
 740         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 741           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 742
 743     o Bio::AlignIO
 744
 745      -  maf.pm coordinate problem fixed
 746
 747     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 748
 749      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 750        can be done via Web without downloading all the sequence.
 751
 752     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 753       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 754       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 755       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 756       fully expects to change things in the future.
 757
 758     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 759
 760       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 761
 762       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 763         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 764         to bootstraps.
 765          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 766             $node->bootstrap($node->id);
 767             $node->id('');
 768          }
 769       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 770         LF.
 771
 772       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 773
 774       - Node height and depth now properly calculated
 775
 776       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 777
 778     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 779       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 780       these.
 781
 782     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 783       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 784
 785     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 786       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 787       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 788
 789     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 790
 791     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 792       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 793       branch specific parametes are now supported.
 794
 795     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 796       (joins of joins)
 797
 798     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 799       for getter/setter functions
 800
 801     o Bio::SearchIO
 802
 803       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 804         and possible e+ values
 805
 806       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 807         a full database pathname,
 808
 809       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 810         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 811
 812       - psl off-by-one error fixed
 813
 814       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 815         and HSPs can be constructed from them.
 816
 817       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 818         always available via $hit->description and
 819         $result->query_description
 820
 821       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 822
 823       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 824
 825     o Bio::Tools::Hmmpfam
 826       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 827       allow parse of multiple records
 828
 829
 830 1.5 Developer release
 831
 832     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
 833       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
 834       respectively.
 835
 836     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
 837       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
 838       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
 839       particularly large multiple sequence alignments.
 840
 841     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
 842       be treated similarly as an assembled contig.
 843
 844     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
 845       methods for identifying particular codons that encode a given
 846       amino acid.
 847
 848     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
 849       a Bio::Coordinate pair directly from a
 850       Bio::Align::AlignI-conforming object.
 851
 852     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
 853       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
 854       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
 855       results as XML.
 856
 857     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
 858
 859     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
 860       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
 861       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
 862       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
 863       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
 864       Sequence Ontology.
 865
 866     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
 867       analysis of protein interaction graphs.
 868
 869     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
 870
 871     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
 872       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
 873
 874     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
 875       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
 876       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
 877       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
 878       import.
 879
 880     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
 881       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
 882
 883     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
 884       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
 885       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
 886       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
 887       ontology files are hard-coded into
 888       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
 889
 890     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
 891       population genetics analyses.
 892
 893     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
 894       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
 895       overlapping ranges are merged into a single range with the
 896       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
 897
 898     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
 899       The new -url argument allows one to specify the network address
 900       of a file for input.  -url currently only works for GET
 901       requests, and thus is read-only.
 902
 903     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
 904       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
 905       separate alignments would be merged into one hit if the domain
 906       involved in the alignments was the same, but this only worked
 907       when the repeated domain occured without interruption by any
 908       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
 909       objects.
 910
 911     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
 912       implement the "get_statistics" method to access
 913       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
 914       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
 915       lambda for BLAST/FASTA).
 916
 917     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
 918       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
 919
 920     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
 921       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
 922       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
 923       dealing with untyped annotation tags.  All
 924       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
 925       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
 926
 927     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
 928       melting point predictions.
 929
 930     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
 931       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
 932
 933     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
 934       Bio::Species interoperability.
 935
 936     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
 937       make_iupac_string() methods.
 938
 939     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
 940
 941     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
 942
 943     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
 944       parsers.
 945
 946     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
 947       for designing small inhibitory RNA.
 948
 949     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
 950       methods based on a distance matrix.
 951
 952     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
 953       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
 954       based on provided bootstrap tree topologies.
 955
 956     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
 957
 958 1.4 branch
 959
 960 1.4.1
 961
 962   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
 963
 964   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
 965
 966   o Bio::SearchIO
 967    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
 968      (RF lines alone)
 969    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
 970    - small speed improvements to blasttable.pm and others
 971
 972   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
 973     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
 974     supporting more complex queries
 975
 976
 977 1.4. Stable major release
 978
 979 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
 980
 981    o installable scripts
 982
 983    o global module version from Bio::Root:Version
 984
 985    o Bio::Graphics
 986       - major improvements; SVG support
 987
 988    o Bio::Popgen
 989      - population genetics
 990      - support several population genetics types of questions.
 991      - Tests for statistical neutrality of mutations
 992        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
 993        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
 994        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
 995        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
 996        well.
 997      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
 998        and csv (comma delimited formatted) data.
 999
1000      - a directory for implementing population simulations has
1001        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
1002        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
1003        simulation have been provided.  This replaces the code in
1004        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
1005        methods for generating random phylogenetic trees are
1006        implemented.
1007
1008    o Bio::Restriction
1009       - new restrion analysis modules
1010
1011    o Bio::Tools::Analysis
1012       - web based DNA and Protein analysis framework and several
1013         implementations
1014
1015    o Bio::Seq::Meta
1016      - per residue annotable sequences
1017
1018    o Bio::Matrix
1019       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
1020       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
1021         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
1022         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
1023         Distance matricies respectively.  A generic matrix
1024         implementation for general use was added in
1025         Bio::Matrix::Generic.
1026
1027    o Bio::Ontology
1028      - major changes
1029
1030    o Bio:Tree
1031
1032    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
1033      - small inhibitory RNA
1034
1035    o Bio::SeqFeature::Tools
1036      - seqFeature mapping tools
1037      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
1038        -- deal with mapping GenBank feature collections into
1039           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
1040
1041    o Bio::Tools::dpAlign
1042      - pure perl dynamic programming sequence alignment
1043      - needs Bioperl-ext
1044
1045    o new Bio::SearchIO formats
1046      - axt and psl:  UCSC formats.
1047      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
1048
1049    o new Bio::SeqIO formats
1050      - chado, tab, kegg, tigr, game
1051      - important fixes for old modules
1052
1053    o Bio::AlignIO: maf
1054
1055    o improved Bio::Tools::Genewise
1056
1057    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
1058      stream
1059
1060    o new parsers in Bio::Tools:
1061       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
1062
1063    o Bio::DB::Registry bugs fixed
1064      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
1065      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
1066        used by the OBDA system
1067
1068    o several new HOWTOs
1069      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
1070        Databases
1071
1072    o hundreds of new and improved files
1073
1074
1075    o
1076    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
1077      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
1078
1079
1080 1.2 Branch
1081
1082 1.2.3 Stable release update
1083     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
1084                   handling.
1085     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
1086     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
1087       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
1088     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
1089       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
1090       keywords returns a string and the array is accessible via
1091       get_keywords).
1092     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
1093       Added a new initialization option -nodelete which
1094       won't try and cleanup the containing nodes if this
1095       is true.
1096      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
1097        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
1098        - Also merged main trunk changes to the branch which make
1099          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
1100          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
1101          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
1102          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
1103          tests for this module as well.
1104     o Bio::SearchIO
1105       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
1106         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
1107         the extra unexpeted column).
1108       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
1109         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
1110         although doesn't try to correct it - will get the negative
1111         number for you.  Added a test for this as well.
1112       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1113         has no top-level family classification scores but does have scores and
1114         alignments for individual domains.
1115       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1116         regular expression to match the line was missing the possibility of
1117         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1118         catch it before.
1119       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1120         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1121       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1122         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1123         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1124      o Bio::DB::GFF
1125       - Update for GFF3 compatibility.
1126       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1127       - Added a 1.2003 version number.
1128      o Bio::Graphics
1129       - Updated tutorial.
1130       - Added a 1.2003 version number.
1131      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1132        properly writing keywords out.
1133      o Bio::SeqIO::genbank
1134       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1135         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1136         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1137         string so it is properly formatted.
1138       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1139         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1140         parse in the ORIGIN text.
1141      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1142        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1143        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1144        documentation for more information.
1145      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1146
1147 1.2.2 Stable release update
1148
1149     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1150       - auto-discover ontology name
1151       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1152       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1153       - various smaller issues
1154
1155     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1156       of Bio::Ontology::TermI
1157
1158     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1159
1160     o Bio::DB::GenBank
1161       - eutils URL change
1162       - accession number retrieval fixed
1163
1164     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1165
1166     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1167       #1459 which now properly report alignment start/end info
1168       for translated BLAST/FASTA searches.
1169
1170     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1171
1172     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1173       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1174       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1175       support for bl2seq in the SearchIO system.
1176
1177     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1178       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1179       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1180       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1181
1182     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1183
1184     o Bio::SeqIO::genbank
1185       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1186       - write moltype correctly for genpept
1187
1188 1.2.1 Stable release update
1189
1190     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1191
1192     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1193       BioSQL releases against 1.2.1
1194
1195     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1196
1197     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1198       the primary accession number
1199
1200     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1201
1202     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1203
1204 1.2  Stable major release
1205
1206     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1207
1208     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1209       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1210
1211     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1212       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1213       Hmmpfam parser.
1214
1215     o New ontology parsing Bio::Ontology
1216
1217     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1218       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1219
1220     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1221
1222     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1223
1224     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1225       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1226
1227     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1228       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1229       features into different coordinate systems.
1230
1231     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1232       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1233       NCBI eutils interface.
1234
1235     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1236       object for extracting subsets of features : currently only
1237       supports extraction by location.
1238
1239 1.1.1 Developer release
1240
1241     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1242
1243     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1244       a domain of Bioperl.
1245
1246     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1247       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1248
1249     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1250       have been addressed.
1251
1252     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1253
1254     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1255
1256     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1257       A global _load_module method was implemented to simplify the
1258       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1259       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1260       etc).
1261
1262     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1263       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1264
1265     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1266       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1267       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1268       before 1.2 release.
1269
1270     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1271
1272 1.1 Developer release
1273
1274     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1275       this separation removes some of the complexity in our test suite
1276       and separates the core modules in bioperl from those that need
1277       external programs to run.
1278
1279     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1280       not run into trouble running the makefile
1281
1282     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1283       read,create,and write locations for grouped/split locations
1284       (like mRNA features on genomic sequence).
1285
1286     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1287       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1288
1289     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1290       paraphyly, least common ancestor, etc.
1291
1292     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1293
1294     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1295       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1296
1297     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1298       a pseudo-blast textfile format
1299
1300
1301 1.0.2 Bug fix release
1302
1303     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1304       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1305       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1306       on our main development branch and the functionality will be
1307       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1308       Fall 2002.
1309
1310     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1311       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1312       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1313       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1314
1315     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1316       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1317       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1318       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1319       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1320       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1321       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1322       implementation in BlastHSP).
1323
1324     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1325       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1326
1327     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1328
1329     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1330       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1331       unbalanced trees.
1332
1333     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1334       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1335       -seqid becamse -seq_id.
1336
1337     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1338       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1339       the alignment when the best alignment starts internally in the
1340       sequence.
1341
1342 1.0.1 Bug fix release
1343
1344     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1345
1346     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1347       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1348
1349     o Small API change to add methods for completeness across
1350       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1351       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1352       as the BlastXX objects.
1353         * Bio::Search::Result::ResultI
1354          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1355            iterator method)
1356
1357         * Bio::Search::Hit::HitI
1358          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1359            iterator method)
1360
1361     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1362        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1363        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1364        has to be done here to make it work properly and will nee major
1365        API changes.
1366
1367     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1368        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1369        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1370
1371     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1372       tests added.
1373
1374     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1375
1376     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1377
1378     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1379       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1380       the newline.
1381
1382 1.0.0 Major Stable Release
1383
1384   This represents a major release of bioperl with significant
1385   improvements over the 0.7.x series of releases.
1386
1387     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1388       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1389
1390     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1391       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1392
1393     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1394       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1395       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1396       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1397       documentation in Bio::Biblio for more information.
1398
1399     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1400       Open Bioinformatics Database Access.  See
1401       http://obda.open-bio.org for more information.
1402
1403     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1404       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1405       local database.
1406
1407     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1408       been added by Lincoln Stein.
1409
1410     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1411
1412     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1413       a starting point for frequent questions and issues.
1414
1415 0.9.3 Developer's release
1416
1417     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1418       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1419       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1420       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1421
1422     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1423       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1424       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1425       modules.
1426
1427     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1428       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1429
1430     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1431       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1432       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1433       Bio::DB::GFF databases.
1434
1435 0.9.2 Developer's release
1436
1437     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1438       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1439       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1440
1441     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1442       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1443       statistics module for evaluating.
1444
1445     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1446       server for DAS servers.
1447
1448     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1449       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1450       for the data stream.
1451
1452     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1453       functionality.
1454
1455     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1456
1457     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1458       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1459
1460     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1461       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1462
1463     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1464       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1465       remote servers.
1466
1467     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1468       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1469       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1470       previous system.
1471
1472     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1473
1474     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1475       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1476
1477     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1478       strictly enforced.
1479
1480     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1481       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1482
1483     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1484       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1485
1486 0.9.0 Developer's release
1487
1488     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1489
1490     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1491       blast jobs at NCBI.
1492
1493     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1494
1495     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1496       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1497       Promotor, PolyA and Transcript.
1498
1499     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1500
1501     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1502       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1503
1504     o Various fixes to Variation toolkit
1505
1506     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1507       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1508       and dbs in a single interface.
1509
1510     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1511
1512     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1513       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1514
1515     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1516
1517 0.7.2 Bug fix release
1518
1519     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1520       to be runnable in many (but not all modules)
1521
1522     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1523
1524     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1525       split locations
1526
1527     o Bio::SeqIO::genbank
1528         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1529         * moltype and molecule separation
1530
1531     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1532
1533     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1534       sequence calculation
1535
1536     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1537
1538     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1539       major changes are not on the 0.7 branch.
1540
1541     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1542       with File::Spec
1543
1544     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1545         in several types of mutations:
1546         1.) AA level: deletion, complex
1547         2.) AA level: complex, inframe
1548         3.) RNA level: silent
1549
1550     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1551        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1552        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1553        way to test if report was empty is to see if
1554        $report->query->seqname is undefined.
1555
1556 0.7.1 Bug fix release
1557
1558     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1559       related to Feature table parsing and locations on remote
1560       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1561
1562     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1563       which include a number of header lines.
1564
1565     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1566       spaces where appropriate).
1567
1568     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1569       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1570
1571     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1572       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1573       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1574
1575     o A moderate number of documentation improvements were made as
1576       well to provide a better code synopsis in each module.
1577
1578
1579 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1580      Object system, new parsers, new functionality and
1581      all round better system. Highlights are:
1582
1583
1584      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1585        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1586
1587      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1588        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1589        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1590
1591      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1592        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1593        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1594        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1595        feature tables for complex locations.
1596
1597      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1598        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1599        a temporary file as a backend.
1600
1601      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1602        CDS retrieval and exon shuffling.
1603
1604      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1605
1606      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1607        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1608
1609      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1610        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1611
1612      o New Alignment IO framework
1613
1614      o New Index modules (Swissprot)
1615
1616      o New modules for running Blast within perl
1617        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1618        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1619        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1620
1621      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1622        documentation across the package.
1623
1624      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1625        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1626        setup (see PLATFORMS).
1627
1628      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1629        maintainability benefit a lot.
1630
1631      o A total of 957 automatic tests
1632
1633
1634 0.6.2
1635
1636    There are very few functionality changes but a large
1637    number of software improvements/bug fixes across the package.
1638
1639    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1640
1641    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1642      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1643      wait for 0.7 release
1644
1645    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1646
1647    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1648      fixed.
1649
1650    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1651
1652    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1653      set have been removed
1654
1655    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1656      have improved compliance with interface specs and documentation
1657
1658    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1659
1660    o Most minor bug fixes have happened.
1661
1662    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1663      rather than the deprecated syntax
1664
1665
1666 0.6.1  Sun April 2 2000
1667
1668    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1669         - The sequence features can be read from or written to
1670           EMBL and GenBank style flat files
1671
1672    o Objects for Annotation, including References (but not
1673      full medline abstracts), Database links and Comments are
1674      provided
1675
1676    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1677      is provided
1678
1679    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1680
1681    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1682      support and better overall behaviour.
1683
1684    o Flat file indexed databases provide both random access
1685      and sequential access to their component sequences.
1686
1687    o A CodonTable object has been written with all known
1688      CodonTables accessible.
1689
1690    o A number of new lightweight analysis tools have been
1691      added, such as molecular weight determination.
1692
1693     The 0.6 release also has improved software engineering
1694
1695    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1696      maintainable and easier to implement objects. These
1697      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1698
1699    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1700      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1701      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1702
1703      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1704      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1705      bioperl.
1706
1707    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1708      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1709      over arguments.
1710
1711    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1712      tests are now run before release).
1713
1714
1715
1716 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1717         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1718           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1719           and SimpleAlign.
1720         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1721           including better exception handling and PSI-Blast
1722           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1723         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1724           Follow the instructions in README for how to install
1725           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1726         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1727           objects are returned and where strings are returned.
1728         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1729           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1730         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1731
1732 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1733         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1734           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1735           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1736         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1737           sequence reformatting code out of the sequence object
1738         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1739           generic index capabilities and specifically works for
1740           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1741           databases
1742         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1743           databases, both via flat file + index (see above) and
1744           via http to NCBI
1745         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1746           are put has been started.
1747         - Many changes - a better distribution all round.
1748
1749 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1750         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1751           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1752         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1753         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1754         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1755         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1756           get_newline() since it could return more than one char.
1757         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1758         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1759         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1760         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1761         - Beefed up SimpleAlign.t test
1762
1763 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1764         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1765           script is run as a CGI and suppress output that is only
1766           appropriate when running interactively.
1767         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1768         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1769           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1770         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1771           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1772         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1773           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1774         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1775           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1776           -debug argument.
1777         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1778           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1779           creation and autodetect newline characters in files/streams
1780           (see bug report #19).
1781         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1782           Utilities::create_filehandle().
1783         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1784           of hardwiring in "\n".
1785         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1786
1787 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1788         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1789           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1790         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1791           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1792         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1793           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1794           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1795         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1796           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1797           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1798
1799 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1800         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1801           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1802         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1803           with make clean.
1804
1805 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1806         - Lots of new modules added including:
1807            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1808              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1809              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1810            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1811            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1812         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1813         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1814         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1815           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1816           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1817
1818 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1819         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18