Makefile.PL

   1
   2 # $Id$
   3
   4 ## --Makefile.PL for Bioperl core module distribution--##
   5 ## ----------------------------------------------------##
   6
   7
   8 #
   9 # Basically this is a standard Makefile with a hash of
  10 # needed packages which are tested at the start
  11 #
  12 # If you want help with this Makefile get in touch with
  13 # the bioperl core by sending a message to bioperl-bugs@bio.perl.org
  14 # for real bugs or vsns-bcd-perl-guts@lists.uni-bielefeld.de
  15 # to send a mail to all the bioperl core developpers.
  16 #
  17
  18
  19 %packages = (
  20              'HTTP::Request::Common' => '0.0/Part of the LWP package/remote http Blast jobs/Bio::Tools::Blast',
  21              'LWP::UserAgent'        => '0.0/Part of the LWP package/remote http Blast jobs/Bio::Tools::Blast',
  22              'Ace'                   => '0.0/Aceperl/access of ACeDB database/Bio::DB::Ace',
  23              'Bio::Ext::Align'       => '0.0/Bioperl compile extensions/Bioperl alignment generation/Bio::Tools::pSW'
  24              );
  25
  26 sub check_package {
  27     my ($name,$str) = @_;
  28     my($ver,$desc,$expl,@modules);
  29
  30     ($ver,$desc,$expl,$module) = split( /\// , $str);
  31     if( !eval "require $name") {
  32         print "External Module $name, $desc,\n is not installed on this computer.\n  The $module in Bioperl needs it for $expl\n\n";
  33         return 1;
  34     }
  35
  36     return 0;
  37 }
  38
  39 #
  40 # Generate sub testing package system
  41 #
  42 #
  43
  44 # make mini test targets for playing around with
  45 # in testing...
  46
  47 opendir(DIR,"t") || warn "No test directory. Weird!";
  48 @files = readdir(DIR);
  49 shift @files;
  50 shift @files;
  51 foreach my $file (@files) {
  52     $file =~ /(\w+)\.t/ || next;
  53     $file = $1;
  54     $line = "test_$file :: pure_all\n\tPERL_DL_NONLAZY=1 \$(FULLPERL) -I\$(INST_ARCHLIB) -I\$(INST_LIB) -I\$(PERL_ARCHLIB) -I\$(PERL_LIB) -e \'use Test::Harness qw(&runtests \$\$verbose); \$\$verbose=\$(TEST_VERBOSE); runtests \@ARGV;\' t/$file.t\n";
  55     push(@tline,$line);
  56     push(@targets,$file);
  57     $tset  .= "$file \\\n";
  58 }
  59
  60 $tline = join('',@tline);
  61 $tline = "show_tests :\n\t\@echo \'type make test_<subtest> to run\'\n\t\@echo '$tset'\n$tline\n";
  62
  63 print STDERR "Generated sub tests. go make show_tests to see available subtests\n";
  64
  65 sub MY::postamble {
  66              $tline;
  67            }
  68
  69
  70
  71 #
  72 # Talk to Ewan (<birney@sanger.ac.uk>) for more info.
  73 #
  74
  75 # Let the code begin...
  76
  77 require 5.004;
  78 use ExtUtils::MakeMaker;
  79
  80 $do_autoload_finesse = 0;
  81 $NAME     = 'Bio';
  82 $DISTNAME = "bioperl";
  83 $VERSION  = "0.06.0";
  84
  85 if( $do_autoload_finesse == 1 ) {
  86     fatal("Autoload finessing does not work at the moment!");
  87 }
  88
  89 # don't catch signals - it is very boring!
  90
  91 #BEGIN {
  92 ##Catch signals and invoke a cleanup function
  93 #$SIG{__WARN__} = $SIG{INT} = $SIG{QUIT} =\&cleanup;
  94 #}
  95
  96 @BACKUP_FILES = qw(./Seq.pm.bak);
  97
  98 #
  99 # This does an inplace edit on Seq.pm
 100 #
 101
 102 if( $do_autoload_finesse ) {
 103
 104     print "Bioperl module installation\nPreparing modules for AUTOLOADing...";
 105     `perl -p -i.bak -e 's/#__END__/__END__/' Seq.pm`;
 106     print "done.\n\n";
 107 }
 108
 109 $error = 0;
 110 foreach $name ( keys %packages ) {
 111     if( &check_package($name,$packages{$name}) == 1 ) {
 112         $error = 1;
 113     }
 114 }
 115
 116 if( $error == 1 ) {
 117     print <<QQ_ERROR_QQ;
 118
 119 Warning:
 120
 121    There are some external packages, listed above, which bioperl
 122    uses. This only effects the functionality which is listed above:
 123    the rest of bioperl will work fine.
 124
 125    The installation of these external packages is very simple. You
 126    can read more about the external packages at
 127
 128    http://bio.perl.org/Download/Core/External.html
 129
 130    The ftp site
 131
 132    ftp://bio.perl.org/pub/External/Core/
 133
 134    has all the external packages for easy retrieval, or you can use CPAN
 135
 136    Enjoy the rest of bioperl, which you can use after going 'make install'
 137
 138 QQ_ERROR_QQ
 139 }
 140
 141 WriteMakefile(
 142     NAME        => $NAME,
 143     DISTNAME    => $DISTNAME,
 144     VERSION     => $VERSION,
 145     'dist'      => {  COMPRESS     => 'gzip -9f',
 146                       SUFFIX       => '.gz',
 147                       DIST_DEFAULT => 'all tardist',
 148                    },
 149
 150    'realclean'  => {  FILES        => join(' ',@BACKUP_FILES) }
 151 );
 152
 153
 154 sub cleanup {
 155 my $sig = @_;
 156 print "\n** [$0] Caught a SIG$sig -- cleaning up and shutting down.\n";
 157
 158 ## Try to keep module pristine & recover from any inplace edits
 159 if(-e "./Seq.pm.bak")    { `cp ./Seq.pm.bak ./Seq.pm.dist`; `mv ./Seq.pm.bak ./Seq.pm`;  }
 160 exit(0);
 161 }
 162
 163
 164