branch-1-6/t/data/in.fasta

   1 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
   2  version 35.03 Feb. 18, 2008
   3 Please cite:
   4  W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
   5
   6 Query: fake.fa
   7   1>>>TM1000020|total:2746_L:1626_-3:439_0:279_+3:402 32 nt - 32 nt
   8 Library: /home/va473/databases/contaminants/contaminants.fasta 1055411 residues in  2012 sequences
   9
  10 1055411 residues in  2016 sequences
  11 Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 0.9735+/-0.00348; mu= 31.8193+/- 0.161
  12  mean_var=45.4281+/-12.600, 0's: 0 Z-trim: 6  B-trim: 532 in 2/40
  13  Lambda= 0.190288
  14 Algorithm: FASTA (3.5 Sept 2006) [optimized]
  15 Parameters: +5/-4 matrix (5:-4) ktup: 2
  16  join: 65, opt: 50, open/ext: -100/-4, width:  16
  17  Scan time:  0.230
  18
  19 The best scores are:                                      opt bits E(2016)
  20 DQ345959.1 | Symbols:  | chloroplast | Gossypi (160301) [r]  142 50.2 2.7e-08
  21
  22 >>DQ345959.1 | Symbols:  | chloroplast | Gossypium hirsu  (160301 nt)
  23 rev-comp initn: 141 init1: 141 opt: 142  Z-score: 196.2  bits: 50.2 E(): 2.7e-08
  24 banded Smith-Waterman score: 142; 93.8% identity (93.8% similar) in 32 nt overlap (32-1:31483-31514)
  25
  26                                       30        20        10
  27 TM100-                               GCCGGTGCTCTGACCAATTGAACTAGAATC
  28                                      : ::::::::::::::::::::::: ::::
  29 DQ3459 GGCTCGAACCCGCAGCTTCCGCCTTGACAGGGCGGTGCTCTGACCAATTGAACTACAATC
  30           31460     31470     31480     31490     31500     31510
  31
  32
  33 TM100- CC
  34        ::
  35 DQ3459 CCAGGGAAATAAAGAAAAGTGTACAACAGAGATAGTCTTATGATTTCATTCATTTTCTAT
  36           31520     31530     31540     31550     31560     31570
  37
  38
  39
  40 32 residues in 1 query   sequences
  41 1055411 residues in 2012 library sequences
  42  Tcomplib [35.03] (4 proc)
  43  start: Sun Jul  6 00:14:21 2008 done: Sun Jul  6 00:14:21 2008
  44  Total Scan time:  0.230 Total Display time:  0.010
  45
  46 Function used was FASTA [version 35.03 Feb. 18, 2008]
  47