branch-1-6/t/data/cysprot.msf

   1 PileUp
   2
   3
   4
   5    MSF:  393  Type: P    Check:  3400   ..
   6
   7  Name: CATH_HUMAN oo  Len:  393  Check:  4989  Weight:  10.0
   8  Name: CATH_RAT oo  Len:  393  Check:  6434  Weight:  10.6
   9  Name: ALEU_HORVU oo  Len:  393  Check:  5288  Weight:  16.7
  10  Name: PAPA_CARPA oo  Len:  393  Check:  3242  Weight:  18.9
  11  Name: CATL_HUMAN oo  Len:  393  Check:  4708  Weight:  12.2
  12  Name: CATL_RAT oo  Len:  393  Check:  6797  Weight:  12.2
  13  Name: CYS1_DICDI oo  Len:  393  Check:  1942  Weight:  18.9
  14
  15 //
  16
  17
  18
  19 CATH_HUMAN      ....MWATLP LLCAGAWLLG VPVCGAAELS VN........ ..........
  20 CATH_RAT        ....MWTALP LLCAGAWLLS AGAT..AELT VN........ ..........
  21 ALEU_HORVU      ....MAHARV LLLALAVLAT AAVAVASSSS FADSNPIRPV TDRAASTLES
  22 PAPA_CARPA      MAMIPSISKL LFVAICLFVY MGLSFGDFSI VG........ .........Y
  23 CATL_HUMAN      ......MNPT LILAAFCLGI ASATLTFDHS LE........ ..........
  24 CATL_RAT        ......MTPL LLLAVLCLGT ALATPKFDQT FN........ ..........
  25 CYS1_DICDI      ......MKVI LLFVLAVFTV FVSSRGIPPE EQ........ ..........
  26
  27
  28 CATH_HUMAN      ........SL EKFHFKSWMS KHRKTYS.TE EYHHRLQTFA SNWRKINAHN
  29 CATH_RAT        ........AI EKFHFTSWMK QHQKTYS.SR EYSHRLQVFA NNWRKIQAHN
  30 ALEU_HORVU      AVLGALGRTR HALRFARFAV RYGKSYESAA EVRRRFRIFS ESLEEVRSTN
  31 PAPA_CARPA      SQNDLTSTER LIQLFESWML KHNKIYKNID EKIYRFEIFK DNLKYIDETN
  32 CATL_HUMAN      .......... ..AQWTKWKA MHNRLYG.MN EEGWRRAVWE KNMKMIELHN
  33 CATL_RAT        .......... ..AQWHQWKS THRRLYG.TN EEEWRRAVWE KNMRMIQLHN
  34 CYS1_DICDI      .......... ..SQFLEFQD KFNKKYS.HE EYLERFEIFK SNLGKIEELN
  35
  36
  37 CATH_HUMAN      ....NGNHTF KMALNQFSDM SFAEIKHKYL WSEPQNCSAT KS..NYLRGT
  38 CATH_RAT        ....QRNHTF KMGLNQFSDM SFAEIKHKYL WSEPQNCSAT KS..NYLRGT
  39 ALEU_HORVU      ....RKGLPY RLGINRFSDM SWEEFQATRL G.AAQTCSAT LAGNHLMRDA
  40 PAPA_CARPA      ....KKNNSY WLGLNVFADM SNDEFKEKYT GSIAGNYTTT ELSYEEVLND
  41 CATL_HUMAN      QEYREGKHSF TMAMNAFGDM TSEEFRQVMN GFQ....NRK PRKGKVFQEP
  42 CATL_RAT        GEYSNGKHGF TMEMNAFGDM TNEEFRQIVN GYR....HQK HKKGRLFQEP
  43 CYS1_DICDI      LIAINHKADT KFGVNKFADL SSDEFKNYYL NNKEAIFTDD LPVADYLDDE
  44
  45
  46 CATH_HUMAN      G..PYPPSVD WRKKGNFVSP VKNQGACGSC WTFSTTGALE SAIAIATGKM
  47 CATH_RAT        G..PYPSSMD WRKKGNVVSP VKNQGACGSC WTFSTTGALE SAVAIASGKM
  48 ALEU_HORVU      A..ALPETKD WREDG.IVSP VKNQAHCGSC WTFSTTGALE AAYTQATGKN
  49 PAPA_CARPA      GDVNIPEYVD WRQKG.AVTP VKNQGSCGSC WAFSAVVTIE GIIKIRTGNL
  50 CATL_HUMAN      LFYEAPRSVD WREKG.YVTP VKNQGQCGSC WAFSATGALE GQMFRKTGRL
  51 CATL_RAT        LMLQIPKTVD WREKG.CVTP VKNQGQCGSC WAFSASGCLE GQMFLKTGKL
  52 CYS1_DICDI      FINSIPTAFD WRTRG.AVTP VKNQGQCGSC WSFSTTGNVE GQHFISQNKL
  53
  54
  55 CATH_HUMAN      LSLAEQQLVD CAQDF..... ...NNYGCQG GLPSQAFEYI LYNKGIMGED
  56 CATH_RAT        MTLAEQQLVD CAQNF..... ...NNHGCQG GLPSQAFEYI LYNKGIMGED
  57 ALEU_HORVU      ISLSEQQLVD CAGGF..... ...NNFGCNG GLPSQAFEYI KYNGGIDTEE
  58 PAPA_CARPA      NEYSEQELLD CDR....... ...RSYGCNG GYPWSALQLV AQYG.IHYRN
  59 CATL_HUMAN      ISLSEQNLVD CSGP....QG ....NEGCNG GLMDYAFQYV QDNGGLDSEE
  60 CATL_RAT        ISLSEQNLVD CSHD....QG ....NQGCNG GLMDFAFQYI KENGGLDSEE
  61 CYS1_DICDI      VSLSEQNLVD CDHECMEYEG EEACDEGCNG GLQPNAYNYI IKNGGIQTES
  62
  63
  64 CATH_HUMAN      TYPYQGKDGY .CKFQPGKAI GFVKDVANIT IYDEEAMVEA VALYNPVSFA
  65 CATH_RAT        SYPYIGKNGQ .CKFNPEKAV AFVKNVVNIT LNDEAAMVEA VALYNPVSFA
  66 ALEU_HORVU      SYPYKGVNGV .CHYKAENAA VQVLDSVNIT LNAEDELKNA VGLVRPVSVA
  67 PAPA_CARPA      TYPYEGVQRY .CRSREKGPY AAKTDGVRQV QPYNEGALLY SIANQPVSVV
  68 CATL_HUMAN      SYPYEATEES .CKYNPKYSV ANDTGFVDIP K.QEKALMKA VATVGPISVA
  69 CATL_RAT        SYPYEAKDGS .CKYRAEYAV ANDTGFVDIP Q.QEKALMKA VATVGPISVA
  70 CYS1_DICDI      SYPYTAETGT QCNFNSANIG AKISNFTMIP K.NETVMAGY IVSTGPLAIA
  71
  72
  73 CATH_HUMAN      FEVT.QDFMM YRTGIYSSTS CHKTPDKVNH AVLAVGYGEK NG.....IPY
  74 CATH_RAT        FEVT.EDFMM YKSGVYSSNS CHKTPDKVNH AVLAVGYGEQ NG.....LLY
  75 ALEU_HORVU      FQVI.DGFRQ YKSGVYTSDH CGTTPDDVNH AVLAVGYGVE NG.....VPY
  76 PAPA_CARPA      LEAAGKDFQL YRGGIFVG.. ..PCGNKVDH AVAAVGYGPN .........Y
  77 CATL_HUMAN      IDAGHESFLF YKEGIYFEPD ..CSSEDMDH GVLVVGYGFE STESDNNK.Y
  78 CATL_RAT        MDASHPSLQF YSSGIYYEPN ..CSSKDLDH GVLVVGYGYE GTDSNKDK.Y
  79 CYS1_DICDI      ADA..VEWQF YIGGVFDIP. ..CNPNSLDH GILIVGYSAK NTIFRKNMPY
  80
  81
  82 CATH_HUMAN      WIVKNSWGPQ WGMNGYFLIE RGK....NMC GLAACASYPI PLV
  83 CATH_RAT        WIVKNSWGSN WGNNGYFLIE RGK....NMC GLAACASYPI PQV
  84 ALEU_HORVU      WLIKNSWGAD WGDNGYFKME MGK....NMC AIATCASYPV VAA
  85 PAPA_CARPA      ILIKNSWGTG WGENGYIRIK RGTGNSYGVC GLYTSSFYPV KN.
  86 CATL_HUMAN      WLVKNSWGEE WGMGGYVKMA KDRR...NHC GIASAASYPT V..
  87 CATL_RAT        WLVKNSWGKE WGMDGYIKIA KDRN...NHC GLATAASYPI VN.
  88 CYS1_DICDI      WIVKNSWGAD WGEQGYIYLR RGK....NTC GVSNFVSTSI I..
  89