branch-1-6/t/data/bl2seq.tblastx.out

   1 Query= Escherichia coli K-12 MG1655 section 1 of 400 of the complete
   2 genome
   3          (720 letters)
   4
   5 >gi|1786181|gb|AE000111.1|AE000111 Escherichia coli K-12 MG1655
   6            section 1 of 400 of the complete genome
   7           Length = 720
   8
   9  Score =  515 bits (1118), Expect = e-151
  10  Identities = 229/240 (95%), Positives = 229/240 (95%)
  11  Frame = +1 / +1
  12
  13
  14 Query: 1   SFSF*LQRAICLCVD*KKSV**QLLNWLPAVSKLKFY*LRSLNTLTNIGIAHRQIKITEY 180
  15            SFSF*LQRAICLCVD*KKSV**QLLNWLPAVSKLKFY*LRSLNTLTNIGIAHRQIKITEY
  16 Sbjct: 1   SFSF*LQRAICLCVD*KKSV**QLLNWLPAVSKLKFY*LRSLNTLTNIGIAHRQIKITEY 180
  17
  18
  19 Query: 181 TTSMKRISXXXXXXXXXXXGNGAG*RVQETQKKART*QCGLFFSTKGNEVTTMRVLKFGG 360
  20            TTSMKRIS           GNGAG*RVQETQKKART*QCGLFFSTKGNEVTTMRVLKFGG
  21 Sbjct: 181 TTSMKRISTTITTTITITTGNGAG*RVQETQKKART*QCGLFFSTKGNEVTTMRVLKFGG 360
  22
  23
  24 Query: 361 TSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDALPNISDAE 540
  25            TSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDALPNISDAE
  26 Sbjct: 361 TSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDALPNISDAE 540
  27
  28
  29 Query: 541 RIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINAALICRGEK 720
  30            RIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINAALICRGEK
  31 Sbjct: 541 RIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINAALICRGEK 720
  32
  33
  34
  35  Score =  508 bits (1103), Expect = e-149
  36  Identities = 218/240 (90%), Positives = 218/240 (90%)
  37  Frame = -1 / -1
  38
  39
  40 Query: 720 FLATANQRSVDAIRALPQQTNAMQDMFYLGKFLIDESFQLRQREPRLGGGESRQKFGKNT 541
  41            FLATANQRSVDAIRALPQQTNAMQDMFYLGKFLIDESFQLRQREPRLGGGESRQKFGKNT
  42 Sbjct: 720 FLATANQRSVDAIRALPQQTNAMQDMFYLGKFLIDESFQLRQREPRLGGGESRQKFGKNT 541
  43
  44
  45 Query: 540 FGIADIG*SILAANGFFNHRHQVVXXXXXXXXXXGHLPLPGIAFQNIGNTQKTFCICH*C 361
  46            FGIADIG*SILAANGFFNHRHQVV          GHLPLPGIAFQNIGNTQKTFCICH*C
  47 Sbjct: 540 FGIADIG*SILAANGFFNHRHQVVGDFGGGREDGGHLPLPGIAFQNIGNTQKTFCICH*C 361
  48
  49
  50 Query: 360 TAELQHSHGCYLVTFGRKKKPALSGAGFFLCFLYASARTVTCXXXXXXXXXXXXAFHGCC 181
  51            TAELQHSHGCYLVTFGRKKKPALSGAGFFLCFLYASARTVTC            AFHGCC
  52 Sbjct: 360 TAELQHSHGCYLVTFGRKKKPALSGAGFFLCFLYASARTVTCGNGDGGGNGGANAFHGCC 181
  53
  54
  55 Query: 180 VLCNFYLSVRYAYIG*SI**PKSIKF*FTHGR*PVQKLLSDTLFLIHTETYCPLQSE*KA 1
  56            VLCNFYLSVRYAYIG*SI**PKSIKF*FTHGR*PVQKLLSDTLFLIHTETYCPLQSE*KA
  57 Sbjct: 180 VLCNFYLSVRYAYIG*SI**PKSIKF*FTHGR*PVQKLLSDTLFLIHTETYCPLQSE*KA 1
  58
  59
  60
  61  Score =  416 bits (902), Expect(2) = e-160
  62  Identities = 161/161 (100%), Positives = 161/161 (100%)
  63  Frame = +3 / +3
  64
  65
  66 Query: 237 R*RCGLTRTGNTEKSPHLTVRAFFFDQR*RGNNHASVEVRRYISGKCRTFSACCRYSGKQ 416
  67            R*RCGLTRTGNTEKSPHLTVRAFFFDQR*RGNNHASVEVRRYISGKCRTFSACCRYSGKQ
  68 Sbjct: 237 R*RCGLTRTGNTEKSPHLTVRAFFFDQR*RGNNHASVEVRRYISGKCRTFSACCRYSGKQ 416
  69
  70
  71 Query: 417 CQAGAGGHRPLCPRQNHQPPGGDD*KNH*RPGCFTQYQRCRTYFCRTFDGTRRRPAGVPA 596
  72            CQAGAGGHRPLCPRQNHQPPGGDD*KNH*RPGCFTQYQRCRTYFCRTFDGTRRRPAGVPA
  73 Sbjct: 417 CQAGAGGHRPLCPRQNHQPPGGDD*KNH*RPGCFTQYQRCRTYFCRTFDGTRRRPAGVPA 596
  74
  75
  76 Query: 597 GAIENFRRSGICPNKTCPAWH*FVGAVPG*HQRCADLPWRE 719
  77            GAIENFRRSGICPNKTCPAWH*FVGAVPG*HQRCADLPWRE
  78 Sbjct: 597 GAIENFRRSGICPNKTCPAWH*FVGAVPG*HQRCADLPWRE 719
  79
  80
  81
  82  Score =  389 bits (843), Expect(2) = e-153
  83  Identities = 161/161 (100%), Positives = 161/161 (100%)
  84  Frame = -2 / -2
  85
  86
  87 Query: 719 FSPRQISAALMLSGHCPNKLMPCRTCFIWANS*STKVFNCASGNPGWAAASPVKSSAKIR 540
  88            FSPRQISAALMLSGHCPNKLMPCRTCFIWANS*STKVFNCASGNPGWAAASPVKSSAKIR
  89 Sbjct: 719 FSPRQISAALMLSGHCPNKLMPCRTCFIWANS*STKVFNCASGNPGWAAASPVKSSAKIR 540
  90
  91
  92 Query: 539 SASLILGKASWPLMVFSIIATRWLVILAGAERTVATCPCLALLSRISATRRKRSAFATDV 360
  93            SASLILGKASWPLMVFSIIATRWLVILAGAERTVATCPCLALLSRISATRRKRSAFATDV
  94 Sbjct: 539 SASLILGKASWPLMVFSIIATRWLVILAGAERTVATCPCLALLSRISATRRKRSAFATDV 360
  95
  96
  97 Query: 359 PPNFNTRMVVTSLPLVEKKSPHCQVRAFFCVSCTRQPAPLP 237
  98            PPNFNTRMVVTSLPLVEKKSPHCQVRAFFCVSCTRQPAPLP
  99 Sbjct: 359 PPNFNTRMVVTSLPLVEKKSPHCQVRAFFCVSCTRQPAPLP 237
 100
 101
 102
 103  Score =  326 bits (706), Expect(2) = e-129
 104  Identities = 138/161 (85%), Positives = 138/161 (85%)
 105  Frame = +2 / +2
 106
 107
 108 Query: 236 QVTVRADAYRKHRKKPAPDSAGFFFRPKVTR*QPCEC*SSAVHQWQMQNVFCVLPIFWKA 415
 109            QVTVRADAYRKHRKKPAPDSAGFFFRPKVTR*QPCEC*SSAVHQWQMQNVFCVLPIFWKA
 110 Sbjct: 236 QVTVRADAYRKHRKKPAPDSAGFFFRPKVTR*QPCEC*SSAVHQWQMQNVFCVLPIFWKA 415
 111
 112
 113 Query: 416 MPGRGRWXXXXXXXXXXXTTWWR*LKKPLAARMLYPISAMPNVFLPNFXXXXXXXXXXXX 595
 114            MPGRGRW           TTWWR*LKKPLAARMLYPISAMPNVFLPNF
 115 Sbjct: 416 MPGRGRWPPSSLPPPKSPTTWWR*LKKPLAARMLYPISAMPNVFLPNF*RDSPPPSRGSR 595
 116
 117
 118 Query: 596 WRN*KLSSIRNLPK*NMSCMALVCWGSARIASTLR*FAVAR 718
 119            WRN*KLSSIRNLPK*NMSCMALVCWGSARIASTLR*FAVAR
 120 Sbjct: 596 WRN*KLSSIRNLPK*NMSCMALVCWGSARIASTLR*FAVAR 718
 121
 122
 123
 124  Score =  198 bits (427), Expect(3) = e-136
 125  Identities = 79/79 (100%), Positives = 79/79 (100%)
 126  Frame = -3 / -3
 127
 128
 129 Query: 718 SRHGKSAQR*CYPGTAPTN*CHAGHVLFGQIPDRRKFSIAPAGTPAGRRRVPSKVRQKYV 539
 130            SRHGKSAQR*CYPGTAPTN*CHAGHVLFGQIPDRRKFSIAPAGTPAGRRRVPSKVRQKYV
 131 Sbjct: 718 SRHGKSAQR*CYPGTAPTN*CHAGHVLFGQIPDRRKFSIAPAGTPAGRRRVPSKVRQKYV 539
 132
 133
 134 Query: 538 RHR*YWVKHPGR*WFFQSS 482
 135            RHR*YWVKHPGR*WFFQSS
 136 Sbjct: 538 RHR*YWVKHPGR*WFFQSS 482
 137
 138
 139
 140  Score =  170 bits (365), Expect(3) = e-136
 141  Identities = 65/65 (100%), Positives = 65/65 (100%)
 142  Frame = -3 / -3
 143
 144
 145 Query: 430 APAWHCFPEYRQHAENVLHLPLMYRRTSTLAWLLPRYLWSKKKARTVRCGLFSVFPVRVS 251
 146            APAWHCFPEYRQHAENVLHLPLMYRRTSTLAWLLPRYLWSKKKARTVRCGLFSVFPVRVS
 147 Sbjct: 430 APAWHCFPEYRQHAENVLHLPLMYRRTSTLAWLLPRYLWSKKKARTVRCGLFSVFPVRVS 251
 148
 149
 150 Query: 250 PHRYL 236
 151            PHRYL
 152 Sbjct: 250 PHRYL 236
 153
 154
 155
 156  Score =  155 bits (332), Expect(2) = e-153
 157  Identities = 65/65 (100%), Positives = 65/65 (100%)
 158  Frame = -3 / -3
 159
 160
 161 Query: 196 VSWMLCTL*FLSVCALCLYWLKYLVT*VNKILIYSRQVTSSEAAIRHSFFNPHRDILPVA 17
 162            VSWMLCTL*FLSVCALCLYWLKYLVT*VNKILIYSRQVTSSEAAIRHSFFNPHRDILPVA
 163 Sbjct: 196 VSWMLCTL*FLSVCALCLYWLKYLVT*VNKILIYSRQVTSSEAAIRHSFFNPHRDILPVA 17
 164
 165
 166 Query: 16  VRMKS 2
 167            VRMKS
 168 Sbjct: 16  VRMKS 2
 169
 170
 171
 172  Score =  154 bits (330), Expect(2) = e-160
 173  Identities = 65/65 (100%), Positives = 65/65 (100%)
 174  Frame = +3 / +3
 175
 176
 177 Query: 3   LFILTATGNMSLCGLKKECLIAASELVTCRE*IKILLT*VTKYFNQYRHSAQTDKNYRVH 182
 178            LFILTATGNMSLCGLKKECLIAASELVTCRE*IKILLT*VTKYFNQYRHSAQTDKNYRVH
 179 Sbjct: 3   LFILTATGNMSLCGLKKECLIAASELVTCRE*IKILLT*VTKYFNQYRHSAQTDKNYRVH 182
 180
 181
 182 Query: 183 NIHET 197
 183            NIHET
 184 Sbjct: 183 NIHET 197
 185
 186
 187
 188  Score =  141 bits (302), Expect(3) = e-136
 189  Identities = 59/59 (100%), Positives = 59/59 (100%)
 190  Frame = -2 / -2
 191
 192
 193 Query: 179 YSVIFICLCAMPILVKVFSDLSQ*NFNLLTAGNQFRSCYQTLFF*STQRHIARCSQNEK 3
 194            YSVIFICLCAMPILVKVFSDLSQ*NFNLLTAGNQFRSCYQTLFF*STQRHIARCSQNEK
 195 Sbjct: 179 YSVIFICLCAMPILVKVFSDLSQ*NFNLLTAGNQFRSCYQTLFF*STQRHIARCSQNEK 3
 196
 197
 198
 199  Score =  139 bits (298), Expect(2) = e-129
 200  Identities = 62/62 (100%), Positives = 62/62 (100%)
 201  Frame = +2 / +2
 202
 203
 204 Query: 2   AFHSDCNGQYVSVWIKKRVSDSSF*TGYLP*VN*NFIDLGH*IL*PI*A*RTDR*KLQST 181
 205            AFHSDCNGQYVSVWIKKRVSDSSF*TGYLP*VN*NFIDLGH*IL*PI*A*RTDR*KLQST
 206 Sbjct: 2   AFHSDCNGQYVSVWIKKRVSDSSF*TGYLP*VN*NFIDLGH*IL*PI*A*RTDR*KLQST 181
 207
 208
 209 Query: 182 QH 187
 210            QH
 211 Sbjct: 182 QH 187
 212
 213
 214
 215  Score = 24.9 bits (48), Expect = 0.002
 216  Identities = 9/12 (75%), Positives = 10/12 (83%)
 217  Frame = -2 / +3
 218
 219
 220 Query: 308 KKSPHCQVRAFF 273
 221            +KSPH  VRAFF
 222 Sbjct: 273 EKSPHLTVRAFF 308
 223
 224
 225
 226  Score = 24.9 bits (48), Expect = 0.002
 227  Identities = 9/13 (69%), Positives = 12/13 (92%)
 228  Frame = -3 / +1
 229
 230
 231 Query: 313 SKKKARTVRCGLF 275
 232            ++KKART +CGLF
 233 Sbjct: 268 TQKKART*QCGLF 306
 234
 235
 236
 237  Score = 24.9 bits (48), Expect = 0.002
 238  Identities = 9/12 (75%), Positives = 10/12 (83%)
 239  Frame = +3 / -2
 240
 241
 242 Query: 273 EKSPHLTVRAFF 308
 243            +KSPH  VRAFF
 244 Sbjct: 308 KKSPHCQVRAFF 273
 245
 246
 247
 248  Score = 24.9 bits (48), Expect = 0.002
 249  Identities = 9/13 (69%), Positives = 12/13 (92%)
 250  Frame = +1 / -3
 251
 252
 253 Query: 268 TQKKART*QCGLF 306
 254            ++KKART +CGLF
 255 Sbjct: 313 SKKKARTVRCGLF 275
 256
 257
 258
 259  Score = 22.1 bits (42), Expect = 0.012
 260  Identities = 8/12 (66%), Positives = 9/12 (74%)
 261  Frame = +2 / -1
 262
 263
 264 Query: 272 RKKPAPDSAGFF 307
 265            +KKPA   AGFF
 266 Sbjct: 309 KKKPALSGAGFF 274
 267
 268
 269
 270  Score = 22.1 bits (42), Expect = 0.012
 271  Identities = 8/12 (66%), Positives = 9/12 (74%)
 272  Frame = -1 / +2
 273
 274
 275 Query: 309 KKKPALSGAGFF 274
 276            +KKPA   AGFF
 277 Sbjct: 272 RKKPAPDSAGFF 307
 278
 279
 280
 281  Score = 18.5 bits (34), Expect = 0.15
 282  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 283  Frame = -3 / +3
 284
 285
 286 Query: 598 PAGTPA 581
 287            PAG PA
 288 Sbjct: 579 PAGVPA 596
 289
 290
 291
 292  Score = 18.5 bits (34), Expect = 0.15
 293  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 294  Frame = +3 / -3
 295
 296
 297 Query: 579 PAGVPA 596
 298            PAG PA
 299 Sbjct: 598 PAGTPA 581
 300
 301
 302
 303  Score = 18.0 bits (33), Expect = 0.20
 304  Identities = 6/14 (42%), Positives = 6/14 (42%)
 305  Frame = +3 / -3
 306
 307
 308 Query: 243 RCGLTRTGNTEKSP 284
 309            RCGL        SP
 310 Sbjct: 289 RCGLFSVFPVRVSP 248
 311
 312
 313
 314  Score = 18.0 bits (33), Expect = 0.20
 315  Identities = 6/14 (42%), Positives = 6/14 (42%)
 316  Frame = -3 / +3
 317
 318
 319 Query: 289 RCGLFSVFPVRVSP 248
 320            RCGL        SP
 321 Sbjct: 243 RCGLTRTGNTEKSP 284
 322
 323
 324
 325  Score = 17.6 bits (32), Expect = 0.28
 326  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 327  Frame = -3 / -1
 328
 329
 330 Query: 301 ARTVRC 284
 331            ARTV C
 332 Sbjct: 252 ARTVTC 235
 333
 334
 335
 336  Score = 15.3 bits (27), Expect = 1.4
 337  Identities = 5/14 (35%), Positives = 8/14 (56%)
 338  Frame = +1 / +3
 339
 340
 341 Query: 469 NHLVAMIEKTISGQ 510
 342            NH    + + ISG+
 343 Sbjct: 333 NHASVEVRRYISGK 374
 344
 345
 346
 347  Score = 15.3 bits (27), Expect = 1.4
 348  Identities = 5/14 (35%), Positives = 8/14 (56%)
 349  Frame = +3 / +1
 350
 351
 352 Query: 333 NHASVEVRRYISGK 374
 353            NH    + + ISG+
 354 Sbjct: 469 NHLVAMIEKTISGQ 510
 355
 356
 357
 358  Score = 14.8 bits (26), Expect = 1.9
 359  Identities = 8/20 (40%), Positives = 10/20 (50%)
 360  Frame = +1 / -1
 361
 362
 363 Query: 241 NGAG*RVQETQKKART*QCG 300
 364            +GAG  +      ART  CG
 365 Sbjct: 291 SGAGFFLCFLYASARTVTCG 232
 366
 367
 368
 369  Score = 14.8 bits (26), Expect = 1.9
 370  Identities = 2/6 (33%), Positives = 4/6 (66%)
 371  Frame = +2 / -3
 372
 373
 374 Query: 389 CVLPIF 406
 375            C L ++
 376 Sbjct: 157 CALCLY 140
 377
 378
 379
 380  Score = 14.8 bits (26), Expect = 1.9
 381  Identities = 2/6 (33%), Positives = 4/6 (66%)
 382  Frame = -3 / +2
 383
 384
 385 Query: 157 CALCLY 140
 386            C L ++
 387 Sbjct: 389 CVLPIF 406
 388
 389
 390
 391  Score = 14.3 bits (25), Expect = 2.6
 392  Identities = 6/18 (33%), Positives = 8/18 (44%)
 393  Frame = -2 / +2
 394
 395
 396 Query: 299 PHCQVRAFFCVSCTRQPA 246
 397            P   VRA       ++PA
 398 Sbjct: 233 PQVTVRADAYRKHRKKPA 286
 399
 400
 401
 402  Score = 13.4 bits (23), Expect = 4.9
 403  Identities = 11/31 (35%), Positives = 11/31 (35%)
 404  Frame = +3 / -3
 405
 406
 407 Query: 57  CLIAASELVTCRE*IKILLT*VTKYFNQYRH 149
 408            CL     LVT    I I    VT      RH
 409 Sbjct: 148 CLYWLKYLVT*VNKILIYSRQVTSSEAAIRH 56
 410
 411
 412
 413  Score = 13.4 bits (23), Expect = 4.9
 414  Identities = 11/31 (35%), Positives = 11/31 (35%)
 415  Frame = -3 / +3
 416
 417
 418 Query: 148 CLYWLKYLVT*VNKILIYSRQVTSSEAAIRH 56
 419            CL     LVT    I I    VT      RH
 420 Sbjct: 57  CLIAASELVTCRE*IKILLT*VTKYFNQYRH 149
 421
 422
 423
 424  Score = 13.0 bits (22), Expect = 6.7
 425  Identities = 5/14 (35%), Positives = 6/14 (42%)
 426  Frame = -3 / -2
 427
 428
 429 Query: 370 PLMYRRTSTLAWLL 329
 430            PLM        WL+
 431 Sbjct: 506 PLMVFSIIATRWLV 465
 432
 433
 434
 435  Score = 13.0 bits (22), Expect = 6.7
 436  Identities = 5/14 (35%), Positives = 6/14 (42%)
 437  Frame = -2 / -3
 438
 439
 440 Query: 506 PLMVFSIIATRWLV 465
 441            PLM        WL+
 442 Sbjct: 370 PLMYRRTSTLAWLL 329
 443
 444
 445
 446  Score = 12.5 bits (21), Expect = 9.2
 447  Identities = 3/5 (60%), Positives = 5/5 (100%)
 448  Frame = +2 / -2
 449
 450
 451 Query: 275 KKPAP 289
 452            ++PAP
 453 Sbjct: 257 RQPAP 243
 454
 455
 456 Lambda     K      H
 457    0.318    0.135    0.401
 458
 459
 460 Matrix: BLOSUM62
 461 Number of Hits to DB: 2790
 462 Number of Sequences: 0
 463 Number of extensions: 62
 464 Number of successful extensions: 40
 465 Number of sequences better than 10.0: 1
 466 length of database: 240
 467 effective HSP length: 19
 468 effective length of database: 221
 469 effective search space used:    48620
 470 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 471 T: 13
 472 A: 40
 473 X1: 16 ( 7.3 bits)
 474 X2: 0 ( 0.0 bits)
 475 S1: 41 (21.7 bits)