branch-1-6/t/data/bl2seq.bug940.out

   1 Query= zinc finger protein 135 (clone pHZ-17) [Homo sapiens]. neo_id
   2 RS.ctg14243-000000.6.0
   3          (469 letters)
   4
   5 >gi|4507985| zinc finger protein 135 (clone pHZ-17) [Homo sapiens].
   6            neo_id RS.ctg14243-000000.6.0
   7           Length = 469
   8
   9  Score =  637 bits (1626), Expect = 0.0
  10  Identities = 311/469 (66%), Positives = 330/469 (70%), Gaps = 120/469 (25%)
  11
  12 Query: 121 MGNTWKKGEARPKCFTENCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLK 180
  13            MGNTWKKGEARPKCFTENCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLK
  14 Sbjct: 1   MGNTWKKGEARPKCFTENCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLK 60
  15
  16 Query: 181 GFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSF 240
  17            GFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSF
  18 Sbjct: 61  GFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSF 120
  19
  20 Query: 241 RSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFR--------------------------------- 267
  21            RSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFR
  22 Sbjct: 121 RSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSL 180
  23
  24 Query: 268 ---QSIH--------------------LTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSL---- 300
  25               Q IH                    L QH R HTGEKPY+CGECGKAFS S+ L
  26 Sbjct: 181 TKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHR 240
  27
  28 Query: 301 ----GEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHT 356
  29                GEKPY CN+CGK FSHSSSL++H+R HTGEKPYEC+QCG+AF Q   L QHQRIHT
  30 Sbjct: 241 RIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHT 300
  31
  32 Query: 357 GEKP----------------TKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKP 400
  33            GEKP                TKHQRIHTGEKPYEC++CG+AF+Q+ PLIQHQR HTGEKP
  34 Sbjct: 301 GEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKP 360
  35
  36 Query: 401 YECGECGKAFSQSTLLTEHR---------------------------------------- 420
  37            YEC +CG+A +++TLL EH+
  38 Sbjct: 361 YECNQCGRASARATLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECH 420
  39
  40 Query: 421 DCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG 469
  41            DCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
  42 Sbjct: 421 DCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG 469
  43
  44
  45  Score =  598 bits (1524), Expect = e-175
  46  Identities = 275/444 (61%), Positives = 324/444 (72%), Gaps = 30/444 (6%)
  47
  48 Query: 6   EKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHT----Y 61
  49            EKPY C ECGK FSHSS+L +H RTHTGE+PYEC +C K FR S+ LT+HQRIHT    Y
  50 Sbjct: 22  EKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPY 81
  51
  52 Query: 62  ECNQCGRASARATLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKXXXXXXXXXQHERTHTGEKPYEC-H 120
  53            +C QCGR   +   LI+HQR HT EKPY C+ECGK         QHERTHTGEKPYEC
  54 Sbjct: 82  KCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSE 141
  55
  56 Query: 121 MGNTWKKGEARPKCFTENCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLK 180
  57             G  +++     +    +   EKPY+C ECGKAFSHSS+L +H R HTGE+PYECHEC K
  58 Sbjct: 142 CGKAFRQSIHLTQHLRIH-TGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGK 200
  59
  60 Query: 181 GFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSF 240
  61             F   + L +HQR HTGEKPY+C +CG+ F+Q   L +H+R HTGEKPY C+ECGK+FS
  62 Sbjct: 201 AFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSH 260
  63
  64 Query: 241 RSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSL 300
  65             SS SQHERTHTGEKPYECS+CGKAFRQS HLTQH RIHTGEKPY+C +CGKAFSHSSSL
  66 Sbjct: 261 SSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSL 320
  67
  68 Query: 301 --------GEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQ 352
  69                    GEKPYECN CG+AFS  + L +HQRIHTGEKPYECNQCGRA ++   LI+HQ
  70 Sbjct: 321 TKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRASARATLLIEHQ 380
  71
  72 Query: 353 RIHTGEKP----------------TKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHT 396
  73            RIHT EKP                ++H+R HTGEKPYECH+CGK+F Q T L QH+R HT
  74 Sbjct: 381 RIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHT 440
  75
  76 Query: 397 GEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHR 420
  77            GEKPY C +CGKAF+ S+ LT+H+
  78 Sbjct: 441 GEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQ 464
  79
  80
  81  Score =  499 bits (1270), Expect = e-145
  82  Identities = 226/372 (60%), Positives = 274/372 (72%), Gaps = 18/372 (4%)
  83
  84 Query: 1   RIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHT 60
  85            R HTGEKPY C+ECGK+FS  SS SQHERTHTGEKPYECS+CGKAFRQS HLTQH RIHT
  86 Sbjct: 101 RTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHT 160
  87
  88 Query: 61  ----YECNQCGRASARATLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKXXXXXXXXXQHERTHTGEKP 116
  89                Y+C +CG+A + ++ L +HQRIHT EKPY C+ECGK         QH+RTHTGEKP
  90 Sbjct: 161 GEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKP 220
  91
  92 Query: 117 YECHMGNTWKKGEARPKCFTEN---CVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPY 173
  93            YEC       K  ++    TE+      EKPY C ECGK FSHSS+L +H RTHTGE+PY
  94 Sbjct: 221 YEC---GECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPY 277
  95
  96 Query: 174 ECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSE 233
  97            EC +C K FR S+ LT+HQRIHTGEKPY+C  CG+ F+  + L +HQR HTGEKPYEC++
  98 Sbjct: 278 ECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQ 337
  99
 100 Query: 234 CGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKA 293
 101            CG++FS  +   QH+R HTGEKPYEC++CG+A  ++  L +H RIHT EKPY C ECGK+
 102 Sbjct: 338 CGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRASARATLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKS 397
 103
 104 Query: 294 FSHSSSL--------GEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQL 345
 105            FSHSSSL        GEKPYEC+DCGK+F  S+ LT+H+RIHTGEKPY C  CG+AF+
 106 Sbjct: 398 FSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHS 457
 107
 108 Query: 346 APLIQHQRIHTG 357
 109            + L +HQR HTG
 110 Sbjct: 458 SSLTKHQRTHTG 469
 111
 112
 113 Lambda     K      H
 114    0.318    0.131    0.428
 115
 116 Gapped
 117 Lambda     K      H
 118    0.270   0.0470    0.230
 119
 120
 121 Matrix: BLOSUM62
 122 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 123 Number of Hits to DB: 38599
 124 Number of Sequences: 0
 125 Number of extensions: 270
 126 Number of successful extensions: 108
 127 Number of sequences better than 10.0: 1
 128 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
 129 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 130 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 131 Number of HSP's gapped (non-prelim): 8
 132 length of query: 469
 133 length of database: 469
 134 effective HSP length: 23
 135 effective length of query: 446
 136 effective length of database: 446
 137 effective search space:   198916
 138 effective search space used:   198916
 139 T: 11
 140 A: 40
 141 X1: 16 ( 7.3 bits)
 142 X2: 38 (14.8 bits)
 143 X3: 64 (24.9 bits)
 144 S1: 25 (14.4 bits)
 145 S2: 26 (14.5 bits)