tag fourth (and hopefully last) alpha
[bioperl-live.git] / branch-1-6 / t / data / SPAN_Family8a.nex
blob12f34b8eee8cc4c0afe91a099accf492000a9220
1 #NEXUS
2 begin taxa;
3         dimensions ntax=32;
4         taxlabels
5         otu_1   otu_2   otu_3   otu_4   otu_5   otu_6   otu_7   otu_8   otu_9   otu_10  otu_11  otu_12  otu_13  otu_14  otu_15  otu_16  otu_17  otu_18  otu_19  otu_20  otu_21  otu_22  otu_23  otu_24  otu_25  otu_26  otu_27  otu_28  otu_29  otu_30  otu_31  otu_32;
6 end;
8 begin characters;
9         dimensions nchar=280;
10         format datatype=protein missing=? gap=-;
11         matrix
12 otu_1   ?????????????????????????????????MTVYSYLVILFILLDNYCSAYGYG-----YSYYHRRHFDPAIASFTK-------EPYIGAVWFTQHGDY----MYVNGSVAGLPPGKLLGTHVHRYG--------GLGNMCLEAGPHFNPFNQ-RHGPRHG--YPRHAGDLGNIRVGRGGVAKFDFYVTIKGLGPFDGFIGRALVIHANRDDLGRN---RDEGSRTTGNSGPRLACATIGFRAP?????????????????????????????????
13 otu_2   ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MAMKAVCVLKG------DGPVQGTIHFEQKASGE--PVVLSGQITGLTE-GQHGFHVHQYG--------DNTQGCTSAGPHFNPHSK-KHGGPAD--EERHVGDLGNVTAGKDGVANVSIEHRVISLSGEHSIIGRTMVVHEKQDDLGKG-G--NEESTKTGNAGSRLACGVIGIAQ??????????????????????????????????
14 otu_3   ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DV--KGTVHFEQQDAKS--PVLVTGEVNGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCTSAGPHFNPYGN-SHGAPSD--LNRHLGDLGNIEASGDGATKVEISDKLITLFGENSIVGRTIVVHADPDDLGKG---GHELSKTTGNAGARLGCGVIGICKI?????????????????????????????????
15 otu_4   ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVKAVAVVRG------DSNVKGTVIFEQESESA--PTTITYDISGNDPNAKRGFHIHTFG--------DNTNGCTSAGPHFNPHGT-THGDRTA--EVRHVGDLGNIETDAQGNAKGTVTDNLVKLIGPESVIGRTVVVHAGTDDLGKG---GNEESLKTGNAGPRPACGVIGISQ??????????????????????????????????
16 otu_5   ????????????????????????????????????MDILSDIANAVLPQDVVSKVE-------------SKRAVAVLRG------TA-VFGTVWLTQKAEGE--ETEFEGEIKGLSP-GLHGFHIHQYG--------DSTDGCTSAGPHFNPCKM-NHGGRDS--VVRHVGDLGNVEAGADGVAKIKFSDKVVSLFGANTVIGRSMVVHVDRDDLGQGIDDKAEESLKTGNAGARAACGVIALAAPA????????????????????????????????
17 otu_6   ????????????????????????????????????MKRFSLAILALVVATGAQAAS-----------EKVEMNLVTSQG------VGQSIGSVTITETDKG----LEFSPDLKALPP-GEHGFHIHAKGSCQPATKDGKASAAESAGGHLDPQNTGKHEGPEG---AGHLGDLPALVVNNDGKATDAVIAP--RLKSLDEIKDKALMVHVGGDNMSDQ-------PKPLGGGGERYACGVIK?????????????????????????????????????
18 otu_7   ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVKAVAVLGS------SDGVKGTIFFTQEGDG---PTAVTGSVSGLKP-GLHGFHVHALG--------DTTNGCMSTGHDYNPASK-EHGAPED--ENRHAGDLGNVTAGADGVANINVTDSQIPLTGPNSIIGRAVVVHADPDDLGKG---GHELSKSTGNAGGRVACGIIGLQG??????????????????????????????????
19 otu_8   ????????????????????????????????????????????????????????M-------------STNAIAVLRG------DT-VSGIIRFKQDKEGL--PTTVTGEVKGLTP-GLHGFHIHQYG--------DTTNGCISAGPHFNPYNK-THGDRTD--EIRHVGDLGNIEAGADGTAHISISDQHIQLLGPNSIIGRSIVVHADQDDLGKGVGAKKDESLKTGNAGARVACGIVAIGAAS????????????????????????????????
20 otu_9   ???????????????????????????MINSFIVIFLSFLIFINYANLVYVEATHVYGRRSHSNGMHGNGARRAVAVLRG------DAGVSGIIYFQQDSGGS--ITTISGSVSGLTP-GLHGFHVHQYG--------DQTNGCTSAGGHYNPYGK-THGDPND--RIKHIGDLGNIVAGANGVAEVYINSYHIKLRGPLSVIGRSLVVHENPDDLGQGTGNMREESLKTGNAGSRLACAVIGIAAVS????????????????????????????????
21 otu_10  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVKAVAVVRG------DSKVQGTVHFEQESESA--PTTISWEIEGNDPNALRGFHIHQFG--------DNTNGCTSAGPHFNPFGK-QHGAPED--DERHVGDLGNISTDGNGVAKGTKQDLLIKLIGKDSILGRTIVVHAGTDDYGKG---GFEDSKTTGHAGARPACGVIGLTQ??????????????????????????????????
22 otu_11  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVKAVVVLGS------SEIVKGTIHFVQEGDG---PTTVTGSVSGLKP-GLHGFHIHALG--------DTTNGCMSTGPHYNPAGK-EHGAPED--ETRHAGDLGNVTAGEDGVANIHVVDSQIPLTGPNSIIGRAVVVHADPDDLGKG---GHELSKTTGNAGGRVACGIIGLQG??????????????????????????????????
23 otu_12  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVKAVAVLAS------SEGVKGTIFFSQEGDG---PTSVTGSVSGLKP-GLHGFHVHALG--------DTTNGCMSTGPHFNPTGK-EHGAPQD--ENRHAGDLGNITAGADGVANVNVSDSQIPLTGAHSIIGRAVVVHADPDDLGKG---GHELSKTTGNAGGRVACGIIGLQG??????????????????????????????????
24 otu_13  ???????????????????????????????????????????????????????????????????????MKAVCVMTG------TAGVKGVVKFTQETDNG--PVHVHAEFSGLKA-GKHGFHVHEFG--------DTTNGCTSAGAHFNPTKQ-EHGAPED--SIRHVGDLGNVVAGADGNAVYNATDKLISLNGSHSIIGRTMVIHENEDDLGRG---GHELSKVTGNAGGRLACGVVGLAAE?????????????????????????????????
25 otu_14  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVKAVAVLNS------SEGVSGTIFFTQEGDG---PTTVTGNLSGLKP-GLHGFHVHALG--------DTTNGCMSTGPHFNPVGK-EHGAPED--ENRHAGDLGNVTVGDDGTAAFTIIDFQIPLTGPHSIIGRAVVVHGDPDDLGKG---GHELSKTTGNAGGRVACGIIGLQG??????????????????????????????????
26 otu_15  ???????MAATNTILAFSSPSRLLIPPSSNPSTLRSSFRGVSLNNNNLHRLQSVSFAVKAPSKALTVVSAAKKAVAVLKG------TSDVEGVVTLTQDDSG---PTTVNVRITGLTP-GPHGFHLHEFG--------DTTNGCISTGPHFNPNNM-THGAPED--ECRHAGDLGNINANADGVAETTIVDNQIPLTGPNSVVGRAFVVHELKDDLGKG---GHELSLTTGNAGGRLACGMFKLSITMT???????????????????????????????
27 otu_16  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSET--PVKVSGEVCGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVSITDSRITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGKG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
28 otu_17  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSET--PVKVSGEVCGLAK-CLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPHGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVSITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGKG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
29 otu_18  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSGT--PVKVSGEVCGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGQG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
30 otu_19  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSGT--PVKVSGEVCGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGQG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
31 otu_20  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSET--PVKVSGEVCGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVSITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGKG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
32 otu_21  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSET--PVKVSGEVCGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVSITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGQG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
33 otu_22  ??????????????????????????????????MFMNLLTQVSNAIFPQVEAAQKM-------------SNRAVAVLRG------ET-VTGTIWITQKSEND--QAVIEGEIKGLTP-GLHGFHVHQYG--------DSTNGCISAGPHFNPFGK-THGGPKS--EIRHVGDLGNVEAGADGVAKIKLTDTLVTLYGPNTVVGRSMVVHAGQDDLGEGVGDKAEESKKTGNAGARAACGVIALAAPQ????????????????????????????????
34 otu_23  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSGT--PVKVSGEVCGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGQG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
35 otu_24  MSSIKIEFAVQMRRGDESYAGALRSALDGVGQVEIDTQEGRVIIQTQRPWSEIQDKIEATGVRAVLSGFGGQSAVALINTTGSVVDKTPIQGVVRFTTITADKKPGVVVDGVVDGLSP-GLHGLHIHESG--------DTSAGCSSVGEHYNPRQS-PHGSPAAGAEERHAGDLGNIRADENGRATFRFVDPVLEVWD---IIGRAVVLTANADDLGRG---GNDQSLIDGNSGERIACGIIARSAGILENFKRICACDGVTLWDERNKPLAGKERSQKL
36 otu_25  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MAKGVAVLNS------SEGVTGTIFFTQEGDG---VTTVSGTVSGLKP-GLHGFHVHALG--------DTTNGCMSTGPHFNPDGK-THGAPED--ANRHAGDLGNITVGDDGTATFTITDCQIPLTGPNSIVGRAVVVHADPDDLGKG---GHELSLATGNAGGRVACGK???????????????????????????????????????
37 otu_26  ???????????????????????????????????MMQYLVVSLALCATICSAAQTRN-----------MPIQAIAYLIGPVQ-SDNTQVKGNVTFTQNDCGQ--NVHVRVQLEGLKE-GKHGFHIHEKG--------DLTNGCISMGAHYNPDKV-DHGGPDH--EVRHVGDLGNLEANSTGIIDVTYTDQVITLTGKLGIIGRGVVVHELEDDLGLG---NHTDSKKTGNAGGRIACGVIGIK???????????????????????????????????
38 otu_27  ????????????????????????????????????????????????????????????????MEAPRGNLRAVALIAG------DNNVRGCLQFVQDISG---TTHVTGKISGLSP-GFHGFHIHSFG--------DTTNGCISTGPHFNPLNR-VHGPPNE--EERHAGDLGNILAGSNGVAEILIKDKHIPLSGQYSILGRAVVVHADPDDLGKG---GHKLSKSTGNAGSRVGCGIIGLQSSADAKL????????????????????????????
39 otu_28  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQEGEGC--PVKVTGEVTGLAK-GQHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYQK-EHGAPTD--ENRHLGDLGNIIANGDGPTPVNICDCKITLLGANSIIGRTVVVHADPDDLGKG---GHELSKTTGNAGARIGCGVIGIAKI?????????????????????????????????
40 otu_29  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????MVVKAVCVING------DA--KGTVFFEQESSGT--PVKVSGEVCGLAK-GLHGFHVHEFG--------DNTNGCMSSGPHFNPYGK-EHGAPVD--ENRHLGDLGNIEATGDCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDLGQG---GHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV?????????????????????????????????
41 otu_30  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVQAVAVLKG------DAGVSGVVKFEQASESE--PTTVSYEIAGNSPNAERGFHIHEFG--------DATNGCVSAGPHFNPFKK-THGAPTD--EVRHVGDMGNVKTDENGVAKGSFKDSLIKLIGPTSVVGRSVVIHAGQDDLGKG---DTEESLKTGNAGPRPACGVIGLTN??????????????????????????????????
42 otu_31  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????MVRAVAVLRG------DSKVSGVVTFEQVDQNS--QVSVIVDLVGNDANAKRGFHIHQFG--------DNTNGCTSAGPHFNPEGK-THGDRTA--AVRHVGDLGNLESDAQGNIKTTFSDSVISLFGANSIIGRTIVIHAGEDDLGKG---TSEESLKTGNAGARNACGVIGIAV??????????????????????????????????
43 otu_32  ????????????????????????????????????MKTRVVLILALSVCIEAAS--------------EVIRARAYIFKAEAGKIPTELIGTIDFDQ--SGS--FLKLNGSVSGLAA-GKHGFHIHEKG--------DTGNGCLSAGGHYNPHKL-SHGAPDD--SNRHIGDLGNIESPASGDTLISVSDSLASLSGQYSIIGRSVVIHEKTDDLGRG---TSDQSKTTGNAGSRLACGTIGTV???????????????????????????????????
45 end;
47 begin trees;
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