branch-1-6/t/data/BC000007.gbk

   1 LOCUS       BC000007                 981 bp    mRNA    linear   PRI 09-DEC-2005
   2 DEFINITION  Homo sapiens px19-like protein, mRNA (cDNA clone MGC:1082
   3             IMAGE:3505068), complete cds.
   4 ACCESSION   BC000007
   5 VERSION     BC000007.2  GI:33875090
   6 KEYWORDS    MGC.
   7 SOURCE      Homo sapiens (human)
   8   ORGANISM  Homo sapiens
   9             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
  10             Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
  11             Catarrhini; Hominidae; Homo.
  12 REFERENCE   1  (bases 1 to 981)
  13   AUTHORS   Strausberg,R.L., Feingold,E.A., Grouse,L.H., Derge,J.G.,
  14             Klausner,R.D., Collins,F.S., Wagner,L., Shenmen,C.M., Schuler,G.D.,
  15             Altschul,S.F., Zeeberg,B., Buetow,K.H., Schaefer,C.F., Bhat,N.K.,
  16             Hopkins,R.F., Jordan,H., Moore,T., Max,S.I., Wang,J., Hsieh,F.,
  17             Diatchenko,L., Marusina,K., Farmer,A.A., Rubin,G.M., Hong,L.,
  18             Stapleton,M., Soares,M.B., Bonaldo,M.F., Casavant,T.L.,
  19             Scheetz,T.E., Brownstein,M.J., Usdin,T.B., Toshiyuki,S.,
  20             Carninci,P., Prange,C., Raha,S.S., Loquellano,N.A., Peters,G.J.,
  21             Abramson,R.D., Mullahy,S.J., Bosak,S.A., McEwan,P.J.,
  22             McKernan,K.J., Malek,J.A., Gunaratne,P.H., Richards,S.,
  23             Worley,K.C., Hale,S., Garcia,A.M., Gay,L.J., Hulyk,S.W.,
  24             Villalon,D.K., Muzny,D.M., Sodergren,E.J., Lu,X., Gibbs,R.A.,
  25             Fahey,J., Helton,E., Ketteman,M., Madan,A., Rodrigues,S.,
  26             Sanchez,A., Whiting,M., Madan,A., Young,A.C., Shevchenko,Y.,
  27             Bouffard,G.G., Blakesley,R.W., Touchman,J.W., Green,E.D.,
  28             Dickson,M.C., Rodriguez,A.C., Grimwood,J., Schmutz,J., Myers,R.M.,
  29             Butterfield,Y.S., Krzywinski,M.I., Skalska,U., Smailus,D.E.,
  30             Schnerch,A., Schein,J.E., Jones,S.J. and Marra,M.A.
  31   CONSRTM   Mammalian Gene Collection Program Team
  32   TITLE     Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length
  33             human and mouse cDNA sequences
  34   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26), 16899-16903 (2002)
  35    PUBMED   12477932
  36 REFERENCE   2  (bases 1 to 981)
  37   CONSRTM   NIH MGC Project
  38   TITLE     Direct Submission
  39   JOURNAL   Submitted (03-NOV-2000) National Institutes of Health, Mammalian
  40             Gene Collection (MGC), Bethesda, MD 20892-2590, USA
  41   REMARK    NIH-MGC Project URL: http://mgc.nci.nih.gov
  42 COMMENT     On Aug 19, 2003 this sequence version replaced gi:12652536.
  43             Contact: MGC help desk
  44             Email: cgapbs-r@mail.nih.gov
  45             Tissue Procurement: ATCC
  46             cDNA Library Preparation: Rubin Laboratory
  47             cDNA Library Arrayed by: The I.M.A.G.E. Consortium (LLNL)
  48             DNA Sequencing by: Institute for Systems Biology
  49             http://www.systemsbiology.org
  50             contact: amadan@systemsbiology.org
  51             Anup Madan, Jessica Fahey, Erin Helton, Mark Ketteman, Anuradha
  52             Madan, Stephanie Rodrigues, Amy Sanchez and Michelle Whiting
  53
  54             Clone distribution: MGC clone distribution information can be found
  55             through the I.M.A.G.E. Consortium/LLNL at: http://image.llnl.gov
  56             Series: IRAL Plate: 7 Row: f Column: 3
  57             This clone was selected for full length sequencing because it
  58             passed the following selection criteria: matched mRNA gi: 31543450.
  59
  60             Differences found between this sequence and the human reference
  61             genome (build 36) are described in misc_difference features below
  62             and these differences were also compared to chimpanzee genomic
  63             sequences available as of 09/15/2004.
  64 FEATURES             Location/Qualifiers
  65      source          1..981
  66                      /organism="Homo sapiens"
  67                      /mol_type="mRNA"
  68                      /db_xref="taxon:9606"
  69                      /clone="MGC:1082 IMAGE:3505068"
  70                      /tissue_type="Placenta, choriocarcinoma"
  71                      /clone_lib="NIH_MGC_21"
  72                      /lab_host="DH10B-R"
  73                      /note="Vector: pOTB7"
  74      gene            1..981
  75                      /gene="PX19"
  76                      /note="synonyms: CGI-106, PRELI"
  77                      /db_xref="GeneID:27166"
  78                      /db_xref="MIM:605733"
  79      CDS             174..833
  80                      /gene="PX19"
  81                      /codon_start=1
  82                      /product="PX19 protein"
  83                      /protein_id="AAH00007.1"
  84                      /db_xref="GI:12652537"
  85                      /db_xref="GeneID:27166"
  86                      /db_xref="MIM:605733"
  87                      /translation="MVKYFLGQSVLRSSWDQVFAAFWQRYPNPYSKHVLTEDIVHREV
  88                      TPDQKLLSRRLLTKTNRMPRWAERLFPANVAHSVYVLEDSIVDPQNQTMTTFTWNINH
  89                      ARLMVVEERCVYCVNSDNSGWTEIRREAWVSSSLFGVSRAVQEFGLARFKSNVTKTMK
  90                      GFEYILAKLQGEAPSKTLVETAKEAKEKAKETALAATEKAKDLASKAATKKQQQQQQF
  91                      V"
  92      misc_difference 623
  93                      /gene="PX19"
  94                      /note="'G' in cDNA is 'A' in the human genome; no amino
  95                      acid change.  The chimpanzee genome agrees with the cDNA
  96                      sequence, suggesting that this difference is unlikely to
  97                      be due to an artifact."
  98      misc_difference 878
  99                      /gene="PX19"
 100                      /note="'C' in cDNA is 'T' in the human genome.  The
 101                      chimpanzee genome agrees with the cDNA sequence,
 102                      suggesting that this difference is unlikely to be due to
 103                      an artifact."
 104      misc_difference 925..981
 105                      /gene="PX19"
 106                      /note="polyA tail: 57 bases do not align to the human
 107                      genome."
 108 ORIGIN
 109         1 ctcatggcgg cggcggcggc ggcggcagct gcttgggcgc ggtgcggtgg tgactgagct
 110        61 acgagcctgg cggcgggtgt gcgccgagcc ccggcccggc ccggccctcg cgtgcctccc
 111       121 aggctccgca cccctgatgc tgcgcgggtg ctgagcccgc ttcggccggg acgatggtga
 112       181 agtatttcct gggccagagc gtgctccgga gttcctggga ccaagtgttc gccgccttct
 113       241 ggcagcggta cccgaatccc tatagcaaac atgtcttgac ggaagacata gtacaccggg
 114       301 aggtgacccc tgaccagaaa ctgctgtccc ggcgactcct gaccaagacc aacaggatgc
 115       361 cacgctgggc cgagcgacta tttcctgcca atgttgctca ctcggtgtac gtcctggagg
 116       421 actctattgt ggacccacag aatcagacca tgactacctt cacctggaac atcaaccacg
 117       481 cccggctgat ggtggtggag gaacgatgtg tttactgtgt gaactctgac aacagtggct
 118       541 ggactgaaat ccgccgggaa gcctgggtct cctctagctt atttggtgtc tccagagctg
 119       601 tccaggaatt tggtcttgcc cggttcaaaa gcaacgtgac caagactatg aagggttttg
 120       661 aatatatctt ggctaagctg caaggcgagg ccccttccaa aacacttgtt gagacagcca
 121       721 aggaagccaa ggagaaggca aaggagacgg cactggcagc tacagagaag gccaaggacc
 122       781 tcgccagcaa ggcggccacc aagaagcagc agcagcagca acagtttgtg tagccagtct
 123       841 accaccacca cagcacccca gacagctagg cttagcccct ctgccctccc ttcattgtac
 124       901 tttatcatta aaaatcaact tccaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa
 125       961 aaaaaaaaaa aaaaaaaaat a
 126 //
 127