branch-1-6/t/Tree/TreeIO/phyloxml.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 97,
  11                            -requires_modules => [qw(XML::LibXML XML::LibXML::Reader)]);
  12
  13         use_ok('Bio::TreeIO');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 SKIP: {
  19   if (1000*$] < 5008) {
  20     skip("Reader interface only supported in Perl >= 5.8",96);
  21   } elsif (XML::LibXML::LIBXML_VERSION() <= 20620) {
  22     skip("Reader not supported for libxml2 <= 2.6.20",96);
  23   }
  24   use_ok('Bio::TreeIO::phyloxml');
  25
  26   if ($verbose) {
  27         diag("libxml version: ", XML::LibXML::LIBXML_VERSION());
  28   }
  29
  30   ok my $treeio = Bio::TreeIO->new(
  31                          -verbose => $verbose,
  32                                    -format => 'phyloxml',
  33                                    -file   => test_input_file('phyloxml_examples.xml'));
  34
  35   # tree1: clade and attribute
  36   # <phylogeny> <clade> <name>
  37   {
  38         if ($verbose > 0) {
  39           diag("\ntree1: clade and attribute");
  40         }
  41         my $tree = $treeio->next_tree;
  42         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  43         is($tree->id, 'example from Prof. Joe Felsenstein\'s book "Inferring Phylogenies"');
  44         is($tree->get_tag_values('description'), 'phyloXML allows to use either a "branch_length" attribute or element to indicate branch lengths.');
  45         if ($verbose > 0) {
  46           diag("tree id: ",$tree->id);
  47           diag("tree description: ", $tree->get_tag_values('description'));
  48         }
  49         is($tree->get_tag_values('rooted'), 'true');
  50         my @nodes = $tree->get_nodes;
  51         is(@nodes, 5);
  52         my ($A) = $tree->find_node('A');
  53         ok($A);
  54         is($A->branch_length, '0.102');
  55         if ($verbose > 0) {
  56           diag("node A: branch_length ", $A->branch_length);
  57         }
  58         is($A->ancestor->id, '');
  59         is($A->ancestor->branch_length, '0.06');
  60         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
  61         if ($verbose > 0) {
  62           diag($leaves_string);
  63         }
  64         is($leaves_string, '((A,B),C)');
  65
  66   # write_tree
  67         if ($verbose > 0) {
  68           diag("\ntest write_tree");
  69         }
  70         my $FILE1 = test_output_file();
  71         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
  72                 -format => 'phyloxml',
  73                 -file   => ">$FILE1");
  74         $treeio->write_tree($tree);
  75         ok -s $FILE1;
  76         if ($verbose > 0) {
  77           diag(`cat $FILE1`);
  78         }
  79   }
  80
  81   # tree2: branch_length
  82   # <branch_length>
  83   {
  84         if ($verbose > 0) {
  85           diag("\ntree2: branch_length");
  86         }
  87         my $tree = $treeio->next_tree;
  88         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  89         if ($verbose > 0) {
  90           diag("tree id: ",$tree->id);
  91         }
  92         my @nodes = $tree->get_nodes;
  93         is(@nodes, 5);
  94         my $A = $tree->find_node('A');
  95         ok($A);
  96         is($A->branch_length, '0.102');
  97         if ($verbose > 0) {
  98           diag("node A: branch_length ", $A->branch_length);
  99         }
 100         is($A->ancestor->id, '');
 101         is($A->ancestor->branch_length, '0.06');
 102         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 103         if ($verbose > 0) {
 104           diag($leaves_string);
 105         }
 106         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 107
 108   # write_tree
 109         if ($verbose > 0) {
 110           diag("\ntest write_tree");
 111         }
 112         my $FILE1 = test_output_file();
 113         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 114                 -format => 'phyloxml',
 115                 -file   => ">$FILE1");
 116         $treeio->write_tree($tree);
 117         ok -s $FILE1;
 118         if ($verbose > 0) {
 119           diag(`cat $FILE1`);
 120         }
 121   }
 122
 123   # tree3: confidence (bootstrap)
 124   # <confidence>
 125   {
 126         if ($verbose > 0) {
 127           diag("\ntree3: confidence (bootstrap)");
 128         }
 129         my $tree = $treeio->next_tree;
 130         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 131         if ($verbose > 0) {
 132           diag("tree id: ",$tree->id);
 133         }
 134         my $AB = $tree->find_node('AB');
 135         ok($AB);
 136         is($AB->bootstrap, '89');
 137         if ($verbose > 0) {
 138           diag("node AB: bootstrap ", $AB->bootstrap);
 139         }
 140         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 141         if ($verbose > 0) {
 142           diag($leaves_string);
 143         }
 144         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 145
 146   # write_tree
 147         if ($verbose > 0) {
 148           diag("\ntest write_tree");
 149         }
 150         my $FILE1 = test_output_file();
 151         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 152                 -format => 'phyloxml',
 153                 -file   => ">$FILE1");
 154         $treeio->write_tree($tree);
 155         ok -s $FILE1;
 156         if ($verbose > 0) {
 157           diag(`cat $FILE1`);
 158         }
 159   }
 160
 161   # tree4: species and sequence
 162   # <taxonomy> <scientific_name> <sequence> <annotation>
 163   {
 164         if ($verbose > 0) {
 165           diag("\ntree4: taxonomy and sequence");
 166         }
 167         my $tree = $treeio->next_tree;
 168         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 169         if ($verbose > 0) {
 170           diag("tree id: ",$tree->id);
 171         }
 172         my $C = $tree->find_node('C');
 173         my ($ac) = $C->annotation->get_Annotations('taxonomy');
 174         isa_ok( $ac, 'Bio::Annotation::Collection');
 175         my ($ac2) = $ac->get_Annotations('scientific_name');
 176         isa_ok( $ac2, 'Bio::Annotation::Collection');
 177         my ($scientificname) = $ac2->get_Annotations('_text');
 178         is($scientificname->value, 'C. elegans');
 179         if ($verbose > 0) {
 180           diag( "Node C Scientific Name: ",$scientificname->value);
 181         }
 182         my ($ac3) = $C->annotation->get_nested_Annotations(-keys=>['scientific_name'], -recursive=>1);
 183         isa_ok( $ac3, 'Bio::Annotation::Collection');
 184         ($scientificname) = $ac2->get_Annotations('_text');
 185         is($scientificname->value, 'C. elegans');
 186         if ($verbose > 0) {
 187           diag( "Node C Scientific Name: ",$scientificname->value);
 188         }
 189         my ($seq) = @{$C->sequence};
 190         isa_ok( $seq, 'Bio::SeqI');
 191         my ($seqac) = $seq->annotation;
 192         isa_ok( $seqac, 'Bio::Annotation::Collection');
 193         my ($descac) = $seqac->get_nested_Annotations(-keys=>['desc'], -recursive=>1);
 194         my ($desc) = $descac->get_Annotations('_text');
 195         is($desc->value, 'alcohol dehydrogenase');
 196         if ($verbose > 0) {
 197           diag( "Node C Sequence description: ",$desc->value);
 198         }
 199         ($descac) = $seqac->get_nested_Annotations(-keys=>['desc'], -recursive=>1);
 200
 201   # write_tree
 202         if ($verbose > 0) {
 203           diag("\ntest write_tree");
 204         }
 205         my $FILE1 = test_output_file();
 206         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 207                 -format => 'phyloxml',
 208                 -file   => ">$FILE1");
 209         $treeio->write_tree($tree);
 210         ok -s $FILE1;
 211         if ($verbose > 0) {
 212           diag(`cat $FILE1`);
 213         }
 214   }
 215
 216   # tree5: homolog relationship and sequence relationship
 217   # <events> <speciations> <duplications> <symbol> <accession>
 218   # <sequence_relation>
 219   {
 220         if ($verbose > 0) {
 221           diag("\ntree5: events and relations");
 222         }
 223         my $tree = $treeio->next_tree;
 224         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 225         if ($verbose > 0) {
 226           diag("tree id: ",$tree->id);
 227         }
 228         my $node = $tree->get_root_node;
 229         my ($speciationsac) = $node->annotation->get_nested_Annotations(-keys=>['speciations'], -recursive=>1);
 230         my ($speciationval) = $speciationsac->get_Annotations('_text');
 231         is($speciationval->value, '1');
 232         if ($verbose > 0) {
 233           diag("root node speciation event: ", $speciationval->value);
 234         }
 235         my @children = ($node);
 236         for (@children) {
 237           push @children, $_->each_Descendent();
 238         }
 239         my @leaves = ();
 240         for (@children) {
 241           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 242         }
 243         my ($z) = $leaves[0];
 244         my $z_seq = $z->sequence->[0];
 245         isa_ok ($z_seq, 'Bio::SeqI');
 246         my ($z_id) = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 247         my ($z_id_text) = $z_id->value;
 248         my @seq_rels = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['sequence_relation'], '-recursive'=>1);
 249         foreach my $rel (@seq_rels) {
 250           isa_ok($rel, 'Bio::Annotation::Relation');
 251           is ($rel->tagname, 'sequence_relation');
 252           my $seqto = $rel->to;
 253           isa_ok ($seqto, 'Bio::SeqI');
 254           my ($seqto_id) = $seqto->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 255           my $seqto_text = $seqto_id->value;
 256           if ($verbose > 0) {
 257                 diag( "node ", $z_id_text, " has ", $rel->type, " relation to ", $seqto_text);
 258           }
 259         }
 260         my ($x) = $leaves[1];
 261
 262
 263   # write_tree
 264         if ($verbose > 0) {
 265           diag("\ntest write_tree");
 266         }
 267         my $FILE1 = test_output_file();
 268         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 269                 -format => 'phyloxml',
 270                 -file   => ">$FILE1");
 271         $treeio->write_tree($tree);
 272         ok -s $FILE1;
 273         if ($verbose > 0) {
 274           diag(`cat $FILE1`);
 275         }
 276   }
 277
 278   # tree6: detailed sequence data
 279   # <mol_seq> <annotation> <code>
 280   {
 281         if ($verbose > 0) {
 282           diag("\ntree6: detailed sequence annotation");
 283         }
 284         my $tree = $treeio->next_tree;
 285         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 286         if ($verbose > 0) {
 287           diag("tree id: ",$tree->id);
 288         }
 289         my @children = ($tree->get_root_node);
 290         for (@children) {
 291           push @children, $_->each_Descendent();
 292         }
 293         my @leaves = ();
 294         for (@children) {
 295           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 296         }
 297         my ($z) = $leaves[0];
 298         my $z_seq = $z->sequence->[0];
 299         isa_ok ($z_seq, 'Bio::SeqI');
 300         my ($z_seqname) = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['name'], '-recursive'=>1);
 301         my ($z_seqname_text) = $z_seqname->get_Annotations('_text');
 302         is ($z_seqname_text->value, 'NADH-dependent butanol dehydrogenase B');
 303         my ($z_molseq) = $z_seq->seq;
 304         is ($z_molseq, 'MVDFEYSIPTRIFFGKDKINVLGRELKKYGSKVLIVYGGGSIKRNGIYDK');
 305         if ($verbose > 0) {
 306           diag("Sequence ", $z_seqname_text->value, " is ", $z_molseq);
 307         }
 308         my ($z_seqname_text2) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$z_seq, '-path'=>'name');
 309         is ($z_seqname_text->value, $z_seqname_text2);
 310
 311   # write_tree
 312         if ($verbose > 0) {
 313           diag("\ntest write_tree");
 314         }
 315         my $FILE1 = test_output_file();
 316         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 317                 -format => 'phyloxml',
 318                 -file   => ">$FILE1");
 319         $treeio->write_tree($tree);
 320         ok -s $FILE1;
 321         if ($verbose > 0) {
 322           diag(`cat $FILE1`);
 323         }
 324   }
 325
 326   # tree7: network
 327   # <clade_relation> @id_source & @id_ref
 328   {
 329         if ($verbose > 0) {
 330           diag("\ntree7: network using id_source/id_ref");
 331         }
 332         my $tree = $treeio->next_tree;
 333         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 334         if ($verbose > 0) {
 335           diag("tree id: ",$tree->id);
 336         }
 337         my @children = ($tree->get_root_node);
 338         for (@children) {
 339           push @children, $_->each_Descendent();
 340         }
 341         my @leaves = ();
 342         for (@children) {
 343           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 344         }
 345         my ($c) = $leaves[0];
 346         my ($c_id) = $c->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 347         my @clade_rels = $c->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['clade_relation'], '-recursive'=>1);
 348         foreach my $rel (@clade_rels) {
 349           isa_ok($rel, 'Bio::Annotation::Relation');
 350           is ($rel->tagname, 'clade_relation');
 351           my $nodeto = $rel->to;
 352           isa_ok ($nodeto, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 353           my ($nodeto_id) = $nodeto->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 354           is ($nodeto_id->value, 'b');
 355           my ($nodeto_id2) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$nodeto, '-path'=>'id_source', '-attr'=>1);
 356           is ($nodeto_id->value, $nodeto_id2);
 357           if ($verbose > 0) {
 358                 diag( "node ", $c_id->value, " has ", $rel->type, " relation to ", $nodeto_id->value);
 359           }
 360         }
 361
 362   # write_tree
 363         if ($verbose > 0) {
 364           diag("\ntest write_tree");
 365         }
 366         my $FILE1 = test_output_file();
 367         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 368                 -format => 'phyloxml',
 369                 -file   => ">$FILE1");
 370         $treeio->write_tree($tree);
 371         ok -s $FILE1;
 372         if ($verbose > 0) {
 373           diag(`cat $FILE1`);
 374         }
 375   }
 376
 377   # tree8: property elements
 378   # <property>
 379   {
 380         if ($verbose > 0) {
 381           diag("\ntree8: property");
 382         }
 383         my $tree = $treeio->next_tree;
 384         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 385         if ($verbose > 0) {
 386           diag("tree id: ",$tree->id);
 387         }
 388         my ($A) = $tree->find_node('A');
 389         isa_ok($A, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 390         my ($ac) = $A->annotation();
 391         isa_ok($ac, 'Bio::AnnotationCollectionI');
 392         my (@annotations) = $ac->get_Annotations('property');
 393         isa_ok( $annotations[0], 'Bio::Annotation::Collection');
 394         diag("property:",$annotations[0]) if $verbose;
 395         my (@keys) = $annotations[0]->get_all_annotation_keys();
 396         diag("keys:",@keys) if $verbose;
 397         my (@value) = $annotations[0]->get_Annotations('_text');
 398         is($value[0]->value, ' 1200 ');
 399         if ($verbose > 0) {
 400           diag( "Annotation NOAA:depth ",$value[0]->value);
 401         }
 402         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 403         if ($verbose > 0) {
 404           diag($leaves_string);
 405         }
 406         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 407
 408   # write_tree
 409         if ($verbose > 0) {
 410           diag("\ntest write_tree");
 411         }
 412         my $FILE1 = test_output_file();
 413         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 414                 -format => 'phyloxml',
 415                 -file   => ">$FILE1");
 416         $treeio->write_tree($tree);
 417         ok -s $FILE1;
 418         if ($verbose > 0) {
 419           diag(`cat $FILE1`);
 420         }
 421   }
 422
 423   # tree9: property outside tree topology using id refs
 424   # <property> @id_source @id_ref
 425   {
 426         if ($verbose > 0) {
 427           diag("\ntree9: property using id_source/id_ref");
 428         }
 429         my $tree = $treeio->next_tree;
 430         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 431         if ($verbose > 0) {
 432           diag("tree id: ",$tree->id);
 433         }
 434         my $A = $tree->find_node('A');
 435         isa_ok($A, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 436         my $ac = $A->annotation();
 437         isa_ok($ac, 'Bio::AnnotationCollectionI');
 438         my @annotations = $ac->get_Annotations('property');
 439         isa_ok( $annotations[0], 'Bio::Annotation::Collection');
 440         my @value = $annotations[0]->get_Annotations('_text');
 441         is($value[0]->value, ' 1200 ');
 442         if ($verbose > 0) {
 443           diag( "Annotation NOAA:depth ",$value[0]->value);
 444         }
 445         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 446         if ($verbose > 0) {
 447           diag($leaves_string);
 448         }
 449         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 450
 451   # write_tree
 452         if ($verbose > 0) {
 453           diag("\ntest write_tree");
 454         }
 455         my $FILE1 = test_output_file();
 456         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 457                 -format => 'phyloxml',
 458                 -file   => ">$FILE1");
 459         $treeio->write_tree($tree);
 460         ok -s $FILE1;
 461         if ($verbose > 0) {
 462           diag(`cat $FILE1`);
 463         }
 464   }
 465
 466   # tree10: detailed taxonomy and distribution
 467   # <id> <rank> <uri> <common_name> <distribution>
 468   {
 469         if ($verbose > 0) {
 470           diag("\ntree10: taxonomy and distribution");
 471         }
 472         my $tree = $treeio->next_tree;
 473         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 474         if ($verbose > 0) {
 475           diag("tree id: ",$tree->id);
 476         }
 477         my $node = $tree->get_root_node;
 478         my @leaves;
 479         my @children = ($node);
 480         for (@children) {
 481           push @children, $_->each_Descendent();
 482         }
 483         for (@children) {
 484           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 485         }
 486         my ($A) = $leaves[0];
 487         my ($scientificname) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['scientific_name'], '-recursive'=>1);
 488         my ($scientificname_text) = $scientificname->get_Annotations('_text');
 489         my ($commonname) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['common_name'], '-recursive'=>1);
 490         my ($commonname_text) = $commonname->get_Annotations('_text');
 491         my ($rank) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['rank'], '-recursive'=>1);
 492         my ($rank_text) = $rank->get_Annotations('_text');
 493         if ($verbose > 0) {
 494           diag("node rank is ", $rank_text->value);
 495           diag("node scientific name is ", $scientificname_text->value);
 496           diag("node common name is ", $commonname_text->value);
 497         }
 498         my ($distribution) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['distribution'], '-recursive'=>1);
 499         my ($desc) = $distribution->get_Annotations('desc');
 500         my ($desc_text) = $desc->get_Annotations('_text');
 501         if ($verbose > 0) {
 502           diag("node distribution is ", $desc_text->value);
 503         }
 504
 505   # write_tree
 506         if ($verbose > 0) {
 507           diag("\ntest write_tree");
 508         }
 509         my $FILE1 = test_output_file();
 510         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 511                 -format => 'phyloxml',
 512                 -file   => ">$FILE1");
 513         $treeio->write_tree($tree);
 514         ok -s $FILE1;
 515         if ($verbose > 0) {
 516           diag(`cat $FILE1`);
 517         }
 518   }
 519
 520   # tree11: phylogeographic information
 521   # <distribution> <point> <lat> <long> <alt>
 522   {
 523         if ($verbose > 0) {
 524           diag("\ntree11: phylogenographic information");
 525         }
 526         my $tree = $treeio->next_tree;
 527         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 528         if ($verbose > 0) {
 529           diag("tree id: ",$tree->id);
 530         }
 531         my $node = $tree->get_root_node;
 532         my @leaves;
 533         my @children = ($node);
 534         for (@children) {
 535           push @children, $_->each_Descendent();
 536         }
 537         for (@children) {
 538           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 539         }
 540         my ($D) = $leaves[0];
 541         my ($point) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/geodetic_datum', '-attr'=>1);
 542         is ($point, 'WGS84');
 543         my ($lat) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/lat');
 544         my ($long) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/long');
 545         my ($alt) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/alt');
 546         is ($lat, '32.880933');
 547         is ($long, '-117.217543');
 548         is ($alt, '104');
 549         if ($verbose > 0) {
 550           diag("node distribution lat: $lat long $long alt $alt");
 551         }
 552
 553
 554   # write_tree
 555         if ($verbose > 0) {
 556           diag("\ntest write_tree");
 557         }
 558         my $FILE1 = test_output_file();
 559         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 560                 -format => 'phyloxml',
 561                 -file   => ">$FILE1");
 562         $treeio->write_tree($tree);
 563         ok -s $FILE1;
 564         if ($verbose > 0) {
 565           diag(`cat $FILE1`);
 566         }
 567   }
 568
 569   # tree12: date information
 570   # <date> <desc> <value>
 571   {
 572         if ($verbose > 0) {
 573           diag("\ntree12: date");
 574         }
 575         my $tree = $treeio->next_tree;
 576         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 577         if ($verbose > 0) {
 578           diag("tree id: ",$tree->id);
 579         }
 580         my $node = $tree->get_root_node;
 581         my @leaves;
 582         my @children = ($node);
 583         for (@children) {
 584           push @children, $_->each_Descendent();
 585         }
 586         for (@children) {
 587           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 588         }
 589         my ($D) = $leaves[0];
 590         my ($dateunit) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/unit', '-attr'=>1);
 591         my ($daterange) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/range', '-attr'=>1);
 592         my ($datevalue) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/value');
 593         is ($dateunit, 'mya');
 594         is ($daterange, '30');
 595         is ($datevalue, '600');
 596         if ($verbose > 0) {
 597           diag("node date unit: $dateunit range $daterange value $datevalue");
 598         }
 599
 600   # write_tree
 601         if ($verbose > 0) {
 602           diag("\ntest write_tree");
 603         }
 604         my $FILE1 = test_output_file();
 605         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 606                 -format => 'phyloxml',
 607                 -file   => ">$FILE1");
 608         $treeio->write_tree($tree);
 609         ok -s $FILE1;
 610         if ($verbose > 0) {
 611           diag(`cat $FILE1`);
 612         }
 613   }
 614
 615   # tree13: alignment outside <phylogeny>
 616   # <align:alignment> <seq>
 617   {
 618         if ($verbose > 0) {
 619           diag("\ntree13: alignment outside  <phylogeny>");
 620         }
 621         my $tree = $treeio->next_tree;
 622         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 623         if ($verbose > 0) {
 624           diag("tree id: ",$tree->id);
 625         }
 626         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 627         if ($verbose > 0) {
 628           diag($leaves_string);
 629         }
 630         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 631
 632   # add annotation in phyloxml
 633         if ($verbose > 0) {
 634           diag("test add annotation in phyloXML format");
 635         }
 636         my $node = $tree->get_root_node;
 637         my @leaves;
 638         my @children = ($node);
 639         for (@children) {
 640           push @children, $_->each_Descendent();
 641         }
 642         for (@children) {
 643           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 644         }
 645         my ($D) = $leaves[0];
 646         isa_ok($D, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 647         $treeio->add_phyloXML_annotation(
 648                           -obj => $D,
 649                           -xml => "            <name>D</name>
 650                           <date unit=\"mya\" range=\"30\">
 651                                  <desc>my date</desc>
 652                                  <value>veryveryold</value>
 653                           </date>
 654   "
 655                           );
 656         my ($dateunit) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/unit', '-attr'=>1);
 657         my ($daterange) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/range', '-attr'=>1);
 658         my ($datevalue) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/value');
 659         is ($dateunit, 'mya');
 660         is ($daterange, '30');
 661         is ($datevalue, 'veryveryold');
 662
 663   # write_tree
 664         if ($verbose > 0) {
 665           diag("\ntest write_tree");
 666         }
 667         my $FILE1 = test_output_file();
 668         my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 669                 -format => 'phyloxml',
 670                 -file   => ">$FILE1");
 671         $treeio->write_tree($tree);
 672         ok -s $FILE1;
 673         if ($verbose > 0) {
 674           diag(`cat $FILE1`);
 675         }
 676   }
 677
 678
 679   # convert between nhx-phyloxml
 680   {
 681         if ($verbose > 0) {
 682           diag("\n test translation between nhx and phyloxml");
 683         }
 684         ok my $nhxio = Bio::TreeIO->new(
 685                 -verbose => $verbose,
 686                 -format => 'nhx',
 687                 -file   => test_input_file('test.nhx'));
 688         my $tree = $nhxio->next_tree;
 689         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 690         my $FILE1 = test_output_file();
 691         my $phyloxmlio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 692                 -format => 'phyloxml',
 693                 -file   => ">$FILE1");
 694         $phyloxmlio->write_tree($tree);
 695         ok -s $FILE1;
 696         if ($verbose > 0) {
 697           diag(`cat $FILE1`);
 698         }
 699   }
 700
 701 }