branch-1-6/t/Tree/PhyloNetwork/TreeFactory.t

   1 # $Id$
   2 # -*-Perl-*-
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6   use lib '.';
   7   use Bio::Root::Test;
   8
   9   test_begin(-tests => 19,
  10              -requires_modules => [qw(Bio::PhyloNetwork)]);
  11
  12   use_ok('Bio::PhyloNetwork::TreeFactory');
  13 }
  14
  15 my $factory=Bio::PhyloNetwork::TreeFactory->new(-numleaves=>4);
  16 isa_ok($factory,'Bio::PhyloNetwork::TreeFactory');
  17
  18 my @nets;
  19
  20 while (my $net=$factory->next_network()) {
  21   push @nets,$net;
  22 }
  23
  24 is(scalar @nets,15,'tree factory');
  25
  26 my @netsbk;
  27
  28 foreach my $enw (<DATA>) {
  29   my $net=Bio::PhyloNetwork->new(-eNewick=>$enw);
  30   push @netsbk,$net;
  31 }
  32 is(scalar @netsbk,15,'seen all the data lines');
  33
  34 foreach my $net (@nets) {
  35   my $found=0;
  36   foreach my $netbk (@netsbk) {
  37     if ($net->mu_distance($netbk)==0) {
  38       $found=1;
  39       last;
  40     }
  41   }
  42   ok($found,'found');
  43 }
  44
  45 __DATA__
  46 (l2,((l1,l4),l3));
  47 ((l1,l3),(l2,l4));
  48 ((l1,(l3,l4)),l2);
  49 (l4,(l2,(l1,l3)));
  50 ((l4,(l3,l1)),l2);
  51 ((l2,l3),(l1,l4));
  52 (l1,((l2,l4),l3));
  53 (l1,((l3,l4),l2));
  54 (l4,(l1,(l2,l3)));
  55 (l1,((l3,l2),l4));
  56 (l3,((l1,l4),l2));
  57 ((l1,(l2,l4)),l3);
  58 ((l1,l2),(l3,l4));
  59 ((l4,(l2,l1)),l3);
  60 (l4,(l3,(l1,l2)));