branch-1-6/t/Tools/rnamotif.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 0);
  11 }
  12
  13 my $verbose = test_debug();
  14
  15 ### RNAMotif.pm tests ###
  16
  17 my $parser = Bio::Tools::RNAMotif->new(
  18                 -verbose => $verbose,
  19         -file => test_input_file('trna.strict.rnamotif'),
  20         -motiftag => 'tRNA_gene',
  21         -desctag => 'tRNA');
  22
  23 my @genes;
  24 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
  25     push @genes, $gene;
  26 }
  27
  28
  29 my $val;
  30 is($genes[1]->display_name, 'tRNA','RNAMotif::display_name()');
  31 is($genes[12]->seq_id, 'M33910','RNAMotif::seq_id()');
  32 is($genes[6]->primary_tag, 'tRNA_gene','RNAMotif::primary_tag()');
  33 is($genes[22]->start, 464,'RNAMotif::start()');
  34 is($genes[8]->end, 585,'RNAMotif::end()');
  35 is($genes[9]->strand, 1,'RNAMotif::strand()');
  36 is(($genes[90]->get_tag_values('sequence'))[0],
  37    'cggatt ta ttg ggcg taa a gggct cgtaggc ggctc'.
  38    ' gtcgcgtccggtgtgaaagtc catc gcttaac ggtg gatctg cgcc',
  39    "RNAMotif::get_tag_values('sequence')");
  40 is(($genes[90]->get_tag_values('descfile'))[0], 'trna.strict.descr',
  41    "RNAMotif::get_tag_values('descfile')");
  42 is(($genes[4]->get_tag_values('descline'))[0],
  43    'gi|173683|gb|M10671|ACSTRW Avian oncornavirus Trp-tRNA',
  44    "RNAMotif::get_tag_values('descline')");
  45 is(($genes[26]->get_tag_values('secstructure'))[0],
  46    'h5 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 h3 ss',
  47    "RNAMotif::get_tag_values('secstructure')");
  48 is($genes[4]->score, '0.000','RNAMotif::score()');
  49 is($genes[4]->source_tag, 'RNAMotif','RNAMotif::source_tag()');
  50
  51 @genes=();
  52
  53 $parser = Bio::Tools::RNAMotif->new(
  54                         -verbose => $verbose,
  55             -file => test_input_file('sprintf.rnamotif'),
  56             -motiftag => 'term',
  57             -desctag => 'stem_loop');
  58
  59 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
  60     push @genes, $gene;
  61 }
  62
  63 is($genes[1]->display_name, 'stem_loop','RNAMotif::display_name()');
  64 is($genes[12]->seq_id, 'M82700','RNAMotif::seq_id()');
  65 is($genes[6]->primary_tag, 'term','RNAMotif::primary_tag()');
  66 is($genes[22]->start, 141,'RNAMotif::start()');
  67 is($genes[8]->end, 154,'RNAMotif::end()');
  68 is($genes[9]->strand, -1,'RNAMotif::strand()');
  69 is(($genes[90]->get_tag_values('sequence'))[0], 'ggggaag cttg cttcccc',
  70    "RNAMotif::get_tag_values('sequence')");
  71 is(($genes[84]->get_tag_values('descfile'))[0], 'sprintf.descr',
  72    "RNAMotif::get_tag_values('descfile')");
  73 is(($genes[4]->get_tag_values('descline'))[0],
  74    'gi|173741|gb|M83548|AQF16SRRN Aquifex pyrophilus 16S ribosomal RNA (16S rRNA)',
  75    "RNAMotif::get_tag_values('descline')");
  76 is(($genes[26]->get_tag_values('secstructure'))[0], 'h5 ss h3',
  77    "RNAMotif::get_Annotations('secstructure')");
  78 is($genes[4]->score, '-12.100,5,gaaa','RNAMotif::score()');
  79 is($genes[4]->source_tag, 'RNAMotif','RNAMotif::source_tag()');
  80
  81 ### ERPIN.pm tests ###
  82
  83 @genes = ();
  84
  85 my @erpinstats = (
  86 ['30260185','5181155','5181183',1,'CTTT.aacc--.CAACC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',
  87  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  88  '1.68e-05'],
  89 ['30260185','3709092','3709121',-1,'CTTT.taatt-.CAGTC.CTGTGA.GACCG.g.AAAG',
  90  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  91  '5.61e-05'],
  92 ['30260185','3710524','3710553',-1,'TTTT.aaatg-.TAGTC.CTGTGA.GGCTG.c.CAAA',
  93  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  94  '1.31e-04'],
  95 ['30260185','3711223','3711251',-1,'CTTT.aaca--.CAGCC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',
  96  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  97  '4.44e-06']
  98 );
  99
 100 $parser = Bio::Tools::ERPIN->new(
 101                         -verbose => $verbose,
 102             -file => test_input_file('testfile.erpin'),
 103             -motiftag => 'protein_bind',
 104                         -desctag =>  'pyrR_BL');
 105
 106 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
 107         my @stats = @{ shift @erpinstats };
 108         is($gene->display_name, 'pyrR_BL','ERPIN::display_name()');
 109         is($gene->seq_id, shift @stats,'ERPIN::seq_id()');
 110         is($gene->primary_tag, 'protein_bind','ERPIN::primary_tag()');
 111         is($gene->start, shift @stats,'ERPIN::start()');
 112         is($gene->end, shift @stats,'ERPIN::end()');
 113         is($gene->strand, shift @stats,'ERPIN::strand()');
 114         ($val) = $gene->get_tag_values('sequence');
 115         is($val, shift @stats, "ERPIN::get_tag_values('sequence')");
 116         eval {($val) = $gene->get_tag_values('descfile')}; # no descfile
 117         like($@, qr(asking for tag value that does not exist descfile));
 118         ($val) = $gene->get_tag_values('descline');
 119         is($val, shift @stats, "ERPIN::get_tag_values('descline')");
 120         eval {($val) = $gene->get_tag_values('secstructure')}; # no secstructure
 121         like($@, qr(asking for tag value that does not exist secstructure));
 122         is($gene->score, shift @stats,'ERPIN::score()');
 123         is($gene->source_tag, 'ERPIN','ERPIN::source_tag()');
 124 }
 125
 126 ### Infernal.pm tests ###
 127
 128 my @stats = (
 129 ['30260185','5181155','5181183',1,'CTTT.aacc--.CAACC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',0,
 130  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 131  0,'1.68e-05'],
 132 ['30260185','3709092','3709121',-1,'CTTT.taatt-.CAGTC.CTGTGA.GACCG.g.AAAG',0,
 133  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 134  0,'5.61e-05'],
 135 ['30260185','3710524','3710553',-1,'TTTT.aaatg-.TAGTC.CTGTGA.GGCTG.c.CAAA',0,
 136  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 137  0,'1.31e-04'],
 138 ['30260185','3711223','3711251',-1,'CTTT.aaca--.CAGCC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',0,
 139  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 140  0,'4.44e-06']
 141 );
 142
 143 $parser = Bio::Tools::Infernal->new(
 144             -file => test_input_file('test.infernal'),
 145             -motiftag => 'misc_binding',
 146             -desctag => 'Purine riboswitch',
 147             -cm    => 'Purine',
 148             -rfam  =>  'RF00167',
 149             -minscore => 20);
 150
 151 my $gene = $parser->next_prediction;
 152 # get query (model) data
 153 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 154 is($gene->seq_id, 'RF00167','Infernal::seq_id()');
 155 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 156 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 157 is($gene->start, '1','Infernal::start()');
 158 is($gene->end, '102','Infernal::end()');
 159 is($gene->strand, '0','Infernal::strand()');
 160 is($gene->score, '78.40','Infernal::strand()');
 161 # get hit data
 162 $gene->invert;
 163 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 164 is($gene->seq_id, '2239287','Infernal::seq_id()');
 165 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 166 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 167 is($gene->start, '15589','Infernal::start()');
 168 is($gene->end, '15691','Infernal::end()');
 169 is($gene->strand, '1','Infernal::strand()');
 170 is($gene->score, '78.40','Infernal::strand()');
 171 ($val) = $gene->get_tag_values('model');
 172 is($val,
 173    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 174    "Infernal::get_tag_values('model')");
 175 ($val) = $gene->get_tag_values('midline');
 176 is($val,
 177    ' A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:GGCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++',
 178    "Infernal::get_tag_values('midline')");
 179 ($val) = $gene->get_tag_values('hit');
 180 is($val,
 181    'CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA',
 182    "Infernal::get_tag_values('hit')");
 183 ($val) = $gene->get_tag_values('secstructure');
 184 is($val,
 185    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::',
 186    "Infernal::get_tag_values('secstructure')");
 187 ($val) = $gene->get_tag_values('seq_name'),
 188 is($val, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115',
 189    "Infernal::get_tag_values('seq_name')");
 190
 191 $gene = $parser->next_prediction;
 192 # get query (model) data
 193 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 194 is($gene->seq_id, 'RF00167','Infernal::seq_id()');
 195 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 196 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 197 is($gene->start, '1','Infernal::start()');
 198 is($gene->end, '102','Infernal::end()');
 199 is($gene->strand, '0','Infernal::strand()');
 200 is($gene->score, '81.29','Infernal::strand()');
 201
 202 $gene->invert; # switch to get hit data
 203 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 204 is($gene->seq_id, '2239287','Infernal::seq_id()');
 205 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 206 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 207 is($gene->start, '11655','Infernal::start()');
 208 is($gene->end, '11756','Infernal::end()');
 209 is($gene->strand, '1','Infernal::strand()');
 210 is($gene->score, '81.29','Infernal::strand()');
 211 ($val) = $gene->get_tag_values('model');
 212 is($val,
 213    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 214    "Infernal::get_tag_values('model')");
 215 ($val) = $gene->get_tag_values('midline');
 216 is($val,
 217    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 218    "Infernal::get_tag_values('midline')");
 219 ($val) = $gene->get_tag_values('hit');
 220 is($val,
 221    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 222    "Infernal::get_tag_values('hit')");
 223 ($val) = $gene->get_tag_values('secstructure');
 224 is($val,
 225    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 226    "Infernal::get_tag_values('secstructure')");
 227 ($val) = $gene->get_tag_values('seq_name');
 228 is($val,
 229    'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115',
 230    "Infernal::get_tag_values('seq_name')");