branch-1-6/t/Tools/SiRNA.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 11);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::SiRNA');
  13         use_ok('Bio::Seq');
  14         use_ok('Bio::SeqIO');
  15 }
  16
  17 my $DEBUG = test_debug();
  18
  19 my $input = Bio::SeqIO->new( -file      => test_input_file('NM_002254.gb'),
  20                              -format    => 'Genbank' );
  21 my $seq = $input->next_seq;
  22
  23 isa_ok( $input, 'Bio::SeqIO' ) ;
  24
  25
  26 #object creation
  27 my $sirna = Bio::Tools::SiRNA->new( -target     => $seq,
  28                                      );
  29 isa_ok( $sirna, 'Bio::Tools::SiRNA' ) ;
  30
  31 # first test - cds only
  32 my @pairs = $sirna->design;
  33 is ( scalar(@pairs), 65, "CDS only: got ". scalar(@pairs) );
  34
  35
  36 # next test - include 3prime utr
  37 my @feats = $seq->remove_SeqFeatures;
  38 foreach my $feat (@feats) {
  39     $seq->add_SeqFeature($feat) unless
  40         ($feat->primary_tag eq 'Target' or $feat->isa('Bio::SeqFeature::SiRNA::Pair'));
  41 }
  42 ok( $sirna->include_3pr(1) ) ;
  43 @pairs = $sirna->design;
  44 print "With 3p UTR: got ",scalar(@pairs),"\n" if $DEBUG;
  45 is( scalar(@pairs), 140 );
  46
  47
  48 #third test - naked sequence
  49 my $newseq = Bio::Seq->new( -seq => $seq->seq);
  50 isa_ok($newseq, 'Bio::Seq') ;
  51
  52 ok( $sirna->target($newseq) );
  53 @pairs = $sirna->design;
  54 print "Bare sequence: got ",scalar(@pairs),"\n" if $DEBUG;
  55 is ( scalar(@pairs),  142 ) ;