branch-1-6/t/Tools/EUtilities/epost.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: epost.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9         use Bio::Root::Test;
  10
  11         test_begin(-tests => 17,
  12                            -requires_module => 'XML::Simple');
  13
  14     use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
  15     use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
  16 }
  17
  18 my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
  19     -eutil      => 'epost',
  20     -file       => test_input_file('eutils','epost.xml'));
  21
  22 # all parsers and data objects implement eutil() and datatype() (generally for
  23 # debuggin purposes, but others may find them useful)
  24 isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
  25 isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Query');
  26 is($eutil->eutil, 'epost', 'eutil');
  27 is($eutil->datatype, 'query', 'datatype');
  28 my $history = $eutil->next_History;
  29 isa_ok($history, 'Bio::Tools::EUtilities::HistoryI');
  30 isa_ok($history, 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
  31 is($history->eutil, 'epost', 'eutil');
  32 is($history->datatype, 'history', 'eutil');
  33
  34 # simple epost does not have anything other than the webenv/query_key
  35 is($history->get_webenv,
  36    '0rACq8_iP87yHkqqm0SBaU38LzWLHIUd-J4QozMr31bh_XO5KAxLr5Q0o2e@03ED1E11941B69F1_0100SID',
  37    'get_webenv');
  38 is($history->get_query_key, 1, 'get_query_key');
  39 is(join(',',$history->history),
  40    '0rACq8_iP87yHkqqm0SBaU38LzWLHIUd-J4QozMr31bh_XO5KAxLr5Q0o2e@03ED1E11941B69F1_0100SID,1', 'history');
  41 is($eutil->get_database, undef, 'get_database');
  42 is($eutil->get_ids, undef, 'get_ids');
  43
  44 my @ids = qw(1621261 89318838 68536103 20807972 730439);
  45
  46 # add Parameters
  47 my $pb = Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters->new(-eutil => 'epost',
  48                                                                            -db => 'protein',
  49                                                                            -id => \@ids);
  50
  51 $eutil->parameter_base($pb);
  52
  53 is($eutil->get_database, 'protein', 'get_database');
  54 my @ids2 = $eutil->get_ids;
  55 is_deeply(\@ids2, \@ids, 'get_ids');